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- PDB-7pxx: The crystal structure of Leishmania major Pteridine Reductase 1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pxx
タイトルThe crystal structure of Leishmania major Pteridine Reductase 1 in complex with substrate folic acid
要素(Pteridine reductase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enzyme-Substrate complex / Rossmann fold / cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / pteridine reductase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / response to methotrexate / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Pteridine reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Di Pisa, F. / Dello Iacono, L. / Mangani, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)603240European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of Leishmania major pteridine reductase 1 with the cofactor NADP + /NADPH and the substrate folic acid.
著者: Dello Iacono, L. / Di Pisa, F. / Mangani, S.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pteridine reductase 1
B: Pteridine reductase 1
C: Pteridine reductase 1
D: Pteridine reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,34819
ポリマ－121,8264
非ポリマー5,52215
水11,205622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25890 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.900, 103.750, 136.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
Pteridine reductase ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Pteridine reductase 1 / H region methotrexate resistance protein


分子量: 30456.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: PTR1, HMTXR, L1063.01, LmjF23.0270, LmjF_23_0270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01782, pteridine reductase
#2: タンパク質 Pteridine reductase 1 / H region methotrexate resistance protein


分子量: 30456.580 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: PTR1, HMTXR, L1063.01, LmjF23.0270, LmjF_23_0270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01782, pteridine reductase

-
非ポリマー , 6種, 637分子

#3: 化合物
ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 12.5 mg/mL in 20 mM Sodium Acetate pH 5.3 and 10 mM DTT; Crystallization buffer: 12% PEG4600, 100 mM Sodium Acetate pH 5.5 and 120-160 mM Calcium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→32.88 Å / Num. obs: 123220 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.81→1.91 Å / Num. unique obs: 17721 / CC1/2: 0.706

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RXC

6rxc


解像度: 1.81→32.493 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 6123 4.97 %
Rwork0.2271 116974 -
obs0.2291 123097 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.81 Å2 / Biso mean: 23.3248 Å2 / Biso min: 8.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→32.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7580 0 371 622 8573
Biso mean--30.32 28.28 -
残基数----1034
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.81-1.83060.32751750.2924381498
1.8306-1.85210.33042250.28683839100
1.8521-1.87470.31861980.27833838100
1.8747-1.89840.34951940.27853913100
1.8984-1.92340.3172030.26913842100
1.9234-1.94970.29481930.27053857100
1.9497-1.97760.33532240.26013866100
1.9776-2.00710.32132340.2643814100
2.0071-2.03850.28911900.24973892100
2.0385-2.07190.27452070.24683879100
2.0719-2.10760.28491990.23813861100
2.1076-2.14590.26462140.23973854100
2.1459-2.18720.28632100.23983859100
2.1872-2.23180.27862020.23323892100
2.2318-2.28030.2652070.22313877100
2.2803-2.33340.28872120.22983839100
2.3334-2.39170.28322020.23593917100
2.3917-2.45630.31571970.23563883100
2.4563-2.52860.28561940.23313890100
2.5286-2.61020.27631950.22993912100
2.6102-2.70340.28192180.22933908100
2.7034-2.81160.25471920.23083917100
2.8116-2.93950.27652060.22843876100
2.9395-3.09430.2541970.2233933100
3.0943-3.2880.2662040.22433940100
3.288-3.54160.26882080.21183933100
3.5416-3.89750.23911930.20213973100
3.8975-4.46030.19851910.18973987100
4.4603-5.61470.23011940.19324039100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2056-0.0251-0.28890.65860.05961.8503-0.018-0.10210.19870.01460.00960.0618-0.0881-0.07630.01970.15370.04450.00860.1255-0.03270.1648-46.922428.033721.0027
21.13590.06450.53480.58910.11611.2879-0.0221-0.01860.1486-0.09940.0321-0.0468-0.1020.00240.04680.1489-0.00130.02920.0837-0.00240.1746-38.452928.597711.6368
30.48540.3416-0.04740.53130.09540.3185-0.05870.03340.0123-0.05270.01520.0501-0.02880.00220.02460.14570.01970.03040.10460.00660.1369-43.711913.36439.7369
41.0906-0.1587-0.97820.8784-0.26621.07490.0070.37670.0415-0.1979-0.0269-0.1168-0.0929-0.1105-0.03410.2795-0.11280.0870.39510.06590.1993-24.297224.5008-22.435
50.76190.1574-0.41940.0401-0.13831.0265-0.08630.39270.191-0.0862-0.0134-0.0979-0.24650.1634-0.22870.3453-0.17870.05530.3390.13080.272-24.777833.3724-21.438
60.8269-0.03520.22750.8324-0.4011.7185-0.09530.31690.2434-0.22730.01840.0857-0.1734-0.0731-0.00280.2684-0.08090.02780.18990.07770.1911-31.063929.1953-14.4254
73.98132.98081.48247.78283.31212.47370.103-0.30850.17370.2704-0.15770.07730.06420.03920.00110.2304-0.04150.07250.14950.02670.2027-28.36331.1096-0.5005
82.01930.21351.36111.37460.90112.3651-0.13510.40260.2269-0.419-0.12180.0355-0.2199-0.36370.21210.2038-0.02620.00760.28630.04650.1629-42.357125.271-21.4685
90.1702-0.29770.07170.8026-0.5840.8621-0.05480.1136-0.0613-0.01040.04170.03030.2172-0.13910.0130.192-0.01260.07710.1857-0.02220.2017-27.170715.8242-4.2113
102.83250.88732.5430.47280.92012.5180.0050.0796-0.0666-0.06360.00270.02530.0628-0.0854-0.01740.1454-0.03080.04610.1230.00370.1142-37.430719.0147-7.0658
110.5392-0.5735-0.0750.7965-0.27650.7366-0.24680.34730.1337-0.06710.0918-0.1845-0.14010.26430.14840.2001-0.0360.06850.1633-0.00330.1822-23.812315.7947-11.1528
121.66480.4860.23070.8881-0.51410.4850.02140.08470.02120.1148-0.1146-0.0953-0.140.06620.03090.1771-0.05470.09480.1816-0.00180.2834-11.15128.754-6.1719
130.5663-0.17580.34270.2562-0.11510.4826-0.06830.2554-0.1398-0.12860.0471-0.14590.010.0107-0.00390.2323-0.04830.09260.1951-0.02750.1608-28.08328.6584-14.3604
141.19350.2029-0.22150.6596-0.41071.0386-0.0021-0.105-0.25260.0444-0.0228-0.10680.1011-0.00120.02890.1653-0.0060.04570.13060.04110.205-39.7803-17.535419.107
152.9805-0.8661-0.31961.74820.57771.62170.01770.19-0.1987-0.1486-0.0817-0.05820.2085-0.15250.06680.1981-0.0250.05450.09740.02290.1773-46.5001-15.57739.0058
161.0325-0.1343-0.00340.29260.08070.35940.0172-0.0114-0.1082-0.0242-0.0074-0.0101-0.03730.0084-0.02560.16990.00080.05930.1175-0.00410.1562-37.555-6.11575.1574
170.03740.233-0.15642.1787-0.04071.6536-0.1555-0.1125-0.24880.04580.0286-0.23890.02240.29140.12430.14320.0240.04760.15050.02680.1674-32.484-1.948514.4118
180.66620.07210.13910.5104-0.01810.4257-0.01-0.0323-0.1429-0.01150.0032-0.1007-0.03950.04930.01180.15970.01380.03890.11610.01250.1305-34.71723.244615.5578
190.265-0.2403-0.31380.50070.21630.78670.07990.0913-0.0285-0.1002-0.01270.0082-0.0794-0.05820.24320.2071-0.05880.13760.3644-0.17430.201-32.0442-13.2682-27.871
201.04620.1224-1.2330.2631-0.49023.8447-0.11530.0406-0.27290.03120.00550.0660.2648-0.20260.32850.2802-0.05840.1460.2224-0.11530.3304-30.2968-22.7964-20.0606
211.2005-0.4362-0.35640.71660.22780.8633-0.00790.1391-0.05590.00030.0422-0.10940.06570.0421-0.01650.2238-0.02850.09140.1916-0.080.2242-30.3572-13.8521-12.6176
224.04840.9615-0.47860.3806-0.29040.25970.00840.00770.0327-0.09090.0479-0.08390.0310.0519-0.02840.194-0.01880.09210.1621-0.04050.1769-30.053-7.219-5.4599
230.0636-0.3252-0.15871.94080.23011.4589-0.09840.1655-0.2832-0.13550.03450.2560.0833-0.25510.10880.228-0.080.07780.3042-0.11890.235-39.6079-1.3624-16.3784
240.616-0.262-0.28220.39160.01660.37370.01320.2293-0.0757-0.19430.0169-0.0591-0.13440.00950.0120.2184-0.05910.06420.2295-0.04370.1469-36.71823.9189-17.4528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 84 )A5 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 164 )A85 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 165 through 288 )A165 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 40 )B5 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 41 through 84 )B41 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 85 through 133 )B85 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 134 through 148 )B134 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 149 through 174 )B149 - 174
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 175 through 191 )B175 - 191
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 192 through 215 )B192 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 216 through 234 )B216 - 234
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 235 through 253 )B235 - 253
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 254 through 288 )B254 - 288
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 6 through 135 )C6 - 135
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 136 through 173 )C136 - 173
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 174 through 215 )C174 - 215
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 216 through 244 )C216 - 244
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 245 through 288 )C245 - 288
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 5 through 54 )D5 - 54
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 55 through 84 )D55 - 84
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 85 through 191 )D85 - 191
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 192 through 215 )D192 - 215
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 216 through 244 )D216 - 244
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 245 through 288 )D245 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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