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万見
- PDB-7pp9: Three dimensional structure of human carbonic anhydrase XII in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pp9
タイトルThree dimensional structure of human carbonic anhydrase XII in complex with sulfonamide
要素Carbonic anhydrase 12
キーワードLYASE (リアーゼ) / CA XII / CA 12 / carbonic anhydrase XII / carbonic anhydrase 12
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride ion homeostasis / estrous cycle / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7VZ / Carbonic anhydrase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Leitans, J. / Tars, K. / Dvinskis, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Methyl 2-Halo-4-Substituted-5-Sulfamoyl-Benzoates as High Affinity and Selective Inhibitors of Carbonic Anhydrase IX.
著者: Zaksauskas, A. / Capkauskaite, E. / Paketuryte-Latve, V. / Smirnov, A. / Leitans, J. / Kazaks, A. / Dvinskis, E. / Stancaitis, L. / Mickeviciute, A. / Jachno, J. / Jezepcikas, L. / ...著者: Zaksauskas, A. / Capkauskaite, E. / Paketuryte-Latve, V. / Smirnov, A. / Leitans, J. / Kazaks, A. / Dvinskis, E. / Stancaitis, L. / Mickeviciute, A. / Jachno, J. / Jezepcikas, L. / Linkuviene, V. / Sakalauskas, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matuliene, J. / Tars, K. / Matulis, D.
履歴
登録2021年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 12
B: Carbonic anhydrase 12
C: Carbonic anhydrase 12
D: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,14612
ポリマ－119,4294
非ポリマー1,7178
水13,223734
1
A: Carbonic anhydrase 12
B: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5736
ポリマ－59,7142
非ポリマー8594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Carbonic anhydrase 12
D: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5736
ポリマ－59,7142
非ポリマー8594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.822, 74.862, 76.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.460, 90.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase 12 / / Carbonate dehydratase XII / Carbonic anhydrase XII / CA-XII / Tumor antigen HOM-RCC-3.1.3


分子量: 29857.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43570, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-7VZ / methyl 2-chloranyl-4-cyclohexylsulfanyl-5-sulfamoyl-benzoate


分子量: 363.880 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18ClNO4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % / 解説: two dimers
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 31% PEG 4000, PROTEIN CONC. 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS DISSOLVED IN 100% DMSO)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月19日 / 詳細: MULTILAYER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→74.86 Å / Num. obs: 54029 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.23 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.34→2.39 Å / 冗長度: 3.58 % / Rmerge(I) obs: 0.3475 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 3077 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QNL

6qnl


解像度: 2.34→74.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 9.914 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 2085 5.1 %RANDOM
Rwork0.1607 ---
obs0.1652 38566 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.4 Å2 / Biso mean: 17.057 Å2 / Biso min: 2.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20.01 Å2-0.2 Å2
2--1.47 Å2-0.03 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→74.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8316 0 92 734 9142
Biso mean--22.82 21.44 -
残基数----1040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0138656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.65611795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3061.58517753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.27651028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7723.521463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.353151322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8011532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022036
LS精密化 シェル解像度: 2.341→2.402 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 151 -
Rwork0.237 2557 -
all-2708 -
obs--87.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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