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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q2m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodium falciparum CTP:phosphocholine cytidylyltransferase with but-3-yn-2-amine hydrochloride | ||||||
要素 | Cholinephosphate cytidylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Plasmodium Falciparum CCT Inhibitors Fragments | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of PC / choline-phosphate cytidylyltransferase / choline-phosphate cytidylyltransferase activity / phosphatidylcholine binding / nuclear envelope / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Duclovel, C. / Gelin, M. / Krimm, I. / Cerdan, R. / Guichou, J.F. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystallographic screening using ultra-low-molecular-weight ligands to guide drug design of PfCCT inhibitors. 著者: Duclovel, C. / Gelin, M. / Wein, S. / Wengelnik, K. / Krimm, I. / Guichou, J.F. / Cerdan, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q2m.cif.gz | 71.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q2m.ent.gz | 50.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q2m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q2m_validation.pdf.gz | 724.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q2m_full_validation.pdf.gz | 726.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7q2m_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q2m_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7puiC 7q2kC 7q3mC 7q3wC 7q9wC 7qadC 7z9vC 4zctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20810.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: ctP, MAL13P1.86 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8IEE9, choline-phosphate cytidylyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: PEG 4000 19%, TRIS pH8 0.1M Guanidine HCL 6-7-8-9-10% Glycerol 5-6-7% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96546 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→40.64 Å / Num. obs: 12612 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 47.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04953 / Net I/σ(I): 17.18 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.154 Å / Num. unique obs: 12612 / CC1/2: 0.999 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZCT 解像度: 2.08→40.64 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 29.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.01 Å2 / Biso mean: 59.4236 Å2 / Biso min: 36.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.08→40.64 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -19.7382 Å / Origin y: -12.0648 Å / Origin z: -21.6757 Å
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精密化 TLSグループ |
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