PDB-7pth: C54S mutant of choline-sulfatase from E. meliloti CECT4857 bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pth

タイトル

C54S mutant of choline-sulfatase from E. meliloti CECT4857 bound to choline

要素

Choline sulfatase

キーワード

HYDROLASE / choline / sulfatase / sulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

choline-sulfatase / choline-sulfatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights into choline-O-sulfatase reveal the molecular determinants for ligand binding.
著者: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / Neira, J.L. / Torres de Pinedo, J.M. / Sanchez, P. / Ortega, E. / Martinez-Rodriguez, S.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2021年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pth.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pth.ent.gz	1017.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pth	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6g5zC 6g60SC 7ptjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Choline sulfatase

B: Choline sulfatase

C: Choline sulfatase

D: Choline sulfatase

ヘテロ分子

239 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Choline sulfatase

D: Choline sulfatase

ヘテロ分子

C: Choline sulfatase

ヘテロ分子

A: Choline sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, also confirmed by DLS
239 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.773, 103.973, 108.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.037, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Choline sulfatase 分子量: 59495.551 Da / 分子数: 4 / 変異: C54S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C54S mutant / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A410NSD4, choline-sulfatase

-
非ポリマー , 6種, 2156分子

#2: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン分子量: 104.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5 30% w/v Polyethylene glycol 4K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→45.49 Å / Num. obs: 161235 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 746171

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.85-1.88	4.7	1.198	37901	8098	0.681	0.615	1.349	1.2	94.9
10.13-45.49	4	0.036	4236	1048	0.998	0.02	0.042	26.8	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.19-4092	精密化
REFMAC	5	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G60

6g60

解像度: 1.85→45.49 Å / SU ML: 0.1916 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.9672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2005	8007	4.98 %
R_work	0.1629	152919	-
obs	0.1647	160926	93.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16572	0	55	2143	18770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	17480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8816	23835
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0503	2469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3181
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0165	2417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3401	255	0.3085	5187	X-RAY DIFFRACTION	94.54
1.87-1.89	0.355	263	0.2974	5178	X-RAY DIFFRACTION	94.81
1.89-1.92	0.3011	298	0.2795	5136	X-RAY DIFFRACTION	94.75
1.92-1.94	0.2991	302	0.2693	5101	X-RAY DIFFRACTION	94.64
1.94-1.97	0.2922	312	0.2519	5118	X-RAY DIFFRACTION	94.63
1.97-1.99	0.2716	260	0.2365	5169	X-RAY DIFFRACTION	94.4
1.99-2.02	0.2417	262	0.225	5140	X-RAY DIFFRACTION	94.46
2.02-2.05	0.2689	271	0.2124	5146	X-RAY DIFFRACTION	94.18
2.05-2.08	0.2359	279	0.1967	5151	X-RAY DIFFRACTION	94.21
2.08-2.12	0.2182	256	0.1852	5138	X-RAY DIFFRACTION	93.81
2.12-2.15	0.2085	273	0.1796	5074	X-RAY DIFFRACTION	93.84
2.15-2.19	0.2078	257	0.1664	5132	X-RAY DIFFRACTION	93.84
2.19-2.24	0.2137	239	0.1615	5131	X-RAY DIFFRACTION	93.57
2.24-2.28	0.2026	251	0.1609	5114	X-RAY DIFFRACTION	93.19
2.28-2.33	0.216	248	0.1592	5047	X-RAY DIFFRACTION	92.75
2.33-2.39	0.2189	288	0.1603	5008	X-RAY DIFFRACTION	92.14
2.39-2.44	0.2126	267	0.1558	4988	X-RAY DIFFRACTION	91.52
2.44-2.51	0.1955	271	0.1535	4967	X-RAY DIFFRACTION	90.61
2.51-2.58	0.211	260	0.1572	4837	X-RAY DIFFRACTION	88.71
2.58-2.67	0.214	248	0.1632	4765	X-RAY DIFFRACTION	86.76
2.67-2.76	0.2065	208	0.1593	4340	X-RAY DIFFRACTION	79.23
2.76-2.87	0.183	193	0.1562	3905	X-RAY DIFFRACTION	71.52
2.87-3	0.1906	279	0.1583	5052	X-RAY DIFFRACTION	92.65
3-3.16	0.1901	266	0.1535	5424	X-RAY DIFFRACTION	98.56
3.16-3.36	0.2065	284	0.1512	5428	X-RAY DIFFRACTION	98.52
3.36-3.62	0.1773	257	0.1429	5446	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.62-3.98	0.1652	277	0.1265	5443	X-RAY DIFFRACTION	98.83
3.99-4.56	0.1429	284	0.1195	5442	X-RAY DIFFRACTION	99
4.56-5.74	0.1622	293	0.1336	5467	X-RAY DIFFRACTION	99.07
5.75-45.49	0.1878	306	0.1783	5445	X-RAY DIFFRACTION	97.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.74859035112	0.209649584847	0.0733360005297	1.35729009295	-0.321725524402	1.50329430892	-0.0212852326597	0.0769762331313	-0.0844896928103	-0.0411007416054	0.0306473081012	-0.11825515467	0.0533010301762	0.20805862756	0.00451518455442	0.166164545436	0.0368399345339	-0.0163937130232	0.175596122659	-0.0233903160027	0.164750986755	-1.9016697389	3.95787648854	-2.86870559588
2	0.622087594326	-0.124596095431	-0.0775888679846	0.62521725422	-0.146379106335	0.486800876762	0.0292286312424	0.0554562580597	-0.0223098289365	-0.0833514860308	0.0218770530577	0.0549615625086	0.0563545009198	-0.0574220269184	-0.0522194656571	0.187122655828	0.000723576236654	-0.0213646777404	0.173401730664	-0.00417071536342	0.180149184415	-22.4649003985	6.28250683429	-8.54512058394
3	0.564441668884	-0.197084396284	0.193300321266	0.475211568208	-0.325465416496	1.03807786963	0.0202286120345	0.0309476022306	-0.000179173006107	-0.00491440070932	0.0279044231069	0.0135716676978	-0.0470341026542	0.0116839469483	-0.0588256201548	0.172963998393	9.53419469518E-5	0.0106592548892	0.176490605024	-0.00733177194618	0.176896478588	-15.5822056492	14.6891088825	3.98961715423
4	0.728908024471	-0.0411139362792	0.21902386838	0.614007458303	-0.365843508922	1.26333188645	0.0145888818505	0.0693494492135	0.0334400308326	-0.0351644275021	0.00339857884222	-0.058841675727	-0.0548709443232	0.185747387032	-0.00725764560671	0.159304336403	0.00344072473298	0.0229352728493	0.187124534396	-0.0233975899636	0.179599792881	-5.795309548	14.8157659261	-3.20607030019
5	0.907049362739	-0.211716986112	-0.00555745790706	0.980841277686	-0.599744515985	1.09217636547	0.0108334581917	0.131219109208	-0.207340403347	-0.0591284600663	0.0208193061153	0.0267268845021	0.185845948975	0.0815961423734	-0.0214067134371	0.244933284071	0.0272254508987	0.00201210979537	0.234054158796	-0.0566188540776	0.245776310724	-11.6984785263	-0.0605023376234	-16.2710899133
6	1.53577233437	-0.0709202327506	-0.716966425381	0.321502372685	0.139820949228	1.11791490676	0.0460813820898	0.218788501524	-0.043362598663	-0.0762168765538	-0.0348260028809	-0.044879224123	-0.0147293919029	-0.00514621418714	0.00331494502841	0.214830234544	0.0188242089972	-0.00898298027266	0.184966310172	-0.0124568511437	0.186688816217	-17.3487263455	14.8791041024	-22.049842394
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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8	8	chain 'B' and (resid 4 through 40 )	B	E	4 - 40	1 - 37
9	9	chain 'B' and (resid 41 through 135 )	B	E	41 - 135	38 - 132
10	10	chain 'B' and (resid 136 through 251 )	B	E	136 - 251	133 - 248
11	11	chain 'B' and (resid 252 through 431 )	B	E	252 - 431	249 - 428
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18	18	chain 'C' and (resid 252 through 431 )	C	K	252 - 431	249 - 428
19	19	chain 'C' and (resid 432 through 487 )	C	K	432 - 487	429 - 484
20	20	chain 'C' and (resid 488 through 519 )	C	K	488 - 519	485 - 516
21	21	chain 'D' and (resid 4 through 182 )	D	Q	4 - 182	1 - 179
22	22	chain 'D' and (resid 183 through 251 )	D	Q	183 - 251	180 - 248
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24	24	chain 'D' and (resid 473 through 515 )	D	Q	473 - 515	470 - 512

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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