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- PDB-7pus: ERK5 in complex with Pyrrole Carboxamide scaffold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pus
タイトルERK5 in complex with Pyrrole Carboxamide scaffold
要素Mitogen-activated protein kinase 7
キーワードTRANSFERASE / KINASE / INHIBITOR / PYRROLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets ...Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / enzyme inhibitor activity / positive regulation of protein metabolic process / RET signaling / MAP kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to growth factor stimulus / PML body / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / MAPK cascade / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cell differentiation / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-86E / Mitogen-activated protein kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Tucker, J.A. / Martin, M.P. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Parallel Optimization of Potency and Pharmacokinetics Leading to the Discovery of a Pyrrole Carboxamide ERK5 Kinase Domain Inhibitor.
著者: Miller, D.C. / Reuillon, T. / Molyneux, L. / Blackburn, T. / Cook, S.J. / Edwards, N. / Endicott, J.A. / Golding, B.T. / Griffin, R.J. / Hardcastle, I. / Harnor, S.J. / Heptinstall, A. / ...著者: Miller, D.C. / Reuillon, T. / Molyneux, L. / Blackburn, T. / Cook, S.J. / Edwards, N. / Endicott, J.A. / Golding, B.T. / Griffin, R.J. / Hardcastle, I. / Harnor, S.J. / Heptinstall, A. / Lochhead, P. / Martin, M.P. / Martin, N.C. / Myers, S. / Newell, D.R. / Noble, R.A. / Phillips, N. / Rigoreau, L. / Thomas, H. / Tucker, J.A. / Wang, L.Z. / Waring, M.J. / Wong, A.C. / Wedge, S.R. / Noble, M.E.M. / Cano, C.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Mitogen-activated protein kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4382
ポリマ－41,0571
非ポリマー3811
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.671, 91.671, 113.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 7 / MAPK 7 / Big MAP kinase 1 / BMK-1 / Extracellular signal-regulated kinase 5 / ERK-5


分子量: 41057.234 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK7, BMK1, ERK5, PRKM7 / プラスミド: PFASTBAC HT A / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13164, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-86E / 4-[3,6-bis(chloranyl)-2-fluoranyl-phenyl]carbonyl-~{N}-(1-methylpyrazol-4-yl)-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide


分子量: 381.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11Cl2FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5 % (V/V) PEG 6000, 0.1 M MES (PH 6.0), 5 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→71.49 Å / Num. obs: 15740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.145 / Rrim(I) all: 0.398 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible allMean I/σ(I) obs
2.59-71.39110.114157400.9830.0450.123100
2.59-2.7114.24.12119000.4321.6184.431.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O7I

5o7i


解像度: 2.59→71.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 14.431 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.496 / ESU R Free: 0.325 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 790 5.035 %
Rwork0.2192 14901 -
all0.222 --
obs-15691 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 59.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20 Å2-0 Å2
2--1.55 Å20 Å2
3----3.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→71.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2713 0 25 13 2751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.643865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2055345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.60320.248161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.83115470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1491528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21934
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2180.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2680.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0155.9321374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.8918.9031721
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.4216.0561468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.9018.9892144
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.093109.59911909
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.6570.386670.3411078X-RAY DIFFRACTION100
2.657-2.730.374530.3431058X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.8090.363520.3191016X-RAY DIFFRACTION100
2.809-2.8960.385450.289991X-RAY DIFFRACTION100
2.896-2.9910.387520.27960X-RAY DIFFRACTION100
2.991-3.0950.332470.247935X-RAY DIFFRACTION100
3.095-3.2120.342560.232903X-RAY DIFFRACTION100
3.212-3.3430.271390.245880X-RAY DIFFRACTION100
3.343-3.4920.311500.222839X-RAY DIFFRACTION100
3.492-3.6620.31410.207809X-RAY DIFFRACTION100
3.662-3.860.223380.183762X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.0940.221400.185731X-RAY DIFFRACTION100
4.094-4.3760.183370.179690X-RAY DIFFRACTION100
4.376-4.7260.195380.171637X-RAY DIFFRACTION100
4.726-5.1760.343320.187597X-RAY DIFFRACTION100
5.176-5.7860.255290.207547X-RAY DIFFRACTION100
5.786-6.6780.296320.252485X-RAY DIFFRACTION100
6.678-8.1720.315190.189427X-RAY DIFFRACTION100
8.172-11.5270.263130.161346X-RAY DIFFRACTION100
11.527-71.490.303100.297210X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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