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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pr2 | ||||||||||||
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タイトル | Cocrystal of cytochrome c and sulfonato-thiacalix[4]arene | ||||||||||||
要素 | Cytochrome c iso-1 | ||||||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / calixarene (カリックスアレーン) / molecular glue / synthetic receptor / alpha helix (Αヘリックス) / thiacalixarene (大員環化合物) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Flood, R.J. / Ramberg, K. / Guagnini, F. / Crowley, P.B. | ||||||||||||
資金援助 | アイルランド, 3件
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引用 | ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2022 タイトル: Protein Frameworks with Thiacalixarene and Zinc. 著者: Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Mengel, D.B. / Guagnini, F. / Crowley, P.B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pr2.cif.gz | 69.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pr2.ent.gz | 50.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12041.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25% PEG 3350, 100 mM tri-Sodium citrate pH 5.6, 100 mM Magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→52.2 Å / Num. obs: 23336 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.7 Å / Num. unique obs: 1143 / CC1/2: 0.79 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5lyc 解像度: 1.73→52.24 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.5 Å2 / Biso mean: 25.3144 Å2 / Biso min: 12.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.73→52.24 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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