+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pt0 | ||||||
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Title | SCO3201 with putative ligand | ||||||
Components | TetR family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / REGULATOR / TETR | ||||||
Function / homology | Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / SPERMIDINE / TetR family transcriptional regulator Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Werten, S. / Palm, G.J. / Hinrichs, W. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2023 Title: Crystal structures of free and ligand-bound forms of the TetR/AcrR-like regulator SCO3201 from Streptomyces coelicolor suggest a novel allosteric mechanism. Authors: Werten, S. / Waack, P. / Palm, G.J. / Virolle, M.J. / Hinrichs, W. #1: Journal: Biochem Biophys Res Commun / Year: 2014 Title: Structure and regulatory targets of SCO3201, a highly promiscuous TetR-like regulator of Streptomyces coelicolor M145. Authors: Xu, D. / Waack, P. / Zhang, Q. / Werten, S. / Hinrichs, W. / Virolle, M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pt0.cif.gz | 169.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pt0.ent.gz | 135 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7pt0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7pt0_validation.pdf.gz | 641.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7pt0_full_validation.pdf.gz | 645.5 KB | Display | |
Data in XML | 7pt0_validation.xml.gz | 16.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7pt0_validation.cif.gz | 22.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5efyC 4cgrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 229 / Label seq-ID: 5 - 208
|
-Components
#1: Protein | Mass: 23175.324 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: gap 119-123 GAGVS, gap 206-208 PQG / Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor (bacteria) / Gene: HCU77_15975 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A6M9XK53 #2: Chemical | ChemComp-SPD / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: analog to PDB entry 4CGR: 40 mg/mL SCO3201 against (0.1 M (NH4)H2PO4, 0.1 M TRIS/HCl pH 5.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→61.6 Å / Num. obs: 34934 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→2 Å / Redundancy: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5288 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.48 / % possible all: 94.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4CGR Resolution: 1.89→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 10.868 / SU ML: 0.131 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.129 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 152.85 Å2 / Biso mean: 64.619 Å2 / Biso min: 40.06 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.89→48.48 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 5363 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.89→1.939 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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