PDB-7q5u: The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q5u

タイトル

The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide

要素

T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
Tyrosine-protein kinase SYK

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Signalling /

kinase (キナーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / serotonin secretion by platelet /

interleukin-15 receptor binding / positive regulation of interleukin-3 production / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonic acid secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / serotonin secretion by platelet /

interleukin-15 receptor binding / positive regulation of interleukin-3 production / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonic acid secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation /

B cell receptor complex / neutrophil activation involved in immune response /

Toll-like receptor binding /

regulation of platelet aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / gamma-delta T cell activation /

regulation of platelet activation / lymph vessel development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / cell activation / positive regulation of mast cell degranulation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of killing of cells of another organism /

regulation of phagocytosis / positive thymic T cell selection / beta selection / macrophage activation involved in immune response / leukotriene biosynthetic process / cellular response to molecule of fungal origin / FLT3 signaling through SRC family kinases / early phagosome / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to lipid / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Interleukin-2 signaling / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / blood vessel morphogenesis /

T cell receptor complex / positive regulation of B cell differentiation / leukocyte cell-cell adhesion / establishment or maintenance of cell polarity / mast cell degranulation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of interleukin-4 production / Dectin-2 family / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Fc-epsilon receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway /

phospholipase binding / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / alpha-beta T cell activation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / PD-1 signaling / positive regulation of type I interferon production /

phosphatase binding / positive regulation of bone resorption / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / positive regulation of calcium-mediated signaling /

T cell receptor binding / Signaling by CSF3 (G-CSF) / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of TORC1 signaling /

T細胞 / positive regulation of interleukin-12 production / phosphotyrosine residue binding /

SH2 domain binding / Integrin signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell differentiation /

好中球 / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / integrin-mediated signaling pathway / calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-8 production / Regulation of signaling by CBL / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis /

cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / animal organ morphogenesis / B cell receptor signaling pathway /

non-specific protein-tyrosine kinase / clathrin-coated endocytic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Chen, Z. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Brennan, P.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The tandem SH2 domains of SYK
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Chen, Z. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Brennan, P.E.

履歴

登録	2021年11月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q5u.cif.gz	366.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q5u.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
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環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Tyrosine-protein kinase SYK

BBB: Tyrosine-protein kinase SYK

CCC: Tyrosine-protein kinase SYK

DDD: Tyrosine-protein kinase SYK

EEE: Tyrosine-protein kinase SYK

FFF: Tyrosine-protein kinase SYK

GGG: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

HHH: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

III: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

JJJ: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

KKK: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

LLL: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

ヘテロ分子

196 kDa, 12 ポリマー
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1

AAA: Tyrosine-protein kinase SYK

LLL: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: fluorescence resonance energy transfer
32.9 kDa, 2 ポリマー
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2

BBB: Tyrosine-protein kinase SYK

III: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

ヘテロ分子

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32.6 kDa, 2 ポリマー
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3

CCC: Tyrosine-protein kinase SYK

JJJ: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

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32.6 kDa, 2 ポリマー
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4

DDD: Tyrosine-protein kinase SYK

HHH: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

ヘテロ分子

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32.6 kDa, 2 ポリマー
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5

EEE: Tyrosine-protein kinase SYK

KKK: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

ヘテロ分子

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32.8 kDa, 2 ポリマー
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6

FFF: Tyrosine-protein kinase SYK

GGG: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

ヘテロ分子

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32.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.321, 129.312, 95.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.232, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	ILE	ILE	AAA	A	5 - 262	1 - 258
2	2	1	SER	SER	ILE	ILE	BBB	B	5 - 262	1 - 258
3	3	2	SER	SER	LYS	LYS	AAA	A	5 - 261	1 - 257
4	4	2	SER	SER	LYS	LYS	CCC	C	5 - 261	1 - 257
5	5	3	SER	SER	ILE	ILE	AAA	A	5 - 262	1 - 258
6	6	3	SER	SER	ILE	ILE	DDD	D	5 - 262	1 - 258
7	7	4	SER	SER	GLN	GLN	AAA	A	5 - 260	1 - 256
8	8	4	SER	SER	GLN	GLN	EEE	E	5 - 260	1 - 256
9	9	5	SER	SER	ILE	ILE	AAA	A	5 - 262	1 - 258
10	10	5	SER	SER	ILE	ILE	FFF	F	5 - 262	1 - 258
11	11	6	SER	SER	LYS	LYS	BBB	B	5 - 261	1 - 257
12	12	6	SER	SER	LYS	LYS	CCC	C	5 - 261	1 - 257
13	13	7	SER	SER	ILE	ILE	BBB	B	5 - 262	1 - 258
14	14	7	SER	SER	ILE	ILE	DDD	D	5 - 262	1 - 258
15	15	8	SER	SER	GLN	GLN	BBB	B	5 - 260	1 - 256
16	16	8	SER	SER	GLN	GLN	EEE	E	5 - 260	1 - 256
17	17	9	SER	SER	ILE	ILE	BBB	B	5 - 262	1 - 258
18	18	9	SER	SER	ILE	ILE	FFF	F	5 - 262	1 - 258
19	19	10	SER	SER	LYS	LYS	CCC	C	5 - 261	1 - 257
20	20	10	SER	SER	LYS	LYS	DDD	D	5 - 261	1 - 257
21	21	11	SER	SER	GLN	GLN	CCC	C	5 - 260	1 - 256
22	22	11	SER	SER	GLN	GLN	EEE	E	5 - 260	1 - 256
23	23	12	SER	SER	LYS	LYS	CCC	C	5 - 261	1 - 257
24	24	12	SER	SER	LYS	LYS	FFF	F	5 - 261	1 - 257
25	25	13	SER	SER	GLN	GLN	DDD	D	5 - 260	1 - 256
26	26	13	SER	SER	GLN	GLN	EEE	E	5 - 260	1 - 256
27	27	14	SER	SER	ILE	ILE	DDD	D	5 - 262	1 - 258
28	28	14	SER	SER	ILE	ILE	FFF	F	5 - 262	1 - 258
29	29	15	SER	SER	GLN	GLN	EEE	E	5 - 260	1 - 256
30	30	15	SER	SER	GLN	GLN	FFF	F	5 - 260	1 - 256
31	31	16	GLN	GLN	GLN	GLN	GGG	G	158 - 175	2 - 19
32	32	16	GLN	GLN	GLN	GLN	HHH	H	158 - 175	2 - 19
33	33	17	GLN	GLN	GLN	GLN	GGG	G	158 - 175	2 - 19
34	34	17	GLN	GLN	GLN	GLN	III	I	158 - 175	2 - 19
35	35	18	GLN	GLN	GLN	GLN	GGG	G	158 - 175	2 - 19
36	36	18	GLN	GLN	GLN	GLN	JJJ	J	158 - 175	2 - 19
37	37	19	GLN	GLN	GLN	GLN	GGG	G	158 - 175	2 - 19
38	38	19	GLN	GLN	GLN	GLN	KKK	K	158 - 175	2 - 19
39	39	20	GLN	GLN	LEU	LEU	GGG	G	158 - 174	2 - 18
40	40	20	GLN	GLN	LEU	LEU	LLL	L	158 - 174	2 - 18
41	41	21	GLN	GLN	GLN	GLN	HHH	H	158 - 175	2 - 19
42	42	21	GLN	GLN	GLN	GLN	III	I	158 - 175	2 - 19
43	43	22	GLN	GLN	GLN	GLN	HHH	H	158 - 175	2 - 19
44	44	22	GLN	GLN	GLN	GLN	JJJ	J	158 - 175	2 - 19
45	45	23	GLN	GLN	GLN	GLN	HHH	H	158 - 175	2 - 19
46	46	23	GLN	GLN	GLN	GLN	KKK	K	158 - 175	2 - 19
47	47	24	GLN	GLN	LEU	LEU	HHH	H	158 - 174	2 - 18
48	48	24	GLN	GLN	LEU	LEU	LLL	L	158 - 174	2 - 18
49	49	25	GLN	GLN	GLN	GLN	III	I	158 - 175	2 - 19
50	50	25	GLN	GLN	GLN	GLN	JJJ	J	158 - 175	2 - 19
51	51	26	GLN	GLN	GLN	GLN	III	I	158 - 175	2 - 19
52	52	26	GLN	GLN	GLN	GLN	KKK	K	158 - 175	2 - 19
53	53	27	GLN	GLN	LEU	LEU	III	I	158 - 174	2 - 18
54	54	27	GLN	GLN	LEU	LEU	LLL	L	158 - 174	2 - 18
55	55	28	GLN	GLN	GLN	GLN	JJJ	J	158 - 175	2 - 19
56	56	28	GLN	GLN	GLN	GLN	KKK	K	158 - 175	2 - 19
57	57	29	GLN	GLN	LEU	LEU	JJJ	J	158 - 174	2 - 18
58	58	29	GLN	GLN	LEU	LEU	LLL	L	158 - 174	2 - 18
59	59	30	GLN	GLN	LEU	LEU	KKK	K	158 - 174	2 - 18
60	60	30	GLN	GLN	LEU	LEU	LLL	L	158 - 174	2 - 18

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHHIIIJJJKKKLLL

#1: タンパク質	Tyrosine-protein kinase SYK / / Spleen tyrosine kinase / p72-Syk 分子量: 29906.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P43405, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド	T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell receptor T3 gamma chain 分子量: 2611.539 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09693

-
非ポリマー , 4種, 624分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル / Diethylene glycol diethyl ether 分子量: 162.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MMT buffer, 30% PEG 1000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→93.83 Å / Num. obs: 86011 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.219 / R_pim(I) all: 0.116 / R_rim(I) all: 0.25 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 2.507 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4550 / CC_1/2: 0.395 / R_pim(I) all: 1.317 / R_rim(I) all: 2.849 / Χ²: 0.93 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A81

1a81

解像度: 2.4→93.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 12.087 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.256 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2588	1977	2.301 %
R_work	0.2165	83930	-
all	0.218	-	-
obs	-	85907	99.878 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.203 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.589 Å²	0 Å²	-1.88 Å²
2-	-	-0.554 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.649 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→93.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13363	0	70	613	14046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	13742
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	12947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.648	18519
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.234	1.586	29874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.294	5	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.958	22.669	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.932	15	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.025	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	11334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	6294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	6633
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.101	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.288	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.202	4.551	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.201	4.55	6620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.398	6.81	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.398	6.81	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.587	4.964	7120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.586	4.964	7121
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.107	7.231	10258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.107	7.232	10259
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.643	50.989	14749
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.648	51.018	14668
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.103	0.05	7795
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.099	0.05	7790
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.093	0.05	7824
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.074	0.05	8012
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.106	0.05	7770
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.063	0.05	8146
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.095	0.05	7899
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.101	0.05	7785
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.101	0.05	7866
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.093	0.05	7914
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.1	0.05	7817
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.097	0.05	7884
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.095	0.05	7789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.083	0.05	7988
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.099	0.05	7791
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.161	0.05	384
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.145	0.05	393
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.082	0.05	397
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.096	0.05	399
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.149	0.05	370
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.189	0.05	379
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.139	0.05	394
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.132	0.05	395
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.117	0.05	364
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.134	0.05	392
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.151	0.05	391
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.166	0.05	359
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.086	0.05	406
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.147	0.05	361
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.126	0.05	367

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10326	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10326	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09893	0.05008
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09893	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09345	0.05008
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09345	0.05008
4	7	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07382	0.05009
4	8	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07382	0.05009
5	9	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10641	0.05008
5	10	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10641	0.05008
6	11	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06251	0.05009
6	12	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06251	0.05009
7	13	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09493	0.05008
7	14	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09493	0.05008
8	15	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10061	0.05008
8	16	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10061	0.05008
9	17	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.101	0.05008
9	18	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.101	0.05008
10	19	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09322	0.05008
10	20	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09322	0.05008
11	21	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10046	0.05008
11	22	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10046	0.05008
12	23	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09735	0.05008
12	24	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09735	0.05008
13	25	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09465	0.05008
13	26	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09465	0.05008
14	27	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08332	0.05009
14	28	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08332	0.05009
15	29	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09942	0.05008
15	30	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09942	0.05008
16	31	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16097	0.05005
16	32	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16097	0.05005
17	33	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14498	0.05005
17	34	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14498	0.05005
18	35	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0825	0.05006
18	36	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0825	0.05006
19	37	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09643	0.05006
19	38	KKK	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09643	0.05006
20	39	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14853	0.05006
20	40	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14853	0.05006
21	41	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18929	0.05004
21	42	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18929	0.05004
22	43	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13901	0.05005
22	44	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13901	0.05005
23	45	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13209	0.05005
23	46	KKK	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13209	0.05005
24	47	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11732	0.05005
24	48	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11732	0.05005
25	49	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13394	0.05006
25	50	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13394	0.05006
26	51	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15097	0.05005
26	52	KKK	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15097	0.05005
27	53	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16562	0.05005
27	54	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16562	0.05005
28	55	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08607	0.05006
28	56	KKK	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08607	0.05006
29	57	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14746	0.05005
29	58	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14746	0.05005
30	59	KKK	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12641	0.05006
30	60	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12641	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.352	148	0.349	6139	0.349	6295	0.527	0.522	99.8729	0.346
2.462-2.53	0.376	123	0.317	6060	0.318	6190	0.683	0.708	99.8869	0.31
2.53-2.603	0.336	130	0.31	5871	0.311	6008	0.742	0.736	99.8835	0.298
2.603-2.683	0.295	137	0.276	5709	0.276	5852	0.795	0.828	99.8975	0.258
2.683-2.771	0.336	137	0.276	5513	0.278	5655	0.8	0.81	99.9116	0.257
2.771-2.868	0.301	106	0.275	5359	0.276	5469	0.812	0.825	99.9269	0.25
2.868-2.976	0.313	104	0.253	5190	0.254	5297	0.858	0.865	99.9434	0.228
2.976-3.098	0.282	103	0.241	4976	0.242	5081	0.881	0.892	99.9606	0.217
3.098-3.235	0.26	122	0.225	4735	0.226	4860	0.908	0.909	99.9383	0.203
3.235-3.393	0.276	100	0.219	4587	0.22	4691	0.907	0.922	99.9147	0.202
3.393-3.576	0.251	99	0.212	4335	0.213	4437	0.916	0.926	99.9324	0.197
3.576-3.793	0.269	96	0.223	4104	0.224	4203	0.913	0.913	99.9286	0.206
3.793-4.054	0.261	114	0.195	3833	0.197	3949	0.916	0.931	99.9494	0.181
4.054-4.378	0.213	103	0.155	3588	0.157	3692	0.948	0.959	99.9729	0.146
4.378-4.795	0.169	92	0.147	3318	0.148	3410	0.962	0.967	100	0.141
4.795-5.36	0.242	88	0.167	2979	0.169	3083	0.951	0.965	99.481	0.163
5.36-6.185	0.292	60	0.187	2617	0.189	2703	0.941	0.96	99.0381	0.182
6.185-7.567	0.198	41	0.169	2274	0.17	2318	0.945	0.956	99.8706	0.165
7.567-10.667	0.178	43	0.161	1754	0.161	1797	0.964	0.967	100	0.162
10.667-93.83	0.258	31	0.237	989	0.238	1022	0.952	0.927	99.8043	0.259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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