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- PDB-7pud: Bryoporin - actinoporin from moss Physcomitrium patens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pud
タイトルBryoporin - actinoporin from moss Physcomitrium patens
要素Bryoporin
キーワードPLANT PROTEIN / Actinoporin / Membrane-binding / pore-formation / moss
機能・相同性
機能・相同性情報


pore complex assembly / cytolysis in another organism / pore complex / monoatomic cation transport / channel activity
類似検索 - 分子機能
Sea anemone actinoporin-like / : / Sea anemone cytotoxic protein / Cytolysin/lectin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Solinc, G. / Anderluh, G. / Podobnik, M.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Pore-forming moss protein bryoporin is structurally and mechanistically related to actinoporins from evolutionarily distant cnidarians.
著者: Solinc, G. / Svigelj, T. / Omersa, N. / Snoj, T. / Pirc, K. / Znidarsic, N. / Yamaji-Hasegawa, A. / Kobayashi, T. / Anderluh, G. / Podobnik, M.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bryoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,42811
ポリマ－21,4231
非ポリマー1,00510
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area8160 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.918, 54.497, 81.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bryoporin / PpBP / Physcomitrin


分子量: 21422.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPADRAFT_61094 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UCA8
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulphate, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月10日
詳細: a vertical collimating mirror, a double-crystal Si(111) monochromator, a bendable focussing mirror
放射モノクロメーター: a vertical collimating mirror, a double-crystal Si(111) monochromator, a bendable focussing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→34.41 Å / Num. obs: 45262 / % possible obs: 94.78 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 9.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04733 / Rpim(I) all: 0.02163 / Rrim(I) all: 0.05227 / Net I/av σ(I): 21.01 / Net I/σ(I): 21.01
反射 シェル解像度: 1.251→1.295 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4168 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 3873 / CC1/2: 0.933 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.2023 / Rrim(I) all: 0.465 / % possible all: 82.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.4モデル構築
PHENIX1.19.2_4158モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.18.2_3874位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VWI

3vwi


解像度: 1.25→34.41 Å / SU ML: 0.1354 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.7195
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 1965 4.4 %
Rwork0.2095 42664 -
obs0.2103 44629 93.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1381 0 56 182 1619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94622116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0918220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6637217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.34091280.28732777X-RAY DIFFRACTION86.51
1.28-1.320.539990.53652120X-RAY DIFFRACTION66.02
1.32-1.360.25311420.23763076X-RAY DIFFRACTION94.95
1.36-1.40.24381440.18913112X-RAY DIFFRACTION97.75
1.4-1.450.30761360.2512937X-RAY DIFFRACTION90.92
1.45-1.510.29491280.33632819X-RAY DIFFRACTION87.16
1.51-1.580.23031470.18743195X-RAY DIFFRACTION99.02
1.58-1.660.18781490.17253220X-RAY DIFFRACTION99.53
1.66-1.760.21321490.18123216X-RAY DIFFRACTION99.67
1.76-1.90.211510.19183262X-RAY DIFFRACTION99.39
1.9-2.090.23541360.23123019X-RAY DIFFRACTION92.77
2.09-2.390.23371440.21443154X-RAY DIFFRACTION95.43
2.39-3.010.21661540.18473322X-RAY DIFFRACTION99.83
3.01-32.750.18661580.17673435X-RAY DIFFRACTION98.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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