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- PDB-7prr: Structure of the ligand binding domain of the PctD (PA4633) chemo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7prr
タイトルStructure of the ligand binding domain of the PctD (PA4633) chemoreceptor of Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with acetylcholine
要素Probable chemotaxis transducer
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pseudomonas aeruginosa / chemotactic transducer
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / membrane => GO:0016020 / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYLCHOLINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable chemotaxis transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Matilla, M.A. / Martin-Mora, D. / Krell, T.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-74875-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-76779-P スペイン
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Chemotaxis of the Human Pathogen Pseudomonas aeruginosa to the Neurotransmitter Acetylcholine.
著者: Matilla, M.A. / Velando, F. / Tajuelo, A. / Martin-Mora, D. / Xu, W. / Sourjik, V. / Gavira, J.A. / Krell, T.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable chemotaxis transducer
B: Probable chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,94610
ポリマ－76,9062
非ポリマー1,0398
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.288, 102.650, 104.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable chemotaxis transducer


分子量: 38453.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand binding domain
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA4633 / プラスミド: PET28B+
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HVF8

-
非ポリマー , 5種, 460分子

#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-ACH / ACETYLCHOLINE / アセチルコリン


分子量: 146.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 4.6
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.48 Å / Num. obs: 62249 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 280823 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.844.51.0171671036950.5810.5151.1471.299.7
9-47.484.30.02224145560.9980.0110.02442.895.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19-4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PRQ

7prq


解像度: 1.8→47.48 Å / SU ML: 0.2018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 3166 5.09 %
Rwork0.1668 58994 -
obs0.1689 62160 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4776 0 68 452 5296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01215184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09067062
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1222013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.32031270.28892558X-RAY DIFFRACTION99.48
1.83-1.860.29331210.28062575X-RAY DIFFRACTION99.59
1.86-1.890.32311350.25732549X-RAY DIFFRACTION99.11
1.89-1.920.31081330.25032543X-RAY DIFFRACTION99.33
1.92-1.950.29641280.24452554X-RAY DIFFRACTION99.19
1.95-1.990.2481510.22332559X-RAY DIFFRACTION99.67
1.99-2.030.24451440.21652543X-RAY DIFFRACTION99.15
2.03-2.080.29691230.20372548X-RAY DIFFRACTION98.78
2.08-2.120.24151260.19022578X-RAY DIFFRACTION99.45
2.12-2.180.21561560.17322541X-RAY DIFFRACTION99.48
2.18-2.240.21851460.16952567X-RAY DIFFRACTION99.34
2.24-2.30.23341460.16352561X-RAY DIFFRACTION99.49
2.3-2.380.20841290.16062572X-RAY DIFFRACTION99.16
2.38-2.460.20811270.15512567X-RAY DIFFRACTION99.59
2.46-2.560.24061400.15612576X-RAY DIFFRACTION99.09
2.56-2.680.19941330.16162568X-RAY DIFFRACTION98.68
2.68-2.820.21221500.15212556X-RAY DIFFRACTION98.76
2.82-2.990.17481600.15512556X-RAY DIFFRACTION98.26
2.99-3.220.22211570.16512537X-RAY DIFFRACTION98.11
3.22-3.550.17861220.15042571X-RAY DIFFRACTION97.36
3.55-4.060.15491180.13832588X-RAY DIFFRACTION96.89
4.06-5.120.15481420.12672575X-RAY DIFFRACTION96.25
5.12-47.480.21661520.17992652X-RAY DIFFRACTION94.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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