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- PDB-7q4i: Crystal structure of DmC1GalT1 in complex with UDP-Mn2+ and the A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q4i
タイトルCrystal structure of DmC1GalT1 in complex with UDP-Mn2+ and the APD-TGalNAc-RP
要素
  • Glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1
  • Mucin-1
キーワードTRANSFERASE / C1GalT1 / T-synthase / T antigen / Tn antigen / mucin-type O-glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylgalactosaminide beta-1,3-galactosyltransferase / glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase activity / beta-1,3-galactosyltransferase activity / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / central nervous system morphogenesis / glycolipid biosynthetic process / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 ...N-acetylgalactosaminide beta-1,3-galactosyltransferase / glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase activity / beta-1,3-galactosyltransferase activity / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / central nervous system morphogenesis / glycolipid biosynthetic process / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of filopodium assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / muscle cell development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / neuromuscular junction development / protein glycosylation / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / transcription coregulator activity / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Golgi lumen / p53 binding / manganese ion binding / vesicle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / apical plasma membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotide binding / chromatin / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Fringe-like / Fringe-like / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #50 / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A ...: / Fringe-like / Fringe-like / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #50 / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Mucin-1 / Glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gonzalez-Ramirez, A.M. / Coelho, H. / Companon, I. / Grosso, A.S. / Yang, Z. / Narimatsu, Y. / Clausen, H. / Marcelo, F. / Corzana, F. / Hurtado-Guerrero, R.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-105451GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the synthesis of the core 1 structure by C1GalT1.
著者: Gonzalez-Ramirez, A.M. / Grosso, A.S. / Yang, Z. / Companon, I. / Coelho, H. / Narimatsu, Y. / Clausen, H. / Marcelo, F. / Corzana, F. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2021年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1
B: Glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1
G: Mucin-1
F: Mucin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,39013
ポリマ－73,8434
非ポリマー1,5479
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.241, 80.445, 71.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 87 - 364 / Label seq-ID: 15 - 292

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ABGF

#1: タンパク質 Glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1 / Core 1 O-glycan T-synthase / Core 1 UDP-galactose:N-acetylgalactosamine-alpha-R beta 1 / 3- ...Core 1 O-glycan T-synthase / Core 1 UDP-galactose:N-acetylgalactosamine-alpha-R beta 1 / 3-galactosyltransferase 1 / Core 1 beta1 / C1GalT1 / Core 1 beta3-Gal-T1


分子量: 36265.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: C1GalTA, CG9520 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q7K237, N-acetylgalactosaminide beta-1,3-galactosyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Mucin-1 / MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma- ...MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma-associated mucin / Episialin / H23AG / Krebs von den Lungen-6 / KL-6 / PEMT / Peanut-reactive urinary mucin / PUM / Polymorphic epithelial mucin / PEM / Tumor-associated epithelial membrane antigen / EMA / Tumor-associated mucin


分子量: 655.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15941
#6: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 81分子

#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: potassium thiocyanate, Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 22437 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.825 / Num. unique obs: 3241 / CC1/2: 0.412 / Rpim(I) all: 0.526

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF-Q9NS00-F1-model_v1.pdb

解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.877 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.624 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23466 841 3.8 %RANDOM
Rwork0.17547 ---
obs0.1778 21579 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-2.71 Å2
2--0.25 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4570 0 178 74 4822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0164434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.6956657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.421.63310243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6365560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.38622.113265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22615782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7481529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8263.1892242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8253.1862240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3414.7742797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3414.7762798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6223.5822657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6223.5822658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6655.213860
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.61336.3365415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.61336.3245405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9246 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 49 -
Rwork0.226 1585 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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