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- PDB-7q4a: Toxoplasma gondii PRP4K kinase domain (L715F) bound to altiratinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q4a
タイトルToxoplasma gondii PRP4K kinase domain (L715F) bound to altiratinib
要素Non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードSPLICING / Spliceosome / kinase inhibitor / splicing inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cis splicing, via spliceosome / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Altiratinib / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Swale, C. / Bellini, V. / Bowler, M.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)614880 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)EQU202103012571 フランス
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: Altiratinib blocks Toxoplasma gondii and Plasmodium falciparum development by selectively targeting a spliceosome kinase.
著者: Swale, C. / Bellini, V. / Bowler, M.W. / Flore, N. / Brenier-Pinchart, M.P. / Cannella, D. / Belmudes, L. / Mas, C. / Coute, Y. / Laurent, F. / Scherf, A. / Bougdour, A. / Hakimi, M.A.
履歴
登録2021年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific serine/threonine protein kinase
B: Non-specific serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0327
ポリマ－85,7542
非ポリマー1,2775
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area32550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)96.771, 96.771, 112.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Non-specific serine/threonine protein kinase


分子量: 42877.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGGT1_313180 / プラスミド: pFastBac-1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: S7UT92, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-A9I / Altiratinib / N-1'-[4-[2-(cyclopropylcarbonylamino)pyridin-4-yl]oxy-2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-N-1-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide / 1-N'-[4-[2-(cyclopropanecarbonylamino)pyridin-4-yl]oxy-2,5-difluorophenyl]-1-N-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide / N-[4-[[2-[(Cyclopropylcarbonyl)amino]-4-pyridinyl]oxy]-2,5-difluorophenyl]-N'-(4-fluorophenyl)-1,1-cyclopropanedicarboxamide


分子量: 510.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21F3N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% PEG 3350, 0.18 M Potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→48.62 Å / Num. obs: 45271 / % possible obs: 93.07 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 55.45 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.37
反射 シェル解像度: 2.31→2.39 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 1688 / CC1/2: 0.357 / % possible all: 37.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CNH

6cnh


解像度: 2.31→48.62 Å / SU ML: 0.3059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.8033
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 1995 4.72 %
Rwork0.2022 40238 -
obs0.2029 42233 93.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5560 0 90 22 5672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00355787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71797792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.66142187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.370.3512390.3153746X-RAY DIFFRACTION24.3
2.37-2.430.35321230.32552553X-RAY DIFFRACTION82.39
2.43-2.50.3211480.30473013X-RAY DIFFRACTION99.65
2.5-2.590.32881540.2793083X-RAY DIFFRACTION99.97
2.59-2.680.29441530.27913081X-RAY DIFFRACTION99.48
2.68-2.780.28171510.27273064X-RAY DIFFRACTION99.94
2.78-2.910.29241530.27123094X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.070.29531530.25413064X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.260.23551500.24043082X-RAY DIFFRACTION99.81
3.26-3.510.281560.22653048X-RAY DIFFRACTION99.1
3.51-3.860.18641560.18723095X-RAY DIFFRACTION99.75
3.86-4.420.18221500.16233093X-RAY DIFFRACTION99.69
4.42-5.560.16881530.15883093X-RAY DIFFRACTION99.88
5.57-48.620.17261560.16693129X-RAY DIFFRACTION99.15
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.2427251937 Å / Origin y: -29.2132043398 Å / Origin z: -7.44151070606 Å
111213212223313233
T0.342225151847 Å20.0719031514811 Å20.013691512091 Å2-0.483172547709 Å2-0.00803202946338 Å2--0.316731530041 Å2
L0.993434643594 °20.579409265545 °2-0.0701900335088 °2-1.76419098232 °20.128550651935 °2--0.593079730592 °2
S0.0245011134654 Å °-0.136264752923 Å °0.00737008918389 Å °0.0978767536317 Å °-0.0285744380078 Å °-0.020617331775 Å °0.0623752697498 Å °-0.012761913397 Å °0.0121306004034 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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