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万見
- PDB-7ppu: Structure of diFe-Sulerythrin at 0.57 MGy total absorbed dose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ppu
タイトルStructure of diFe-Sulerythrin at 0.57 MGy total absorbed dose
要素Sulerythrin
キーワードELECTRON TRANSPORT / radiation damage / spatially resolved anomalous dispersion refinement / redox reaction
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROXIDE ION / Sulerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurisphaera tokodaii str. 7 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Lennartz, F. / Weiss, M.S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)390540038 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Determining the oxidation state of elements by X-ray crystallography.
著者: Lennartz, F. / Jeoung, J.H. / Ruenger, S. / Dobbek, H. / Weiss, M.S.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulerythrin
B: Sulerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,66710
ポリマ－32,3382
非ポリマー3288
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.020, 72.020, 97.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21B-642-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...
21(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A3 - 4
121(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A6 - 7
131(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A9 - 21
141(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A23 - 45
151(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A49 - 64
161(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A66 - 107
171(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A109 - 119
181(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A121 - 127
191(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A129 - 134
1101(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A136 - 142
1111(chain A and (resid 3 through 4 or resid 6...A201 - 601
211(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B3 - 4
221(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B6 - 7
231(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B0
241(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B0 - 64
251(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B66 - 107
261(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B19 - 119
271(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B0 - 601
281(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B0 - 601
291(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B129 - 134
2101(chain B and (resid 3 through 4 or resid 6...B136 - 601

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要素

#1: タンパク質 Sulerythrin


分子量: 16169.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii str. 7 (古細菌)
遺伝子: ST2370, STK_23700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F9VPE5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M BIS-Tris 24% (w/v) PEG 3350 pH 5.5 Sulerythrin at 14.00 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月17日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→38.531 Å / Num. obs: 126860 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 14.07 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.34→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 20266 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.337 / Rrim(I) all: 1.083 / % possible all: 98.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13-2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J30

1j30


解像度: 1.34→38.531 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 2100 1.66 %
Rwork0.1852 124739 -
obs0.1857 126839 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.22 Å2 / Biso mean: 20.6713 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→38.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2258 0 10 340 2608
Biso mean--21.79 29.82 -
残基数----287
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1152X-RAY DIFFRACTION4.584TORSIONAL
12B1152X-RAY DIFFRACTION4.584TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2024-0.20260.04310.444-0.03270.339-0.0632-0.03780.12450.04130.04730.1186-0.0695-0.02820.03580.12740.01140.02260.1276-0.00330.1241-15.0598-28.5959-15.2087
20.40360.056-0.02370.5027-0.09480.2579-0.0028-0.03030.07070.00960.00960.10880.023-0.0260.00020.1080.00010.00870.1038-0.00370.1242-13.1169-27.3012-24.3715
30.318-0.0815-0.18670.17610.03360.11560.02320.0980.0292-0.07280.0736-0.08710.0026-0.01010.03770.1473-0.0096-0.01350.12850.01790.1251-5.9139-25.7375-36.2382
40.02220.00990.01350.00490.00670.01380.055-0.056-0.04050.2977-0.093-0.3667-0.33220.290700.3201-0.05-0.00560.1722-0.01980.3331-1.1731-6.7671-16.9155
50.32530.2141-0.09960.6270.09760.10710.02070.00670.0713-0.0079-0.01210.10340.0012-0.03880.00060.113-0.00070.00130.10980.00330.1084-8.1859-29.3346-24.9309
60.2401-0.2288-0.21270.42190.00410.398-0.0179-0.18430.13890.1320.00040.1194-0.0836-0.0603-0.07850.17550.01960.04250.1923-0.02730.1649-16.23-23.9555-6.7202
70.4508-0.11690.05540.2119-0.22840.34030.0423-0.1321-0.27910.16730.04880.09590.07020.07750.05330.16590.00130.0530.2271-0.01170.1252-15.0243-32.9414-2.1452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 37 )A0 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 112 )A38 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 143 )A113 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 7 )B0 - 7
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 66 )B8 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 112 )B67 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 113 through 142 )B113 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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