PDB-7ptj: C54S mutant of choline-sulfatase from E. meliloti CECT4857 bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ptj

タイトル

C54S mutant of choline-sulfatase from E. meliloti CECT4857 bound to HEPES

要素

Choline sulfatase

キーワード

HYDROLASE / choline / sulfatase / sulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

choline-sulfatase / choline-sulfatase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights into choline-O-sulfatase reveal the molecular determinants for ligand binding.
著者: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / Neira, J.L. / Torres de Pinedo, J.M. / Sanchez, P. / Ortega, E. / Martinez-Rodriguez, S.

履歴

登録	2021年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ptj.cif.gz	907.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ptj.ent.gz	718.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ptj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ptj_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ptj_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7ptj_validation.xml.gz	91.9 KB	表示
CIF形式データ	7ptj_validation.cif.gz	138.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6g5zC 6g60SC 7pthC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Choline sulfatase

B: Choline sulfatase

C: Choline sulfatase

D: Choline sulfatase

ヘテロ分子

242 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, also confirmed by DLS

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.521, 207.007, 116.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.290, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1000- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Choline sulfatase 分子量: 59495.551 Da / 分子数: 4 / 変異: C54S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C54S mutant / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A410NSD4, choline-sulfatase

-
非ポリマー , 5種, 1866分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M hepes pH7.5, 1.5M LiSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→109.58 Å / Num. obs: 157660 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 306519 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.83	1.9	1.606	23433	12276	0.124	1.485	2.193	0.5	94.9
9.86-109.58	1.8	0.043	2775	1528	0.991	0.039	0.059	18.4	92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.19-4092	精密化
REFMAC	5	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G60

6g60

解像度: 2.1→75.25 Å / SU ML: 0.2634 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.8288
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	7963	5.05 %
R_work	0.162	149667	-
obs	0.1639	157630	94.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→75.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16446	0	246	1833	18525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	17422
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8892	23735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0505	2452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	3125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5957	6515

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3704	260	0.3286	4866	X-RAY DIFFRACTION	92.93
2.12-2.15	0.3221	250	0.3091	4879	X-RAY DIFFRACTION	93.1
2.15-2.18	0.3137	253	0.2964	4894	X-RAY DIFFRACTION	92.92
2.18-2.2	0.3546	256	0.2678	4864	X-RAY DIFFRACTION	92.82
2.2-2.23	0.276	273	0.2483	4722	X-RAY DIFFRACTION	90.64
2.23-2.26	0.294	249	0.2204	4682	X-RAY DIFFRACTION	88.85
2.26-2.29	0.252	285	0.21	4950	X-RAY DIFFRACTION	94.29
2.29-2.33	0.2548	274	0.2058	4912	X-RAY DIFFRACTION	94.62
2.33-2.37	0.2247	251	0.2045	4919	X-RAY DIFFRACTION	94.22
2.37-2.4	0.2554	232	0.1994	5053	X-RAY DIFFRACTION	95.07
2.4-2.45	0.2593	280	0.206	5017	X-RAY DIFFRACTION	96.01
2.45-2.49	0.2459	260	0.2024	5058	X-RAY DIFFRACTION	95.89
2.49-2.54	0.2345	262	0.1838	5033	X-RAY DIFFRACTION	95.66
2.54-2.59	0.2299	256	0.1835	5061	X-RAY DIFFRACTION	95.77
2.59-2.65	0.2342	296	0.1817	5032	X-RAY DIFFRACTION	96.59
2.65-2.71	0.2166	254	0.1815	5073	X-RAY DIFFRACTION	96.26
2.71-2.78	0.2241	243	0.1775	5111	X-RAY DIFFRACTION	96.61
2.78-2.85	0.2288	265	0.1711	5013	X-RAY DIFFRACTION	96.03
2.85-2.93	0.2304	278	0.1713	4989	X-RAY DIFFRACTION	95.18
2.93-3.03	0.1979	252	0.1642	5064	X-RAY DIFFRACTION	96.39
3.03-3.14	0.2082	242	0.1671	5059	X-RAY DIFFRACTION	95.44
3.14-3.26	0.1851	285	0.1653	5069	X-RAY DIFFRACTION	96.54
3.26-3.41	0.1922	250	0.151	5085	X-RAY DIFFRACTION	96.56
3.41-3.59	0.1716	249	0.1444	5128	X-RAY DIFFRACTION	96.74
3.59-3.82	0.1587	297	0.137	5066	X-RAY DIFFRACTION	96.74
3.82-4.11	0.1631	299	0.124	4995	X-RAY DIFFRACTION	95.46
4.11-4.52	0.1463	277	0.1276	5009	X-RAY DIFFRACTION	95.33
4.52-5.18	0.1629	288	0.1311	5029	X-RAY DIFFRACTION	95.91
5.18-6.52	0.1945	284	0.1604	5070	X-RAY DIFFRACTION	95.86
6.52-75.25	0.1676	263	0.1648	4965	X-RAY DIFFRACTION	92.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.99867611661	0.374468025779	0.755337767508	1.53992639283	-0.0930019828534	1.27235614706	-0.00954328704756	-0.213293190424	-0.0092971167368	0.0639280746424	-0.0189645901059	0.114561230997	0.219945585374	-0.238460462256	0.0455789263253	0.268588474205	-0.000540223054514	0.00632641293446	0.201074152498	0.0106517929272	0.140072512428	24.1335496207	-8.32522594872	60.3333846573
2	0.78264868638	-0.131640185831	-0.162855427261	0.926089889631	0.219254533519	0.312061966734	-0.0815643891865	0.00102383124391	0.0430058620209	-0.00106892732021	0.0656277479044	0.0431491196676	0.0657682705115	-0.0297287777381	0.0143479106634	0.227247618621	-0.00497946548679	-0.0196055496333	0.201822615175	0.0117215121714	0.145301706505	26.0919371499	3.82972328602	55.6686429263
3	1.02747177215	-0.632985058259	-0.312393878928	1.24867832106	0.29337849829	0.424298910878	0.0416039611507	0.315605795573	-0.114290305023	-0.393391574245	-0.122600786476	0.24305701279	0.0534546104242	-0.124085310476	0.0899362518531	0.409677512313	-0.0710467097789	-0.0740685319	0.42242880805	-0.0500710182412	0.287481177614	11.7277572771	-7.06250882142	36.5890473613
4	0.884000089582	-0.30762649602	-0.0631692652189	0.691185419542	-0.0466478838476	0.604611870103	-0.0906457089224	-0.0549311105109	-0.086152056943	0.062214360773	0.0593557900501	0.161048367811	0.132050499163	-0.107317407733	0.0296411534264	0.256096749968	-0.0394179868954	0.0151702357545	0.220760273059	0.0111824694779	0.194698368447	14.4223723494	-4.6762539264	57.6269017569
5	1.39971377237	0.713378542212	0.0626206154108	1.71207576342	0.0253955402411	0.736817421404	-0.0911398503326	0.121082044427	0.105479788054	0.116751845053	0.00101515172191	0.298067777148	-0.0171981790366	-0.320534712998	0.1169499197	0.205537374736	0.00943942811664	-0.0167058224409	0.296754152801	-0.041382097426	0.248858813546	3.00882303204	11.9423586089	52.1998493695
6	0.240343987904	-0.0248664890903	-0.209223418716	0.29370592874	0.116918803604	0.185740777062	-0.0536130062393	-0.208297872625	-0.00189053335723	0.164228453713	0.043376288288	-0.051856791172	0.0581142346004	0.00353996496023	0.00496396167357	0.312466889378	0.00132236746255	-0.0319319092992	0.282723732433	-0.0132699182703	0.201550731934	46.941029089	10.7722261694	63.7846792575
7	0.825702413362	-0.130066304685	-0.189457064767	0.990499430374	0.249026705291	0.443939317686	-0.0167421599195	-0.0513666858187	0.18885609436	0.0827969616168	0.0754868209967	0.0712164441721	-0.0194394367348	-0.00130449777765	-0.0529306238116	0.185735974693	0.0286385874544	-0.0160279187225	0.212775792649	-7.35029100552E-5	0.276029913349	22.7935015392	41.1922658597	60.9924700018
8	1.1955180795	0.0794169321627	-0.233750169254	1.04303336931	0.433672515896	0.483188951152	-0.0323958889925	0.0789925679485	0.254754136245	-0.0369107780064	0.104347639292	-0.0426861173316	-0.103932480314	0.0574246410214	-0.0545249498287	0.137695913343	0.00427469420646	-0.0156749846604	0.163478118669	0.0217490443385	0.277070119162	35.2926273761	47.4292537262	54.9765520766
9	1.09981436459	0.187614528647	-0.511906473668	0.852944155497	0.0520468620093	0.608122614052	0.080827858396	-0.170442125546	0.347833458213	0.215500249351	0.00228173618065	0.0350791569216	-0.152274232903	0.0120937994911	-0.0924955400335	0.245201400145	0.0337837741279	-0.0134701575818	0.24016394413	-0.0574907909423	0.380276972194	24.073122206	52.9682119655	69.2316970585
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 31 )	A	A	2 - 31	1 - 30
2	2	chain 'A' and (resid 32 through 214 )	A	A	32 - 214	31 - 213
3	3	chain 'A' and (resid 215 through 251 )	A	A	215 - 251	214 - 250
4	4	chain 'A' and (resid 252 through 431 )	A	A	252 - 431	251 - 430
5	5	chain 'A' and (resid 432 through 472 )	A	A	432 - 472	431 - 471
6	6	chain 'A' and (resid 473 through 514 )	A	A	473 - 514	472 - 513
7	7	chain 'B' and (resid 4 through 159 )	B	E	4 - 159	1 - 156
8	8	chain 'B' and (resid 160 through 214 )	B	E	160 - 214	157 - 211
9	9	chain 'B' and (resid 215 through 313 )	B	E	215 - 313	212 - 310
10	10	chain 'B' and (resid 314 through 391 )	B	E	314 - 391	311 - 388
11	11	chain 'B' and (resid 392 through 472 )	B	E	392 - 472	389 - 469
12	12	chain 'B' and (resid 473 through 515 )	B	E	473 - 515	470 - 512
13	13	chain 'C' and (resid 4 through 121 )	C	G	4 - 121	1 - 118
14	14	chain 'C' and (resid 122 through 159 )	C	G	122 - 159	119 - 156
15	15	chain 'C' and (resid 160 through 214 )	C	G	160 - 214	157 - 211
16	16	chain 'C' and (resid 215 through 313 )	C	G	215 - 313	212 - 310
17	17	chain 'C' and (resid 314 through 472 )	C	G	314 - 472	311 - 469
18	18	chain 'C' and (resid 473 through 514 )	C	G	473 - 514	470 - 511
19	19	chain 'D' and (resid 4 through 135 )	D	I	4 - 135	1 - 132
20	20	chain 'D' and (resid 136 through 251 )	D	I	136 - 251	133 - 248
21	21	chain 'D' and (resid 252 through 450 )	D	I	252 - 450	249 - 447
22	22	chain 'D' and (resid 451 through 512 )	D	I	451 - 512	448 - 509

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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