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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pso | ||||||
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タイトル | Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Avadomide (CC-122) | ||||||
![]() | Cereblon isoform 4 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Immunomodulatory imide drug / UBIQUITIN LIGASE / PROTEIN DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-835 / S-Thalidomide / PHOSPHATE ION / Cereblon isoform 4![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heim, C. / Hartmann, M.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution structures of the bound effectors avadomide (CC-122) and iberdomide (CC-220) highlight advantages and limitations of the MsCI4 soaking system. 著者: Heim, C. / Hartmann, M.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 190分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EF2.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/835.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EF2.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/835.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-835 / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→44.24 Å / Num. obs: 47297 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 18.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.61 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.337 / Num. unique obs: 7506 / CC1/2: 0.783 / Rrim(I) all: 1.392 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4v2y 解像度: 1.52→44.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.878 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.16 Å2 / Biso mean: 28.883 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.52→44.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.557 Å / Rfactor Rfree error: 0
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