+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q1k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the native AA9A LPMO from Thermoascus aurantiacus | ||||||
![]() | Gh61 isozyme a | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / LPMO / thermostability / copper-binding / monooxygenase / thermophilic fungus | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, W. / Mohsin, I. / Li, D.C. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Purification and Structural Characterization of the Auxiliary Activity 9 Native Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Thermoascus aurantiacus and Identification of Its C1- and C4- ...タイトル: Purification and Structural Characterization of the Auxiliary Activity 9 Native Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Thermoascus aurantiacus and Identification of Its C1- and C4-Oxidized Reaction Products 著者: Yu, W. / Mohsin, I. / Papageorgiou, A.C. / Li, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 82.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2yetS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24418.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 311分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CU / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 % / 解説: Thin needles grown as haystacks |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→44.36 Å / Num. obs: 43359 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 13.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.41 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2631 / CC1/2: 0.25 / Rpim(I) all: 1.203 / Rrim(I) all: 2.9 / % possible all: 58.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2yet 解像度: 1.36→44.27 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.7883 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 詳細: ML with simulated annealing
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→44.27 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|