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- PDB-7px0: Drosophila melanogaster Aldehyde Oxidase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7px0
タイトルDrosophila melanogaster Aldehyde Oxidase 1
要素Aldehyde oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / ---
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal oxidase / pyridoxal oxidase activity / pyridoxal metabolic process / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / peroxisome / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding ...CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / Chem-MTE / AMMONIUM ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aldehyde oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vilela-Alves, G. / Mota, C. / Romao, M.J.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBB-BEP/1185/2014 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Drosophila melanogaster's Aldehyde Oxidase 1: The First Invertebrate AOX structure
著者: Vilela-Alves, G. / Mota, C. / Romao, M.J.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde oxidase 1
B: Aldehyde oxidase 1
C: Aldehyde oxidase 1
D: Aldehyde oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)565,29840
ポリマ－557,1104
非ポリマー8,18836
水44,3712463
1
A: Aldehyde oxidase 1
B: Aldehyde oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,96923
ポリマ－278,5552
非ポリマー4,41421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14940 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area80450 Å2
手法PISA
2
C: Aldehyde oxidase 1
D: Aldehyde oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,32917
ポリマ－278,5552
非ポリマー3,77415
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13100 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area80130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.663, 127.914, 152.547
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.629, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aldehyde oxidase 1 / LD37006p


分子量: 139277.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: AOX1, CT42272, DmAO1, Dmel\CG18522, LPO, lpo, PO, Po, CG18522, Dmel_CG18522
プラスミド: pZM171 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP 1000 / 参照: UniProt: Q9VF53, pyridoxal oxidase

-
非ポリマー , 8種, 2499分子

#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 3350, ammonium citrate, dithiothreitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.66 Å / Num. obs: 257441 / % possible obs: 97.83 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.25 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 12300 / CC1/2: 0.605

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimless1.10.28データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UNC

3unc


解像度: 2.2→48.66 Å / SU ML: 0.2803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 12898 5.01 %RANDOM
Rwork0.1749 244543 --
obs0.1772 257441 97.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38362 0 448 2463 41273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016139656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.812853751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08955977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00816929
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.035714583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.220.31963920.29427997X-RAY DIFFRACTION96.01
2.23-2.250.32854120.30737769X-RAY DIFFRACTION93.7
2.25-2.280.31624440.29288135X-RAY DIFFRACTION97.96
2.28-2.310.29054170.27348130X-RAY DIFFRACTION97.84
2.31-2.340.30494290.25418092X-RAY DIFFRACTION97.98
2.34-2.370.3024430.24528180X-RAY DIFFRACTION98.04
2.37-2.40.26743960.23678136X-RAY DIFFRACTION98.16
2.4-2.440.28244290.22928192X-RAY DIFFRACTION98.37
2.44-2.480.27023920.22928145X-RAY DIFFRACTION98.13
2.48-2.520.3024080.22338201X-RAY DIFFRACTION98.18
2.52-2.560.28234500.228137X-RAY DIFFRACTION98.24
2.56-2.610.27414300.21948183X-RAY DIFFRACTION98.32
2.61-2.660.2924180.22298179X-RAY DIFFRACTION98.13
2.66-2.710.25083970.20398003X-RAY DIFFRACTION96.12
2.71-2.770.26284090.18037992X-RAY DIFFRACTION95.86
2.77-2.840.23954460.18098224X-RAY DIFFRACTION98.77
2.84-2.910.25944350.17748223X-RAY DIFFRACTION99.01
2.91-2.990.24374110.17358215X-RAY DIFFRACTION99.01
2.99-3.070.22244580.16678228X-RAY DIFFRACTION98.79
3.07-3.170.22944390.16888185X-RAY DIFFRACTION98.61
3.17-3.290.21694350.16378221X-RAY DIFFRACTION98.76
3.29-3.420.22244050.15818245X-RAY DIFFRACTION98.73
3.42-3.570.20684280.15567907X-RAY DIFFRACTION94.61
3.57-3.760.195030.15028210X-RAY DIFFRACTION98.98
3.76-40.18494420.13978290X-RAY DIFFRACTION99.43
4-4.310.16074350.12838284X-RAY DIFFRACTION99.31
4.31-4.740.15684570.13068279X-RAY DIFFRACTION98.95
4.74-5.420.17534060.13918027X-RAY DIFFRACTION95.57
5.42-6.830.19244650.15958316X-RAY DIFFRACTION99.18
6.83-48.660.17924670.15488218X-RAY DIFFRACTION96.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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