PDB-7pt4: Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) structure in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pt4

タイトル

Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) structure in complex with a covalently bound reaction intermediate as well as products formyl-CoA and acetone

要素

2-hydroxyacyl-CoA lyase

キーワード

LYASE / ThDP / CoA

機能・相同性

ACETONE / Chem-FYN / Chem-OXT / THIAMINE DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Zahn, M. / Rohwerder, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic details of the actinobacterial lyase-catalyzed degradation reaction of 2-hydroxyisobutyryl-CoA.
著者: Zahn, M. / Konig, G. / Pham, H.V.C. / Seroka, B. / Lazny, R. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Lotowski, Z. / Rohwerder, T.

履歴

登録	2021年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pt4.cif.gz	752.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pt4.ent.gz	598.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pt4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pt4_validation.pdf.gz	9.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pt4_full_validation.pdf.gz	9.6 MB	表示
XML形式データ	7pt4_validation.xml.gz	51.5 KB	表示
CIF形式データ	7pt4_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pt1C 7pt2C 7pt3C 4rjiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7pt2-1 7pt3-1 7pt1-1 5u33-d 10915 5jc3-d 3s6p-d 3f6e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
270 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.234, 116.234, 312.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-716- MG
2	1	B-710- MG

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 15 - 593 / Label seq-ID: 26 - 604

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	2-hydroxyacyl-CoA lyase 分子量: 65362.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: enoyl-CoA hydratase

-
非ポリマー , 7種, 1076分子

#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) 分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACN / ACETONE / アセトン分子量: 58.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-FYN / S-{(9R,13S,15R)-17-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]-9,13,15-TRIHYDROXY-10,10-DIMETHYL-13,15-DIOXIDO-4,8-DIOXO-12,14,16-TRIOXA-3,7-DIAZA-13,15-DIPHOSPHAHEPTADEC-1-YL} THIOFORMATE / ホルミルCoA 分子量: 795.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₆N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-OXT / 3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-{(1R,11R,15S,17R)-19-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]-1,11,15,17-TETRAHYDROXY-12,12-DIMETHYL-15,17-DIOXIDO-6,10-DIOXO-14,16,18-TRIOXA-2-THIA-5,9-DIAZA-15,17-DIPHOSPHANONADEC-1-YL}-5-(2-{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM 分子量: 1220.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₅N₁₁O₂₄P₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.0 1 mM 2-Hydroxyisobutyryl-CoA, 5 mM ADP, 5 mM MgCl2, 5 mM ThDP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→100.662 Å / Num. obs: 98153 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 40.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.189 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.64→1.84 Å / 冗長度: 38.7 % / R_merge(I) obs: 1.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4908 / CC_1/2: 0.878 / R_pim(I) all: 0.249 / % possible all: 82.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RJI

4rji

解像度: 1.64→100.662 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.341 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1751	4841	4.932 %
R_work	0.1452	93311	-
all	0.147	-	-
obs	-	98152	64.516 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.878 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.064 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→100.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8730	0	255	1049	10034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	9204
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	8623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.759	1.646	12591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.485	1.581	19768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.55	5	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.622	20.288	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.047	15	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.258	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	10562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	8498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	4531
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.184	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.026	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.212	1.685	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.209	1.684	4674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.847	2.52	5844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.847	2.521	5845
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.538	2.074	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.417	2.043	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.537	3.012	6737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.389	2.964	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.071	22.208	10633
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.819	21.547	10343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	18465

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07615	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07615	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.64-1.683	0.185	9	0.231	207	0.229	11081	0.869	0.867	1.9493	0.221
1.683-1.729	0.319	42	0.233	850	0.237	10794	0.86	0.867	8.2639	0.219
1.729-1.779	0.258	77	0.223	1454	0.225	10516	0.853	0.885	14.5588	0.206
1.779-1.834	0.249	110	0.217	1881	0.218	10207	0.877	0.894	19.5062	0.195
1.834-1.894	0.229	141	0.203	2539	0.204	9916	0.902	0.902	27.027	0.178
1.894-1.96	0.23	190	0.2	4067	0.202	9620	0.886	0.896	44.2516	0.172
1.96-2.034	0.23	330	0.195	5919	0.197	9297	0.892	0.906	67.2152	0.167
2.034-2.117	0.213	409	0.189	8181	0.19	8959	0.916	0.918	95.8812	0.157
2.117-2.212	0.187	363	0.168	8216	0.168	8579	0.94	0.939	100	0.136
2.212-2.319	0.175	436	0.153	7790	0.154	8226	0.952	0.954	100	0.121
2.319-2.445	0.186	398	0.139	7452	0.141	7850	0.95	0.962	100	0.107
2.445-2.593	0.181	410	0.136	7035	0.138	7445	0.959	0.968	100	0.104
2.593-2.772	0.172	350	0.136	6688	0.138	7038	0.963	0.969	100	0.107
2.772-2.994	0.188	339	0.137	6219	0.14	6558	0.96	0.97	100	0.109
2.994-3.279	0.178	312	0.14	5737	0.142	6049	0.965	0.972	100	0.118
3.279-3.666	0.151	245	0.13	5287	0.131	5532	0.975	0.98	100	0.114
3.666-4.232	0.133	246	0.116	4661	0.117	4907	0.981	0.984	100	0.104
4.232-5.181	0.123	176	0.111	4034	0.112	4210	0.983	0.986	100	0.1
5.181-7.317	0.176	167	0.149	3188	0.15	3355	0.972	0.976	100	0.131
7.317-100.662	0.191	91	0.169	1906	0.17	1997	0.964	0.968	100	0.166

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1314	-0.0461	0.0252	0.0613	-0.0134	0.0155	0.0245	0.0098	0.0317	-0.0174	-0.0229	-0.0156	0.0073	0.011	-0.0016	0.0141	0.0002	0.009	0.0178	-0.0026	0.0129	-18.1266	-36.1116	21.4145
2	0.1502	-0.0545	0.0486	0.035	-0.005	0.0791	0.0216	0.0074	0.0306	-0.0137	-0.0077	-0.0113	-0.0066	-0.0015	-0.0139	0.0224	0.0003	0.0111	0.0034	0.0029	0.0161	-55.6772	-20.2871	12.8864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	15 - 594
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	701 - 717
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	15 - 598
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	701 - 710

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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