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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7psg | |||||||||
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タイトル | Structure of the ligand binding domain of the PacA (ECA2226) chemoreceptor of Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 in complex with betaine. | |||||||||
![]() | Methyl-accepting chemotaxis protein | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pectobacterium atrosepticum / chemotactic transducer | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / membrane => GO:0016020 / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gavira, J.A. / Matilla, M.A. / Velando, F. / Krell, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Chemotaxis of the Human Pathogen Pseudomonas aeruginosa to the Neurotransmitter Acetylcholine. 著者: Matilla, M.A. / Velando, F. / Tajuelo, A. / Martin-Mora, D. / Xu, W. / Sourjik, V. / Gavira, J.A. / Krell, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 746.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 523.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7prqC ![]() 7prrC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33223.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: ECA2226 / プラスミド: PET28B+ 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6D515 #2: 化合物 | ChemComp-BET / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.91→61.45 Å / Num. obs: 91911 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 270640 / Scaling rejects: 316 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: RoseTTAFold 解像度: 1.91→39.99 Å / SU ML: 0.2536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8428 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→39.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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