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- PDB-7pu6: STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH7 FROM THE METAGENOME OF MARINE SE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pu6
タイトルSTRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH7 FROM THE METAGENOME OF MARINE SEDIMENTS AT MILAZZO HARBOR (SICILY, ITALY) COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF OCTYL 4-NITROPHENYL HEXYLPHOSPHONATE
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / Ester Hydrolase / Complex
機能・相同性: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / hexyl(octoxy)phosphinic acid / Esterase
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Cea Rama, I. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessProject BIO2016-76601-C3-3-R スペイン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a family VIII beta-lactamase fold hydrolase reveals the molecular mechanism for its broad substrate scope.
著者: Cea-Rama, I. / Coscolin, C. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Raj, J. / Vasiljevic, M. / Plou, F.J. / Ferrer, M. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
C: Esterase
D: Esterase
E: Esterase
F: Esterase
G: Esterase
H: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,25717
ポリマ－382,9388
非ポリマー2,3199
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA Analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area103880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.541, 149.541, 321.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
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214D
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117C
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118C
218H
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219E
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220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 409 / Label seq-ID: 27 - 428

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16AA
26GG
17AA
27HH
18BB
28CC
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29DD
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210EE
111BB
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112BB
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213HH
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115CC
215EE
116CC
216FF
117CC
217GG
118CC
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220FF
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221GG
122DD
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223FF
124EE
224GG
125EE
225HH
126FF
226GG
127FF
227HH
128GG
228HH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
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28

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要素

#1: タンパク質
Esterase


分子量: 47867.230 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pBXNH3 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K8JQ66
#2: 化合物
ChemComp-P8K / hexyl(octoxy)phosphinic acid


分子量: 278.368 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H31O3P / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pBXNH3 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG3350, 0.1M Bis-Tris propane 8.5, 0.2M NaF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→48.82 Å / Num. obs: 79916 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.92→2.98 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4498 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.281 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PP3

7pp3


解像度: 2.92→48.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 16.568 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.38 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 4063 5.1 %RANDOM
Rwork0.1835 ---
obs0.1854 75753 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 152.58 Å2 / Biso mean: 60.092 Å2 / Biso min: 28.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.11 Å20 Å20 Å2
2--3.11 Å20 Å2
3----6.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.92→48.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25208 0 6 83 25297
Biso mean--71.15 42.02 -
残基数----3216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01325797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01723782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.6534933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2311.5955078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.08653208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60221.4621368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.534154192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.88115192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.23248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0229032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025648
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A136350.02
12B136350.02
21A136500.02
22C136500.02
31A136350.02
32D136350.02
41A136380.02
42E136380.02
51A136360.02
52F136360.02
61A136560.01
62G136560.01
71A136490.02
72H136490.02
81B136380.01
82C136380.01
91B136240.02
92D136240.02
101B136280.02
102E136280.02
111B136380.02
112F136380.02
121B136520.01
122G136520.01
131B136290.01
132H136290.01
141C136430.01
142D136430.01
151C136360.02
152E136360.02
161C136460.02
162F136460.02
171C136670.01
172G136670.01
181C136440.01
182H136440.01
191D136250.02
192E136250.02
201D136280.02
202F136280.02
211D136430.01
212G136430.01
221D136420.02
222H136420.02
231E136280.03
232F136280.03
241E136400.02
242G136400.02
251E136430.02
252H136430.02
261F136520.02
262G136520.02
271F136360.02
272H136360.02
281G136550.01
282H136550.01
LS精密化 シェル解像度: 2.92→2.996 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 297 -
Rwork0.3 5517 -
all-5814 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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