PDB-7pr6: Crystal structure of E. coli beta-glucuronidase in complex with c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pr6

タイトル

Crystal structure of E. coli beta-glucuronidase in complex with covalent inhibitor ME727

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

CARBOHYDRATE / glycoside hydrolase / glucuronidase / GH2

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Wu, L. / Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	英国
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-322942	英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)		英国
Israel Science Foundation	1021/19	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	STF8184	英国
Royal Society		英国
Wellcome Trust	218579/Z/19/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...

履歴

登録	2021年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pr6.cif.gz	452.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pr6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pr6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pr6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7pr6_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	7pr6_validation.cif.gz	68.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pr7C 7pr8C 7pr9C 7prbC 7prtC 7pshC 7psiC 7psjC 7pskC 3k46S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (12) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (12)

登録構造単位

AAA: Beta-glucuronidase

BBB: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-glucuronidase

BBB: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

AAA: Beta-glucuronidase

BBB: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
274 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.800, 76.580, 125.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase / GUS / Beta-D-glucuronoside glucuronosohydrolase 分子量: 68375.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: uidA, gurA, gusA, b1617, JW1609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05804, beta-glucuronidase
#2: 糖	ChemComp-8I4 / (2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid / (2R)-5-[(E)-2-(2,4-dinitrophenyl)ethenyl]-2-[(1R)-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-thiophen-2-ylethanoylamino)ethyl]-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid タイプ: saccharide / 分子量: 208.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→47.76 Å / Num. obs: 86916 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 1.695 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6526 / CC_1/2: 0.334 / R_pim(I) all: 0.983 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3k46

3k46

解像度: 1.99→47.803 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.266 / WR_factor R_work: 0.222 / Average fsc free: 0.8368 / Average fsc work: 0.8483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2631	4333	4.985 %
R_work	0.2209	82582	-
all	0.223	-	-
obs	-	86915	96.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.325 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.766 Å²	-0 Å²	-0.283 Å²
2-	-	1.572 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9566	0	26	469	10061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	9859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.015	8948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.642	13419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.368	1.582	20557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.092	5	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.678	22.796	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.33	15	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.514	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.226	0.2	8629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	4692
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.281	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.273	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.005	5.069	4764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.005	5.068	4763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.06	7.592	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.06	7.593	5949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.321	5.231	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.321	5.231	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.637	7.771	7471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.636	7.771	7472
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.012	56.278	11029
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.98	56.241	10958

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.042	0.363	325	0.351	6185	X-RAY DIFFRACTION	98.4276
2.042-2.098	0.373	284	0.333	6069	X-RAY DIFFRACTION	98.542
2.098-2.158	0.328	321	0.31	5823	X-RAY DIFFRACTION	98.6038
2.158-2.225	0.335	306	0.302	5690	X-RAY DIFFRACTION	98.7809
2.225-2.298	0.291	297	0.286	5516	X-RAY DIFFRACTION	98.4753
2.298-2.378	0.294	278	0.27	5344	X-RAY DIFFRACTION	98.6662
2.378-2.468	0.278	270	0.263	5182	X-RAY DIFFRACTION	98.8039
2.468-2.569	0.27	272	0.247	4954	X-RAY DIFFRACTION	98.5294
2.569-2.683	0.289	239	0.248	4749	X-RAY DIFFRACTION	98.4603
2.683-2.814	0.272	226	0.239	4547	X-RAY DIFFRACTION	98.2301
2.814-2.966	0.286	236	0.235	4291	X-RAY DIFFRACTION	97.5016
2.966-3.145	0.293	214	0.249	4005	X-RAY DIFFRACTION	96.4122
3.145-3.362	0.305	221	0.244	3677	X-RAY DIFFRACTION	94.6116
3.362-3.632	0.275	202	0.224	3355	X-RAY DIFFRACTION	92.5098
3.632-3.978	0.226	156	0.193	3102	X-RAY DIFFRACTION	91.6198
3.978-4.446	0.195	137	0.157	2796	X-RAY DIFFRACTION	91.3707
4.446-5.133	0.196	110	0.148	2525	X-RAY DIFFRACTION	92.6186
5.133-6.282	0.207	103	0.173	2135	X-RAY DIFFRACTION	93.2889
6.282-8.868	0.171	78	0.161	1686	X-RAY DIFFRACTION	93.284
8.868-47.803	0.281	58	0.165	951	X-RAY DIFFRACTION	92.739

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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