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- PDB-7pt0: SCO3201 with putative ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pt0
タイトルSCO3201 with putative ligand
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / REGULATOR / TETR
機能・相同性Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / SPERMIDINE / TetR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Werten, S. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of free and ligand-bound forms of the TetR/AcrR-like regulator SCO3201 from Streptomyces coelicolor suggest a novel allosteric mechanism.
著者: Werten, S. / Waack, P. / Palm, G.J. / Virolle, M.J. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2014
タイトル: Structure and regulatory targets of SCO3201, a highly promiscuous TetR-like regulator of Streptomyces coelicolor M145.
著者: Xu, D. / Waack, P. / Zhang, Q. / Werten, S. / Hinrichs, W. / Virolle, M.J.
履歴
登録2021年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4963
ポリマ－46,3512
非ポリマー1451
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.128, 79.877, 96.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 229 / Label seq-ID: 5 - 208

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 23175.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: gap 119-123 GAGVS, gap 206-208 PQG
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: HCU77_15975 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6M9XK53
#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: analog to PDB entry 4CGR: 40 mg/mL SCO3201 against (0.1 M (NH4)H2PO4, 0.1 M TRIS/HCl pH 5.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→61.6 Å / Num. obs: 34934 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5288 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.48 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CGR

4cgr


解像度: 1.89→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 10.868 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1727 4.9 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2043 33204 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 152.85 Å2 / Biso mean: 64.619 Å2 / Biso min: 40.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 10 87 3074
Biso mean--81.43 62.94 -
残基数----399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133075
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0142946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.6424188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4211.5696695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2885397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.87918.012166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.72615444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9621541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02761
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5363 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 141 -
Rwork0.441 2379 -
all-2520 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.815-0.29331.72291.2148-0.18492.1186-0.1034-0.1198-0.1427-0.09910.1299-0.3114-0.0925-0.2669-0.02650.25190.0478-0.01590.1345-0.05470.236349.58124.6396.179
20.61671.16391.06512.83041.96514.2541-0.14620.0761-0.0885-0.00880.2171-0.1495-0.01560.4779-0.07090.27290.0319-0.03870.2201-0.09630.162149.09543.75526.432
311.9473-0.7265-0.0232.27522.49062.78120.18690.13380.0179-0.2124-0.0514-0.1072-0.2404-0.0419-0.13550.21260.07410.00530.0994-0.06930.132545.32141.4464.838
40.6563-1.0006-0.51071.81491.42961.8654-0.01650.0656-0.1485-0.035-0.02520.1909-0.1590.11020.04170.3638-0.034-0.10310.1383-0.04070.159138.64344.86523.197
52.0062-6.00758.51818.0844-25.614936.2993-0.0571-0.0243-0.03430.0010.12150.0053-0.0576-0.1988-0.06440.41270.20310.04950.7938-0.29420.377110.18340.794-0.891
62.4961-0.07141.3463.37160.85061.05580.16810.2866-0.21030.198-0.0361-0.0098-0.00270.1023-0.1320.29660.0849-0.09060.0698-0.0490.298213.24430.2478.84
74.02662.54163.28691.60532.07562.6839-0.3187-0.09750.4516-0.1949-0.06080.2966-0.2543-0.08030.37960.3529-0.0029-0.16070.003-0.01480.320221.92451.86515.033
81.7635-0.31712.24410.0766-0.35922.9967-0.635-0.43290.39590.08350.0346-0.02-0.7706-0.70650.60050.5480.0594-0.27620.2931-0.16430.270227.09352.5123.118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3A127 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4A140 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5B26 - 34
6X-RAY DIFFRACTION6B35 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7B87 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8B179 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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