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- PDB-7ppz: Crystal structure of the Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1) C94S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ppz
タイトルCrystal structure of the Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1) C94S inactive mutant in complex with human eIF4A - Crystal form A
要素
  • Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1)
  • Eukaryotic initiation factor 4A-I
キーワードTOXIN / Glutamine deamidase toxin / cysteine protease / eIf4A complex / CNF1 family
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / nuclear stress granule / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / nuclear stress granule / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor activity / helicase activity / translational initiation / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic stress granule / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Burkholderia lethal factor 1 / Burkholderia lethal factor 1 / ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain ...Burkholderia lethal factor 1 / Burkholderia lethal factor 1 / ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic initiation factor 4A-I / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Mobbs, G.W. / Aziz, A.A. / Dix, S.R. / Blackburn, G.M. / Sedelnikova, S.E. / Minshull, T.C. / Dickman, M.J. / Baker, P.J. / Nathan, S. / Firdaus-Raih, M. / Rice, D.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Royal SocietyIC170306 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M012166/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of specificity and deamidation of eIF4A by Burkholderia Lethal Factor 1.
著者: Mobbs, G.W. / Aziz, A.A. / Dix, S.R. / Blackburn, G.M. / Sedelnikova, S.E. / Minshull, T.C. / Dickman, M.J. / Baker, P.J. / Nathan, S. / Raih, M.F. / Rice, D.W.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1)
B: Eukaryotic initiation factor 4A-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4912
ポリマ－68,4912
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area25440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.980, 50.360, 95.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1)


分子量: 23343.912 Da / 分子数: 1 / 変異: C94S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSL1549 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63UP7
#2: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-I / eIF-4A-I / eIF4A-I / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-1


分子量: 45146.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4A1, DDX2A, EIF4A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P60842, RNA helicase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 50 mM magnesium chloride, 10 % (w/v) 2-propanol, 5 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→63.07 Å / Num. obs: 20378 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 76647
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.52-2.593.60.725528514570.7030.4410.8521.798.7
11.27-63.073.30.0368032440.9980.0220.04230.294.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TUA and 2ZU6

3tua

2zu6


解像度: 2.52→63.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 12.991 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.369 / ESU R Free: 0.349
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2761 1030 5.1 %RANDOM
Rwork0.2016 ---
obs0.2053 19347 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.91 Å2 / Biso mean: 27.593 Å2 / Biso min: 5.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å2-1.42 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3---2.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→63.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4602 0 0 67 4669
Biso mean---19.43 -
残基数----580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0144686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6751.6526340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9431.6329881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7595575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.83822.383256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06215832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7351534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02852
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.586 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 80 -
Rwork0.301 1373 -
all-1453 -
obs--98.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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