PDB-7pri: Carbonic Anhydrase from Schistosoma Mansoni in complex with clorsulon

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pri

タイトル

Carbonic Anhydrase from Schistosoma Mansoni in complex with clorsulon

要素

Carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / inhibitor / sulfonamide / schistosoma / schistosomiasis

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.679 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Inhibition of Schistosoma mansoni carbonic anhydrase by the antiparasitic drug clorsulon: X-ray crystallographic and in vitro studies.
著者: Ferraroni, M. / Angeli, A. / Carradori, S. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2021年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pri.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pri.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pri_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pri_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	7pri_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	7pri_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7plfC 6qqmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase

BBB: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

66.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.800, 103.800, 132.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AAABBB

#1: タンパク質

Carbonic anhydrase

分子量: 32110.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A3Q0KSG2, carbonic anhydrase

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 379分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-7TI / 4-azanyl-6-[1,2,2-tris(chloranyl)ethenyl]benzene-1,3-disulfonamide / clorsulon / クロルスロン分子量: 380.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈Cl₃N₃O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9719 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9719 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→89.9 Å / Num. obs: 94460 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.26 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 27.43
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 8.93 % / R_merge(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 6740 / CC_1/2: 0.706 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QQM

6qqm

解像度: 1.679→89.893 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.163 / SU B: 1.562 / SU ML: 0.051 / Average fsc free: 0.9429 / Average fsc work: 0.9495 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	4543	4.81 %
R_work	0.1669	89907	-
all	0.168	-	-
obs	-	94450	99.685 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.025 Å²	0.013 Å²	0 Å²
2-	-	0.025 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.082 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.679→89.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4494	0	118	374	4986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4749
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.832	1.671	6480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.428	1.595	9924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.544	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.771	21.985	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.691	15	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.11	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.065	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.077	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.172	2.161	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.158	2.158	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.998	3.231	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.992	3.23	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.47	2.55	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.37	2.541	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.233	3.7	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.089	3.69	3701
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.774	26.524	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.641	26.501	5234

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.679-1.723	0.264	347	0.259	6372	0.26	6926	0.872	0.874	97.0113	0.244
1.723-1.77	0.252	316	0.215	6363	0.217	6750	0.912	0.916	98.9482	0.194
1.77-1.821	0.22	314	0.189	6283	0.19	6602	0.927	0.936	99.9243	0.164
1.821-1.877	0.192	268	0.179	6110	0.179	6378	0.946	0.948	100	0.152
1.877-1.939	0.204	288	0.175	5912	0.177	6200	0.942	0.949	100	0.147
1.939-2.007	0.195	334	0.164	5691	0.166	6025	0.955	0.96	100	0.14
2.007-2.083	0.197	308	0.177	5479	0.178	5787	0.95	0.954	100	0.152
2.083-2.168	0.21	264	0.167	5324	0.169	5588	0.945	0.958	100	0.146
2.168-2.264	0.191	241	0.166	5113	0.168	5354	0.952	0.959	100	0.146
2.264-2.374	0.194	232	0.156	4902	0.157	5134	0.958	0.966	100	0.14
2.374-2.503	0.203	248	0.157	4638	0.159	4886	0.951	0.963	100	0.145
2.503-2.654	0.173	236	0.157	4409	0.158	4645	0.964	0.964	100	0.148
2.654-2.838	0.188	237	0.161	4118	0.162	4355	0.954	0.961	100	0.155
2.838-3.065	0.198	181	0.168	3892	0.169	4073	0.953	0.963	100	0.166
3.065-3.357	0.194	170	0.176	3596	0.177	3766	0.959	0.961	100	0.18
3.357-3.752	0.183	156	0.163	3258	0.164	3414	0.964	0.97	100	0.171
3.752-4.331	0.152	163	0.136	2877	0.136	3040	0.974	0.979	100	0.151
4.331-5.302	0.144	104	0.137	2475	0.137	2579	0.983	0.983	100	0.159
5.302-7.485	0.242	90	0.184	1955	0.186	2045	0.961	0.97	100	0.208
7.485-89.893	0.338	46	0.207	1140	0.212	1189	0.899	0.946	99.7477	0.237

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