+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ppr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Aspergillus fumigatus | ||||||
![]() | UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / UGP / UDP-glucose pyrophosphorylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() sporulation / anatomical structure development / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-glucose metabolic process / cell differentiation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morton, S. / Raimi, O.G. / Yan, K. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Genetic and structural validation of UDP-glucose pyrophosphorylase as a novel antifungal target against Aspergillus fumigatus 著者: Yan, K. / Raimi, O.G. / Morton, S. / Ferenbach, A.T. / Wei, P. / Yuan, H. / Fang, W. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 152.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 449.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2i5kS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 32 - 511 / Label seq-ID: 13 - 492
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54876.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: E9R9Z5, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.18 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.8 M lithium sulphate monohydrate, and 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9281 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→80.01 Å / Num. obs: 52428 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.65 Å / Num. unique obs: 4513 / CC1/2: 0.514 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2I5K 解像度: 2.57→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 10.671 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 196.83 Å2 / Biso mean: 68.311 Å2 / Biso min: 27.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.57→80 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 11649 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.57→2.637 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|