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- PDB-7pxp: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pxp
タイトルBenzoylsuccinyl-CoA thiolase
要素(Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit) x 2
キーワードTRANSFERASE / toluene degradation / thiolase / Zn finger motif / CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF35, OB-fold, C-terminal / DUF35 OB-fold domain, acyl-CoA-associated / Domain of unknown function DUF35, rubredoxin-like zinc ribbon domain, N-terminal / Rubredoxin-like zinc ribbon domain (DUF35_N) / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit / Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ermler, U. / Heider, H. / Weidenweber, S. / Demmer, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP1319, He2190/5-1, SFB987 ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Finis tolueni: a new type of thiolase with an integrated Zn-finger subunit catalyzes the final step of anaerobic toluene metabolism.
著者: Weidenweber, S. / Schuhle, K. / Lippert, M.L. / Mock, J. / Seubert, A. / Demmer, U. / Ermler, U. / Heider, J.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
B: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
C: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
D: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
E: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
F: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
G: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
H: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,70612
ポリマ－234,4458
非ポリマー2624
水5,963331
1
A: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
B: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
C: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
D: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3536
ポリマ－117,2224
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10940 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area36390 Å2
2
E: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
F: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
G: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
H: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3536
ポリマ－117,2224
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10860 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area37390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.790, 105.510, 142.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit


分子量: 16985.541 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (バクテリア)
株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: bbsA, Gmet_1528 / 発現宿主: Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q39VG2
#2: タンパク質
Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit


分子量: 41625.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (バクテリア)
株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: bbsB, Gmet_1529 / 発現宿主: Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q39VG1
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 18% PEG 3350 0.1 M MES, pH 6.0 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.41 Å / Num. obs: 150424 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.094 % / Biso Wilson estimate: 34.52 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 10.82 / Num. measured all: 465352 / Scaling rejects: 5869
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.12.2110.4112.293298621851149190.7590.52768.3
2.1-2.32.8770.2734.288737833185303710.9110.33491.5
2.3-2.73.3330.1657.4713391140344401770.9680.19899.6
2.7-3.33.2720.08212.739618629610293980.9880.09999.3
3.3-4.33.2170.05219.86234619739193780.9920.06398.2
4.3-5.93.2660.04324.35321341002698380.9930.05298.1
5.9-83.2240.0424.4712190384637810.9950.04898.3
8-123.1590.03428.15649182417880.9940.04298
12-48.413.3230.0330.2225727997740.9970.03696.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASES位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 7665 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 150397 93.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 133.71 Å2 / Biso mean: 41.02 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5824 Å20 Å2-2.4293 Å2
2--6.7572 Å20 Å2
3----1.1748 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15739 0 4 333 16076
Biso mean--43.41 33.8 -
残基数----2074
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5570SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes372HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2360HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16042HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2089SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19057SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d16042HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg21656HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.74
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 399 5.2 %
Rwork0.218 7267 -
all0.22 7666 -
obs--64.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58760.05890.06550.9594-0.10391.13460.1004-0.31030.16020.1865-0.0282-0.0438-0.0680.0651-0.0722-0.11-0.02880.0039-0.053-0.09010.034898.589725.822966.0136
21.0480.0757-0.06571.857-0.14071.9494-0.05650.1533-0.1475-0.49430.0359-0.18550.1435-0.0320.0206-0.0392-0.05230.0816-0.1594-0.0348-0.013763.249216.12677.9132
31.3608-0.3535-0.29042.4482-0.60171.50580.07130.19110.2399-0.206-0.0422-0.0578-0.18030.031-0.029-0.0682-0.02860.2155-0.3130.00330.131883.990470.981417.7072
40.47790.3046-0.04521.35130.30430.6269-0.00180.12640.2464-0.2372-0.03720.4283-0.1411-0.17510.039-0.14480.05910.009-0.19230.03250.154249.642645.652117.8776
50.57560.09620.19810.96720.12740.60930.0821-0.02980.07780.0940.0105-0.14810.00870.0323-0.0925-0.04960.01930.0572-0.1961-0.03590.067578.516243.470937.1169
61.4572-0.09340.65821.7296-0.33271.11240.0636-0.2675-0.39030.0632-0.0567-0.01110.20670.058-0.0069-0.1560.03570.0045-0.18780.03680.1469122.107-28.248351.3234
70.6160.0991-0.11390.6270.02270.49950.0082-0.1379-0.04290.0685-0.01080.10720.0553-0.10170.0026-0.1686-0.0179-0.0135-0.06370.00910.079887.0674-2.534250.6144
80.77050.0302-0.05020.7345-0.04590.4538-0.005-0.00230.046-0.12550.0026-0.12340.0080.05830.0024-0.1326-0.00710.0075-0.0906-0.00550.0553118.15041.850836.0094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A15 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B16 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 391
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 391
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E14 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F16 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|* }H1 - 391
8X-RAY DIFFRACTION8{ L|* }H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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