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- PDB-7pp8: STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH7 FROM METAGENOME OF MARINE SEDIME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pp8
タイトルSTRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH7 FROM METAGENOME OF MARINE SEDIMENTS AT MILAZZO HARBOR (SICILY, ITALY) COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF METHYL 4-NITROPHENYL HEXYLPHOSPHONATE
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / Ester Hydrolase / complex
機能・相同性: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / methyl hydrogen (R)-hexylphosphonate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Esterase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessProject BIO2016-76601-C3-3-R スペイン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a family VIII beta-lactamase fold hydrolase reveals the molecular mechanism for its broad substrate scope.
著者: Cea-Rama, I. / Coscolin, C. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Raj, J. / Vasiljevic, M. / Plou, F.J. / Ferrer, M. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2021年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
C: Esterase
D: Esterase
E: Esterase
F: Esterase
G: Esterase
H: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,03823
ポリマ－382,9388
非ポリマー2,10015
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA Analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20730 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area106250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.641, 150.641, 325.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNVALVALAA9 - 40828 - 427
21ASNASNVALVALBB9 - 40828 - 427
12SERSERASPASPAA8 - 40927 - 428
22SERSERASPASPCC8 - 40927 - 428
13ASNASNVALVALAA9 - 40828 - 427
23ASNASNVALVALDD9 - 40828 - 427
14SERSERASPASPAA8 - 40927 - 428
24SERSERASPASPEE8 - 40927 - 428
15ASNASNVALVALAA9 - 40828 - 427
25ASNASNVALVALFF9 - 40828 - 427
16SERSERASPASPAA8 - 40927 - 428
26SERSERASPASPGG8 - 40927 - 428
17ASNASNVALVALAA9 - 40828 - 427
27ASNASNVALVALHH9 - 40828 - 427
18ASNASNVALVALBB9 - 40828 - 427
28ASNASNVALVALCC9 - 40828 - 427
19ASNASNASPASPBB9 - 40928 - 428
29ASNASNASPASPDD9 - 40928 - 428
110ASNASNVALVALBB9 - 40828 - 427
210ASNASNVALVALEE9 - 40828 - 427
111ASNASNASPASPBB9 - 40928 - 428
211ASNASNASPASPFF9 - 40928 - 428
112ASNASNVALVALBB9 - 40828 - 427
212ASNASNVALVALGG9 - 40828 - 427
113ASNASNASPASPBB9 - 40928 - 428
213ASNASNASPASPHH9 - 40928 - 428
114ASNASNVALVALCC9 - 40828 - 427
214ASNASNVALVALDD9 - 40828 - 427
115SERSERASPASPCC8 - 40927 - 428
215SERSERASPASPEE8 - 40927 - 428
116ASNASNVALVALCC9 - 40828 - 427
216ASNASNVALVALFF9 - 40828 - 427
117SERSERASPASPCC8 - 40927 - 428
217SERSERASPASPGG8 - 40927 - 428
118ASNASNVALVALCC9 - 40828 - 427
218ASNASNVALVALHH9 - 40828 - 427
119ASNASNVALVALDD9 - 40828 - 427
219ASNASNVALVALEE9 - 40828 - 427
120ASNASNASPASPDD9 - 40928 - 428
220ASNASNASPASPFF9 - 40928 - 428
121ASNASNVALVALDD9 - 40828 - 427
221ASNASNVALVALGG9 - 40828 - 427
122ASNASNASPASPDD9 - 40928 - 428
222ASNASNASPASPHH9 - 40928 - 428
123ASNASNVALVALEE9 - 40828 - 427
223ASNASNVALVALFF9 - 40828 - 427
124SERSERASPASPEE8 - 40927 - 428
224SERSERASPASPGG8 - 40927 - 428
125ASNASNVALVALEE9 - 40828 - 427
225ASNASNVALVALHH9 - 40828 - 427
126ASNASNVALVALFF9 - 40828 - 427
226ASNASNVALVALGG9 - 40828 - 427
127ASNASNASPASPFF9 - 40928 - 428
227ASNASNASPASPHH9 - 40928 - 428
128ASNASNVALVALGG9 - 40828 - 427
228ASNASNVALVALHH9 - 40828 - 427

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
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28

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要素

#1: タンパク質
Esterase


分子量: 47867.230 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K8JQ66
#2: 化合物
ChemComp-MHH / methyl hydrogen (R)-hexylphosphonate


分子量: 180.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17O3P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG3350, 0.1M Bis-Tris propane 8.5, 0.2M NaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→49.68 Å / Num. obs: 107165 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5270 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.326 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PP3

7pp3


解像度: 2.65→49.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 11.052 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 5.4 / ESU R Free: 0.293
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 5373 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.1971 101698 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.28 Å2 / Biso mean: 44.907 Å2 / Biso min: 21.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----3.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25128 0 43 192 25363
Biso mean--68.72 35.73 -
残基数----3212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01325748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01723693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.6534875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2471.58254849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67453204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84221.4621368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.772154188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.07915192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.23244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0229004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025644
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A131560.04
12B131560.04
21A131790.05
22C131790.05
31A131760.04
32D131760.04
41A132700.02
42E132700.02
51A131530.03
52F131530.03
61A131430.05
62G131430.05
71A131580.04
72H131580.04
81B131800.04
82C131800.04
91B132050.04
92D132050.04
101B131290.04
102E131290.04
111B132800.03
112F132800.03
121B131830.04
122G131830.04
131B132040.03
132H132040.03
141C131460.04
142D131460.04
151C131430.05
152E131430.05
161C131780.04
162F131780.04
171C132450.03
172G132450.03
181C131540.04
182H131540.04
191D131280.03
192E131280.03
201D131850.04
202F131850.04
211D131180.04
212G131180.04
221D132430.02
222H132430.02
231E131300.03
232F131300.03
241E131550.05
242G131550.05
251E131450.03
252H131450.03
261F131670.04
262G131670.04
271F131950.03
272H131950.03
281G131420.04
282H131420.04
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 392 -
Rwork0.313 7456 -
all-7848 -
obs--98.52 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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