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万見
- PDB-7q0n: Arbitrium receptor from Katmira phage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q0n
タイトルArbitrium receptor from Katmira phage
要素
  • (DNA (45-MER)) x 2
  • Arbitrium receptor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Arbitrium
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Arbitrium receptor
機能・相同性情報
生物種Bacillaceae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gallego del Sol, F. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish National Research Council スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Insights into the mechanism of action of the arbitrium communication system in SPbeta phages.
著者: Gallego Del Sol, F. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arbitrium receptor
B: Arbitrium receptor
C: DNA (45-MER)
D: DNA (45-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,90211
ポリマ－118,2294
非ポリマー6727
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area47190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.719, 39.866, 143.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 386 / Label seq-ID: 1 - 386

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Arbitrium receptor


分子量: 45261.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillaceae (バクテリア) / 遺伝子: aimR, Goe11_c00800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G5CHT1
#2: DNA鎖 DNA (45-MER)


分子量: 13850.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillaceae (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (45-MER)


分子量: 13854.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillaceae (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 400, Sodium acetate, Litium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→140.627 Å / Num. all: 50324 / Num. obs: 50324 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.107 / Rsym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 4.4 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 320049
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.645.31.5470.53215860370.731.7221.547181.1
2.64-2.86.21.0190.74317169640.4431.1141.0191.798.2
2.8-2.996.90.6491.24602166540.2640.7010.6492.899.7
2.99-3.236.70.2822.54199562390.1170.3060.282599.5
3.23-3.546.70.1544.43844757340.0650.1680.1548.799.6
3.54-3.956.50.1066.23393652390.0450.1150.10612.999.7
3.95-4.566.50.0748.22984246050.0320.0810.07418.899.5
4.56-5.596.20.0679.22470639640.0290.0730.06719.299.6
5.59-7.916.30.0619.71945731130.0260.0670.06120.199.7
7.91-65.2515.80.0519.31031617750.0230.0560.05128.698.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HP7

6hp7


解像度: 2.5→65.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 30.838 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2494 2549 5.1 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2043 47746 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 210.9 Å2 / Biso mean: 84.307 Å2 / Biso min: 44.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20.42 Å2
2--3.42 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→65.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6356 1845 35 49 8285
Biso mean--141.85 70.91 -
残基数----862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0138598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0167244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9291.66511967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3031.57716792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.55424.444360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.649151272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.4841525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021824
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13226 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 130 -
Rwork0.38 2648 -
all-2778 -
obs--73.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1532-1.36851.29430.7107-0.53891.83440.1510.3473-0.2612-0.0657-0.15130.17570.0353-0.31820.00030.0623-0.00730.05090.3346-0.08070.144615.2064-0.042754.9532
21.31530.08680.82060.59051.04233.4790.01910.4330.0704-0.2211-0.1950.0125-0.2717-0.18520.17580.16080.09190.09990.4060.06040.149147.66275.420426.1447
36.778-1.7757-5.69560.50031.47144.83220.24570.89980.2448-0.1101-0.1005-0.0555-0.0763-0.749-0.14520.37920.10650.20421.2169-0.09230.42518.59622.967914.6446
46.3614-1.8744-6.13840.58581.83025.9824-0.05571.1316-0.1236-0.0178-0.21540.06550.1523-0.98770.2710.3960.10890.2631.2831-0.07590.50528.61142.247814.6731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 386
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 386
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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