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- PDB-7q4l: The solution structure of hsDND1 RRM12 bound to CUUAUUUG RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q4l
タイトルThe solution structure of hsDND1 RRM12 bound to CUUAUUUG RNA
要素
  • Dead end protein homolog 1
  • RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Protein-RNA complex / post-transcriptional gene regulation / PTGR / germ line differentiation / AU-rich RNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / mRNA stabilization / germ cell development / mRNA 3'-UTR binding / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dead end protein 1, RNA recognition motif 1 / DND1, double-stranded RNA binding domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Dead end protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Duszczyk, M.M. / Allain, F.H.T.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_149921 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_170130 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The solution structure of Dead End bound to AU-rich RNA reveals an unusual mode of tandem RRM-RNA recognition required for mRNA regulation.
著者: Duszczyk, M.M. / Wischnewski, H. / Kazeeva, T. / Arora, R. / Loughlin, F.E. / von Schroetter, C. / Pradere, U. / Hall, J. / Ciaudo, C. / Allain, F.H.
履歴
登録2021年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dead end protein homolog 1
B: RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3932
ポリマ－27,3932
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations and lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Dead end protein homolog 1 / RNA-binding motif / single-stranded-interacting protein 4


分子量: 24927.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DND1, RBMS4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IYX4
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')


分子量: 2465.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic32D 1H-15N HSQC
125isotropic32D 1H-13C HSQC
132isotropic33D 1H-15N NOESY
141isotropic23D HNCO TROSY
151isotropic23D HN(CA)CO TROSY
165isotropic33D 1H-15N NOESY
171isotropic23D HN(CO)CACB TROSY
181isotropic23D HN(CA)CB TROSY
191isotropic23D HN(CO)CA TROSY
1101isotropic23D HNCA TROSY
1112isotropic32D 1H-13C HSQC
1125isotropic32D F1 filtered, F2 filtered NOESY
1135isotropic32D F2 filtered NOESY
1143isotropic32D NOESY
1153isotropic12D TOCSY
1165isotropic13D (H)CCH-COSY
1175isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1185isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1195isotropic33D 1H-13C-HSQC-aromatic-NOESY
1205isotropic33D 1H-13C-HMQC-NOESY
1216isotropic32D 1H-13C HSQC
1224isotropic32D 1H-13C HSQC
1238isotropic32D F2 filtered NOESY
1247isotropic32D F2 filtered NOESY
1258isotropic32D F1 filtered, F2 filtered NOESY
1267isotropic32D F1 filtered, F2 filtered NOESY
1273isotropic32D 1H-1H TOCSY
1285isotropic33D F3 filtered, F2 edited 13C HMQC-NOESY
1295isotropic32D 13C F2 filtered 2D NOESY
1305isotropic32D 13C F1 filtered, F2 filtered NOESY
1319anisotropic22D 1H-15N TROSY
13211isotropic22D 1H-15N TROSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM fractionally deuterated, 13C,15N-labeled hsDnd1 RRM12, 0.9 mM RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O13C15NfracdeutRRM12-CUUAUUUG95% H2O/5% D2O
solution20.8 mM 13C,15N-labeled hsDnd1 RRM12, 0.9 mM RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O13C15NRRM12-CUUAUUUG_H2O95% H2O/5% D2O
solution30.8 mM hsDnd1 RRM12, 0.8 mM RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 100% D2ORRM12-CUUAUUUG100% D2O
solution40.8 mM hsDnd1 RRM12, 0.8 mM selectively 13C ribose-labeled C*UU*AU*UU*G RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 100% D2ORRM12-C*UU*AU*UU*G100% D2O
solution50.8 mM 13C,15N-labeled hsDnd1 RRM12, 0.9 mM RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 100% D2O13C15NRRM12-CUUAUUUG_D2O100% D2O
solution60.8 mM hsDnd1 RRM12, 0.8 mM selectively 13C ribose-labeled CU*UA*UU*UG* RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 100% D2ORRM12-CU*UA*UU*UG*100% D2O
solution70.8 mM 13C15N hsDnd1 RRM12, 0.8 mM selectively 13C ribose-labeled C*UU*AU*UU*G RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 100% D2O13C15NRRM12-C*UU*AU*UU*G100% D2O
solution80.8 mM 13C15N hsDnd1 RRM12, 0.8 mM selectively 13C ribose-labeled CU*UA*UU*UG* RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 100% D2O13C15NRRM12-CU*UA*UU*UG*100% D2O
solution90.8 mM 13C,15N-labeled hsDnd1 RRM12, 0.9 mM RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 4.2 % C12E5 polyethylene glycol / hexanol, 95% H2O/5% D2O15NRRM12-CUUAUUUG_H2O_aniso95% H2O/5% D2O
solution110.8 mM 13C,15N-labeled hsDnd1 RRM12, 0.9 mM RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3'), 100 mM KHPO4/ KH2PO4 pH 6.6, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O15NRRM12-CUUAUUUG_H2O_iso95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMhsDnd1 RRM12fractionally deuterated, 13C,15N-labeled1
0.9 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')none1
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none1
1 mMDTTnone1
0.8 mMhsDnd1 RRM1213C,15N-labeled2
0.9 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')none2
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none2
1 mMDTTnone2
0.8 mMhsDnd1 RRM12none3
0.8 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')none3
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none3
1 mMDTTnone3
0.8 mMhsDnd1 RRM12none4
0.8 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')selectively 13C ribose-labeled C*UU*AU*UU*G4
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none4
1 mMDTTnone4
0.8 mMhsDnd1 RRM1213C,15N-labeled5
0.9 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')none5
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none5
1 mMDTTnone5
0.8 mMhsDnd1 RRM12none6
0.8 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')selectively 13C ribose-labeled CU*UA*UU*UG*6
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none6
1 mMDTTnone6
0.8 mMhsDnd1 RRM1213C15N7
0.8 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')selectively 13C ribose-labeled C*UU*AU*UU*G7
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none7
1 mMDTTnone7
0.8 mMhsDnd1 RRM1213C15N8
0.8 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')selectively 13C ribose-labeled CU*UA*UU*UG*8
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none8
1 mMDTTnone8
0.8 mMhsDnd1 RRM1213C,15N-labeled9
0.9 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')none9
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none9
1 mMDTTnone9
4.2 %C12E5 polyethylene glycol / hexanolnone9
0.8 mMhsDnd1 RRM1213C,15N-labeled11
0.9 mMRNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*G)-3')none11
100 mMKHPO4/ KH2PO4 pH 6.6none11
1 mMDTTnone11
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.6 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKY1.1412Lee W, Tonelli M, Markley JLデータ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
ATNOS3.1ATNOS-CANDIDpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations and lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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