PDB-7pt1: Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) structure in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pt1

タイトル

Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) structure in complex with substrate 2-HIB-CoA and inactive cofactor 3-deaza-ThDP

要素

2-hydroxyacyl-CoA lyase

キーワード

LYASE / ThDP / CoA

機能・相同性

Chem-3KK / Chem-TPW

機能・相同性情報

生物種

Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.553 Å

データ登録者

Zahn, M. / Rohwerder, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic details of the actinobacterial lyase-catalyzed degradation reaction of 2-hydroxyisobutyryl-CoA.
著者: Zahn, M. / Konig, G. / Pham, H.V.C. / Seroka, B. / Lazny, R. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Lotowski, Z. / Rohwerder, T.

履歴

登録	2021年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pt1.cif.gz	741.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pt1.ent.gz	592.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pt1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pt2C 7pt3C 7pt4C 4rjiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7pt3-1 7pt2-1 5dx6-1 2ji9-1 2q27-1 2q28-1 2c31-1 2ag1-d 5d6r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
267 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.950, 146.138, 174.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 16 - 586 / Label seq-ID: 27 - 597

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	2-hydroxyacyl-CoA lyase 分子量: 65362.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-TPW / 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 3-DEAZA-THDP / 3-デアザチアミン二りん酸分子量: 423.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₃O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-3KK / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} 2-hydroxy-2-methylpropanethioate / 2-Hydroxyisobutyryl-Coenzyme A 分子量: 853.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M MIB buffer (sodium malonate dibasic monohydrate, imidazole, boric acid) pH 6.0 5 mM 3-deazathiamin diphosphate, 1 mM 2-Hydroxyisobutyryl-CoA, 5 mM MgCl2, 5 mM ADP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.553→87.374 Å / Num. obs: 100209 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.553→1.752 Å / R_merge(I) obs: 1.537 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5010 / CC_1/2: 0.644 / R_pim(I) all: 0.473 / % possible all: 60.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RJI

4rji

解像度: 1.553→87.374 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.187 / WR_factor R_work: 0.152 / SU B: 3.791 / SU ML: 0.069 / Average fsc free: 0.9233 / Average fsc work: 0.9314 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1936	5011	5.001 %
R_work	0.1595	95197	-
all	0.161	-	-
obs	-	100208	52.676 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.347 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.443 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.095 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.553→87.374 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8602	0	163	1017	9782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	8951
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	8465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.853	1.647	12230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.514	1.586	19396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.879	5	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.944	20.478	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.156	15	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.798	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	8687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	4481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	4393
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.12	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.017	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.257	1.819	4588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.255	1.818	4587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.89	2.723	5733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.891	2.724	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.944	2.043	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.944	2.043	4363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.96	2.983	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.96	2.983	6495
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.685	23.443	10308
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.494	22.894	10024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	18377

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05922	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05922	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.553-1.594	0.366	14	0.261	357	0.264	13947	0.694	0.821	2.6601	0.246
1.594-1.637	0.264	39	0.253	602	0.254	13616	0.836	0.859	4.7077	0.231
1.637-1.685	0.249	33	0.222	1071	0.223	13221	0.88	0.879	8.3504	0.2
1.685-1.737	0.241	100	0.231	1994	0.231	12889	0.849	0.876	16.2464	0.21
1.737-1.794	0.296	177	0.243	3182	0.246	12500	0.841	0.856	26.872	0.218
1.794-1.857	0.282	210	0.237	4128	0.239	12064	0.848	0.861	35.9582	0.209
1.857-1.927	0.237	267	0.21	4794	0.211	11662	0.899	0.899	43.3974	0.181
1.927-2.005	0.242	301	0.201	5584	0.203	11218	0.901	0.91	52.4603	0.171
2.005-2.094	0.227	245	0.209	4830	0.21	10765	0.901	0.903	47.1435	0.177
2.094-2.196	0.229	356	0.195	7479	0.196	10328	0.905	0.918	75.8617	0.162
2.196-2.315	0.229	339	0.196	6611	0.197	9814	0.908	0.915	70.8172	0.155
2.315-2.456	0.225	460	0.19	8826	0.192	9305	0.912	0.921	99.7958	0.154
2.456-2.625	0.212	426	0.165	8311	0.167	8738	0.93	0.946	99.9886	0.143
2.625-2.835	0.191	399	0.151	7762	0.153	8164	0.953	0.959	99.9633	0.138
2.835-3.105	0.193	386	0.147	7158	0.15	7544	0.955	0.963	100	0.141
3.105-3.471	0.195	311	0.153	5899	0.155	6845	0.952	0.962	90.7232	0.153
3.471-4.007	0.178	317	0.141	5733	0.143	6054	0.965	0.972	99.9339	0.149
4.007-4.905	0.146	289	0.116	4858	0.118	5148	0.976	0.981	99.9806	0.135
4.905-6.926	0.151	211	0.122	3822	0.124	4033	0.977	0.979	100	0.146
6.926-87.374	0.156	131	0.14	2196	0.141	2329	0.97	0.971	99.9141	0.184

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0926	0.0179	-0.0694	0.0063	-0.0203	0.0907	-0.0393	-0.0132	-0.0392	-0.0061	-0.0088	-0.013	0.0084	0.0263	0.0481	0.0297	-0	0.0086	0.0118	0.0166	0.029	24.6899	20.5038	32.5723
2	0.105	-0.0124	-0.0674	0.0468	-0.024	0.0778	-0.0328	0.0507	-0.0269	0.0067	-0.003	-0.0127	0.0088	-0.0401	0.0358	0.0195	-0.011	0.0011	0.0272	-0.0174	0.0169	-7.1973	29.6396	17.5599

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	15 - 588
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	701
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	16 - 587
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	701

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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