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万見
- PDB-7q1k: Crystal structure of the native AA9A LPMO from Thermoascus aurantiacus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q1k
タイトルCrystal structure of the native AA9A LPMO from Thermoascus aurantiacus
要素Gh61 isozyme a
キーワードOXIDOREDUCTASE / LPMO / thermostability / copper-binding / monooxygenase / thermophilic fungus
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61)
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoascus aurantiacus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Yu, W. / Mohsin, I. / Li, D.C. / Papageorgiou, A.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31571949 中国
引用ジャーナル: Catalysts / 年: 2022
タイトル: Purification and Structural Characterization of the Auxiliary Activity 9 Native Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Thermoascus aurantiacus and Identification of Its C1- and C4- ...タイトル: Purification and Structural Characterization of the Auxiliary Activity 9 Native Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Thermoascus aurantiacus and Identification of Its C1- and C4-Oxidized Reaction Products
著者: Yu, W. / Mohsin, I. / Papageorgiou, A.C. / Li, D.
履歴
登録2021年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gh61 isozyme a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1136
ポリマ－24,4181
非ポリマー6955
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.690, 64.191, 88.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Gh61 isozyme a / TaAA9A / lytic polysaccharide monooxygenase


分子量: 24418.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 参照: UniProt: G3XAP7, cellulase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 311分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 % / 解説: Thin needles grown as haystacks
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→44.36 Å / Num. obs: 43359 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 13.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.36→1.41 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2631 / CC1/2: 0.25 / Rpim(I) all: 1.203 / Rrim(I) all: 2.9 / % possible all: 58.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
EDNAデータ収集
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2yet

2yet


解像度: 1.36→44.27 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.7883
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: ML with simulated annealing
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1852 2159 5 %
Rwork0.1505 41061 -
obs0.1523 43220 92.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→44.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 42 307 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00541861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86632570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3467274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.390.4196740.36421344X-RAY DIFFRACTION46.04
1.39-1.430.35211330.28972555X-RAY DIFFRACTION87.53
1.43-1.470.2811430.2422717X-RAY DIFFRACTION93.71
1.47-1.510.25531470.212783X-RAY DIFFRACTION94.61
1.51-1.560.24171450.19212778X-RAY DIFFRACTION94.84
1.56-1.610.26141470.18292764X-RAY DIFFRACTION95.26
1.61-1.680.21251470.1662812X-RAY DIFFRACTION95.51
1.68-1.760.22821470.15182804X-RAY DIFFRACTION95.75
1.76-1.850.18321510.13472841X-RAY DIFFRACTION96.05
1.85-1.960.16671480.12722863X-RAY DIFFRACTION96.57
1.96-2.120.17121480.12752856X-RAY DIFFRACTION96.62
2.12-2.330.16271520.12572903X-RAY DIFFRACTION97.51
2.33-2.670.17531540.14152931X-RAY DIFFRACTION97.63
2.67-3.360.16851570.14052967X-RAY DIFFRACTION98.42
3.36-44.270.15441660.14123143X-RAY DIFFRACTION98.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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