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- PDB-7px2: Conotoxin Mu8.1 from Conus mucronatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7px2
タイトルConotoxin Mu8.1 from Conus mucronatus
要素Conotoxin Mu8.1
キーワードTOXIN / Conotoxin
生物種Conus mucronatus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Mueller, E. / Hackney, C. / Ellgaard, L. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2023
タイトル: A previously unrecognized superfamily of macro-conotoxins includes an inhibitor of the sensory neuron calcium channel Cav2.3.
著者: Hackney, C.M. / Florez Salcedo, P. / Mueller, E. / Koch, T.L. / Kjelgaard, L.D. / Watkins, M. / Zachariassen, L. / Tuelund, P.S. / McArthur, J.R. / Adams, D.J. / Kristensen, A.S. / Olivera, B. ...著者: Hackney, C.M. / Florez Salcedo, P. / Mueller, E. / Koch, T.L. / Kjelgaard, L.D. / Watkins, M. / Zachariassen, L. / Tuelund, P.S. / McArthur, J.R. / Adams, D.J. / Kristensen, A.S. / Olivera, B. / Finol-Urdaneta, R.K. / Safavi-Hemami, H. / Morth, J.P. / Ellgaard, L.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conotoxin Mu8.1
B: Conotoxin Mu8.1
C: Conotoxin Mu8.1
D: Conotoxin Mu8.1
E: Conotoxin Mu8.1
F: Conotoxin Mu8.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,65112
ポリマ－61,2216
非ポリマー1,4306
水2,216123
1
A: Conotoxin Mu8.1
B: Conotoxin Mu8.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8844
ポリマ－20,4072
非ポリマー4772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Conotoxin Mu8.1
D: Conotoxin Mu8.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8844
ポリマ－20,4072
非ポリマー4772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Conotoxin Mu8.1
F: Conotoxin Mu8.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8844
ポリマ－20,4072
非ポリマー4772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.840, 88.450, 69.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 12 or resid 15...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 7 through 12 or resid 15...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 7 through 12 or resid 15...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 7 through 12 or resid 15...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 7 through 12 or resid 15...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 7 through 12 or resid 15...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEULEULEUAA7 - 127 - 12
d_12PHEPHETHRTHRAA15 - 3915 - 39
d_13ILEILEGLYGLYAA41 - 6541 - 65
d_14THRTHRASPASPAA67 - 6967 - 69
d_15CYSCYSLEULEUAA71 - 8671 - 86
d_16CYSCYSCYSCYSAA8989
d_17EPEEPEEPEEPEAG101
d_21LEULEULEULEUBB7 - 127 - 12
d_22PHEPHETHRTHRBB15 - 3915 - 39
d_23ILEILEGLYGLYBB41 - 6541 - 65
d_24THRTHRASPASPBB67 - 6967 - 69
d_25CYSCYSLEULEUBB71 - 8671 - 86
d_26CYSCYSCYSCYSBB8989
d_27EPEEPEEPEEPEBH101
d_31LEULEULEULEUCC7 - 127 - 12
d_32PHEPHETHRTHRCC15 - 3915 - 39
d_33ILEILEGLYGLYCC41 - 6541 - 65
d_34THRTHRASPASPCC67 - 6967 - 69
d_35CYSCYSLEULEUCC71 - 8671 - 86
d_36CYSCYSCYSCYSCC8989
d_37EPEEPEEPEEPECI101
d_41LEULEULEULEUDD7 - 127 - 12
d_42PHEPHETHRTHRDD15 - 3915 - 39
d_43ILEILEGLYGLYDD41 - 6541 - 65
d_44THRTHRASPASPDD67 - 6967 - 69
d_45CYSCYSLEULEUDD71 - 8671 - 86
d_46CYSCYSCYSCYSDD8989
d_47EPEEPEEPEEPEDJ101
d_51LEULEULEULEUEE7 - 127 - 12
d_52PHEPHETHRTHREE15 - 3915 - 39
d_53ILEILEGLYGLYEE41 - 6541 - 65
d_54THRTHRASPASPEE67 - 6967 - 69
d_55CYSCYSLEULEUEE71 - 8671 - 86
d_56CYSCYSCYSCYSEE8989
d_57EPEEPEEPEEPEEK101
d_61LEULEULEULEUFF7 - 127 - 12
d_62PHEPHETHRTHRFF15 - 3915 - 39
d_63ILEILEGLYGLYFF41 - 6541 - 65
d_64THRTHRASPASPFF67 - 6967 - 69
d_65CYSCYSLEULEUFF71 - 8671 - 86
d_66CYSCYSCYSCYSFF8989
d_67EPEEPEEPEEPEFL101

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.996743146859, -0.0784871620179, 0.0185166030288), (-0.0801202104307, 0.937763730613, -0.337905219593), (0.00915702298232, -0.338288266048, -0.940997979798)-8.75585047283, 10.5620655318, 63.0380582282
2given(0.046502391944, 0.482817734751, -0.874485312943), (0.795658123118, -0.547200264087, -0.259807663667), (-0.603958341825, -0.683709664985, -0.409603973792)19.873532574, 17.0054050864, 17.7215390634
3given(-0.0888918160039, 0.75561998799, 0.648950444023), (-0.765132226027, -0.468938770828, 0.44121322046), (0.637707551894, -0.457312653405, 0.619834022375)-30.2270176869, -12.4366423272, -10.5537828665
4given(-0.10409925852, -0.727959879828, 0.67767083288), (0.730290211615, -0.518495712439, -0.444790291038), (0.675158908106, 0.448594036455, 0.585596993898)-5.93661105062, 11.9476008842, 31.6590996957
5given(0.172692832678, -0.904321517718, -0.39035852512), (-0.685314763432, -0.394973618413, 0.611832914921), (-0.707474989356, 0.161859301093, -0.687953999978)29.9885181956, -28.112514194, 67.3347838819

-
要素

#1: タンパク質
Conotoxin Mu8.1


分子量: 10203.572 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus mucronatus (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 22% w/v Polyacrylic acid sodium salt 5,100)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→48.97 Å / Num. obs: 41056 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 44.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09074 / Rpim(I) all: 0.0385 / Rrim(I) all: 0.0988 / Net I/σ(I): 9.75
反射 シェル解像度: 2.12→2.196 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.8116 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 3498 / CC1/2: 0.676 / CC star: 0.898 / Rpim(I) all: 0.4409 / Rrim(I) all: 0.9292 / % possible all: 83.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PX1

7px1


解像度: 2.12→48.97 Å / SU ML: 0.2787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.7086
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 3999 5.08 %
Rwork0.2172 74684 -
obs0.2181 41056 94.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 90 123 4283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00344244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77995744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0345646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1409622
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.665472377097
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.698840043164
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.430791564789
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.554324052121
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.704506988127
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3758279362590.0305407988889-0.0331632998860.1265764891680.01160003492230.0945737827224-0.247586822145-0.352523511233-0.935494003315-0.336030978611-0.158341336821-0.1102452758870.5736206500710.1398863483930.002367902122870.569643554271-0.01677527308730.1056002756711.251367303970.2732309704040.601616185431-7.22291150688-11.265690486460.0448057941
21.776862243760.318144947532-0.008298915773352.25127699212-1.669966471451.238981159110.374059716543-0.275190399283-0.4016781628620.01937821267510.1341775721370.01990450533570.4846021339360.2122760257050.001889246451220.5868058203340.0241079663724-0.08871287678790.5560678471880.05121921125830.68373599358114.4380419501-15.877523981354.2784368111
30.0754664834862-0.141525700199-0.04101935663350.2063124427760.09081671026190.08243944154440.549133992789-0.56519085893-0.7584406423070.08501862358590.07225314627480.08500040679250.487574802115-0.5296233874580.005057281228940.656034416218-0.127238993565-0.08127819640250.7039180602860.3443248779740.7112337748723.94949682341-18.883918540356.4338424164
40.365295733726-0.0253049548486-0.04444736372610.002681105679310.02011481392890.2028954726410.213636085328-0.447882142885-0.5774320067760.05805698858070.1415999969590.188503840690.564905047686-0.3208087798450.4908400355490.695980384581-0.302285152198-0.1992630761020.6581455742450.8512078339760.9283192187186.09507795419-26.889054019561.6521825755
50.07326801204740.00628862909233-0.003461592094340.1377496117540.006070200088510.05849141619220.12731488203-0.507946959608-0.5753425047890.08839646604160.354249018751.383248862651.20018061256-0.7217503316460.002169165050370.694187419038-0.261027490323-0.166040392950.8588046817190.2419449689540.994891603104-3.18913388311-24.096811106852.0206555099
60.6750059810060.0827583449638-0.3535600901461.08256244448-0.1326657501630.855502645366-0.1264778727810.2095411118540.1449729910010.1485297380570.0513748313739-0.08719577773690.4146280053790.7669127258020.0002473328904110.639145581540.01107793973460.018290184750.3886498988070.02966572394980.6042191594020.7472675796478.4233994957419.3125071515
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 79 through 89 )EI79 - 8975 - 85
22chain 'F' and (resid 5 through 48 )FK5 - 481 - 44
33chain 'F' and (resid 49 through 63 )FK49 - 6345 - 59
44chain 'F' and (resid 64 through 78 )FK64 - 7860 - 74
55chain 'F' and (resid 79 through 89 )FK79 - 8975 - 85
66chain 'A' and (resid 6 through 24 )AA6 - 241 - 19
77chain 'A' and (resid 25 through 89 )AA25 - 8920 - 84
88chain 'B' and (resid 6 through 29 )BC6 - 291 - 24
99chain 'B' and (resid 30 through 89 )BC30 - 8925 - 84
1010chain 'C' and (resid 5 through 29 )CE5 - 291 - 25
1111chain 'C' and (resid 30 through 89 )CE30 - 8926 - 85
1212chain 'D' and (resid 5 through 29 )DG5 - 291 - 25
1313chain 'D' and (resid 30 through 48 )DG30 - 4826 - 44
1414chain 'D' and (resid 49 through 63 )DG49 - 6345 - 59
1515chain 'D' and (resid 64 through 89 )DG64 - 8960 - 85
1616chain 'E' and (resid 5 through 24 )EI5 - 241 - 20
1717chain 'E' and (resid 25 through 29 )EI25 - 2921 - 25
1818chain 'E' and (resid 30 through 48 )EI30 - 4826 - 44
1919chain 'E' and (resid 49 through 78 )EI49 - 7845 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る