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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q3q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with the neutralizing nanobody VHH-12 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Coronavirus / nanobody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vicugna pacos (アルパカ) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez, I. / Pederzoli, R. / Rey, F.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NANOBODIES AGAINST SARS-COV-2 NEUTRALIZE VARIANTS OF CONCERN AND EXPLORE CONFORMATIONAL DIFFERENCES ON THE SPIKE PROTEIN 著者: Fernandez, I. / Rey, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q3q.cif.gz | 148.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q3q.ent.gz | 115.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q3q_validation.pdf.gz | 779.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q3q_full_validation.pdf.gz | 779.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7q3q_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q3q_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q3rC 6ym0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-抗体 / タンパク質 / 糖 , 3種, 3分子 BA
#1: 抗体 | 分子量: 15274.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22277.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6H2EIN2 |
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 141分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 0.2 M Li2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980112 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.980112 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→47.41 Å / Num. obs: 20030 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 52.1 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 32.4 / Num. measured all: 1043029 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6YM0 解像度: 2.3→47.41 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.79 Å2 / Biso mean: 52.8057 Å2 / Biso min: 28.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→47.41 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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