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- PDB-7q3b: Crystal structure of human STING in complex with 3'3'-c-(2'F,2'dA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3b
タイトルCrystal structure of human STING in complex with 3'3'-c-(2'F,2'dA-isonucA)MP
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / sting / antiviral / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to organic cyclic compound / protein complex oligomerization / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
3'3'-c-(2'F,2'dA-isonucA)MP / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55733924728 Å
データ登録者Smola, M. / Klima, M. / Boura, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Discovery of isonucleotidic CDNs as potent STING agonists with immunomodulatory potential.
著者: Dejmek, M. / Sala, M. / Brazdova, A. / Vanekova, L. / Smola, M. / Klima, M. / Brehova, P. / Budesinsky, M. / Dracinsky, M. / Prochazkova, E. / Zavrel, M. / Simak, O. / Pav, O. / Boura, E. / ...著者: Dejmek, M. / Sala, M. / Brazdova, A. / Vanekova, L. / Smola, M. / Klima, M. / Brehova, P. / Budesinsky, M. / Dracinsky, M. / Prochazkova, E. / Zavrel, M. / Simak, O. / Pav, O. / Boura, E. / Birkus, G. / Nencka, R.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8332
ポリマ－23,1891
非ポリマー6441
水77543
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6674
ポリマ－46,3782
非ポリマー1,2892
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.728, 110.728, 35.746
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 23189.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-8SC / 3'3'-c-(2'F,2'dA-isonucA)MP / 9-[(1R,6R,9R,10S,15R,17R,18R)-17-(6-aminopurin-9-yl)-18-fluoranyl-3,12-bis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.3.0.0^{6,10}]octadecan-9-yl]purin-6-amine


分子量: 644.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23FN10O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.557→34.02 Å / Num. obs: 7594 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 37.9884992619 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2218 / Rrim(I) all: 0.2367 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.557→2.649 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9621 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 716 / CC1/2: 0.777 / CC star: 0.935 / Rrim(I) all: 1.023 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSxdsgui2データ削減
XDSxdsgui2データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
Coot0.7.1モデル構築
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ksy

4ksy


解像度: 2.55733924728→34.0173257887 Å / SU ML: 0.282396223056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34751557498 / 位相誤差: 22.7504803796
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231847861777 382 5.0309495588 %random selection
Rwork0.190811450839 7211 --
obs0.192989387043 7593 99.684915321 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.502334703 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55733924728→34.0173257887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1408 0 43 43 1494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007082191915271487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.076560267072026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0380045626748222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061980990071260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.548009796558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55733924728-2.92720.3037496415031240.221003095042335X-RAY DIFFRACTION99.5546558704
2.9272-3.68730.2209279610861250.1954796284362372X-RAY DIFFRACTION99.9599679744
3.6873-34.01732578870.2161430184911330.1786359149512504X-RAY DIFFRACTION99.5469988675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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