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- PDB-7pq1: Ligand-free crystal structure of a staphylococcal orthologue of C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pq1
タイトルLigand-free crystal structure of a staphylococcal orthologue of CYP134A1
要素Cytochrome P450 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / CypX / Pulcherrimin / Cyclic / Diketopiperazine / P450 / Heme / Iron / Staphylococcus / Aureus
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Snee, M. / Levy, C. / Leys, D. / Katariya, M. / Munro, A.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a staphylococcal orthologue of CYP134A1 (CYPX) in complex with Cyclo-L-leucyl-L-leucine
著者: Snee, M. / Katariya, M.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6833
ポリマ－45,9751
非ポリマー7092
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.414, 109.222, 105.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 protein / cypX


分子量: 45974.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cypX_1, NCTC5664_01270, cypX / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A380DQV1, pulcherriminic acid synthase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 % / 解説: Oblong
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: Bicine pH 9.3, 25 % v/v PEG Smear Medium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→55.52 Å / Num. obs: 17398 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 40.37 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 822 / CC1/2: 0.935 / Rpim(I) all: 0.213 / % possible all: 97.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NC5

3nc5


解像度: 2.46→55.52 Å / SU ML: 0.3443 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.3722
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 872 5.03 %
Rwork0.2139 16452 -
obs0.216 17324 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→55.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 49 86 3301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63484499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1567441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.610.37471320.31572692X-RAY DIFFRACTION97.95
2.61-2.810.30451650.26232652X-RAY DIFFRACTION98.29
2.81-3.090.29081300.25022727X-RAY DIFFRACTION98.76
3.09-3.540.25351460.2212729X-RAY DIFFRACTION99.07
3.54-4.460.25481490.19822761X-RAY DIFFRACTION99.11
4.46-55.520.20031500.17722891X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.5859952495 Å / Origin y: -23.5416349698 Å / Origin z: -5.6518911604 Å
111213212223313233
T0.17942562212 Å2-0.022439837262 Å20.019784069493 Å2-0.544919779169 Å20.0359493536164 Å2--0.273706914358 Å2
L0.704105428353 °2-0.118559430562 °20.457735462793 °2-0.772145799544 °20.519161029809 °2--4.0866614241 °2
S-0.0547169940527 Å °0.0603076556903 Å °0.0795799502994 Å °-0.0728971524473 Å °0.0198335266347 Å °-0.0169214362462 Å °-0.351966561769 Å °0.0749505304243 Å °0.0219966543868 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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