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- PDB-7pt5: Crystal structure of the CH domain of human CEP44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pt5
タイトルCrystal structure of the CH domain of human CEP44
要素Centrosomal protein of 44 kDa
キーワードCELL CYCLE / Centriole / Centrosome / Microtubule-associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


centriole-centriole cohesion / centrosome cycle / centriole replication / centriole / spindle pole / midbody / microtubule binding / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Centrosomal CEP44 domain / Centrosomal protein of 44kDa / Centrosomal spindle body, CEP44
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 44 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rosa e Silva, I. / van Breugel, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRC - MC_UP_1201/3 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural validation and assessment of AlphaFold2 predictions for centrosomal and centriolar proteins and their complexes.
著者: van Breugel, M. / Rosa E Silva, I. / Andreeva, A.
履歴
登録2021年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 44 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7541
ポリマ－16,7541
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.949, 33.949, 243.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Centrosomal protein of 44 kDa / Cep44 / HBV PreS1-transactivated protein 3 / PS1TP3


分子量: 16753.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: amino acid residues GAMDP are residues of TEV protease cleavage
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP44, KIAA1712 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9C0F1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 nl protein solution and 100 nl of reservoir solution which was 0.1 M Hepes pH 7.3, 10% isopropanol, 10% PEG-4000. Crystals were mounted 0.1 M Hepes pH 7.5, 7.5% isopropanol, 30% PEG-400.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→81.1 Å / Num. obs: 7159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 73.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 661 / Rpim(I) all: 0.506 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
PHENIX1.18-3845精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→33.62 Å / SU ML: 0.3315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.7948
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 702 9.93 %
Rwork0.2262 6370 -
obs0.2299 7072 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 0 4 980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55781339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.11380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.480.40051470.3351190X-RAY DIFFRACTION99.93
2.48-2.730.31531300.2871239X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.120.27931440.24521247X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.930.2651180.24621294X-RAY DIFFRACTION100
3.93-33.620.24961630.20461400X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.58776806038 Å / Origin y: 24.0539816559 Å / Origin z: 14.266926446 Å
111213212223313233
T0.830313523354 Å20.0186647579526 Å2-0.122050934825 Å2-0.450853980706 Å20.0383121571873 Å2--0.586415155837 Å2
L8.31214846774 °2-1.01562950489 °20.781556518011 °2-11.0863759203 °2-1.43789496576 °2--8.54448982554 °2
S0.0102029246488 Å °-0.359378444929 Å °-0.263429625925 Å °1.61772501279 Å °0.0727739639451 Å °-0.577460812418 Å °0.0694578158772 Å °0.181564109771 Å °0.461828712636 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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