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- PDB-7pp1: Crystal structure of the P2Y12 receptor in complex with the inver... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pp1
タイトルCrystal structure of the P2Y12 receptor in complex with the inverse agonist selatogrel.
要素P2Y purinoceptor 12,Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 12
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Inverse agonist / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / G protein-coupled ADP receptor activity / regulation of microglial cell migration / cerebral cortex radial glia-guided migration / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration ...visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / G protein-coupled ADP receptor activity / regulation of microglial cell migration / cerebral cortex radial glia-guided migration / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration / G protein-coupled adenosine receptor activity / hemostasis / cell projection membrane / regulation of chemotaxis / positive regulation of chemotaxis / substrate-dependent cell migration, cell extension / cell projection organization / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium assembly / cellular response to ATP / response to axon injury / monoatomic ion transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / establishment of localization in cell / electron transport chain / calcium-mediated signaling / platelet activation / platelet aggregation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2Y12 purinoceptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Selatogrel / CHOLESTEROL / Soluble cytochrome b562 / P2Y purinoceptor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Mac Sweeney, A. / Tidten-Luksch, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem Pharmacol / 年: 2022
タイトル: Inverse agonist efficacy of selatogrel blunts constitutive P2Y12 receptor signaling by inducing the inactive receptor conformation.
著者: Pons, V. / Garcia, C. / Tidten-Luksch, N. / Mac Sweeney, A. / Caroff, E. / Gales, C. / Riederer, M.A.
履歴
登録2021年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: P2Y purinoceptor 12,Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2543
ポリマ－53,2491
非ポリマー1,0052
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.090, 155.370, 47.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 P2Y purinoceptor 12,Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 12 / P2Y12 / ADP-glucose receptor / ADPG-R / P2T(AC) / P2Y(AC) / P2Y(cyc) / P2Y12 platelet ADP receptor ...P2Y12 / ADP-glucose receptor / ADPG-R / P2T(AC) / P2Y(AC) / P2Y(cyc) / P2Y12 platelet ADP receptor / P2Y(ADP) / SP1999 / Cytochrome b-562 / P2Y12 / ADP-glucose receptor / ADPG-R / P2T(AC) / P2Y(AC) / P2Y(cyc) / P2Y12 platelet ADP receptor / P2Y(ADP) / SP1999


分子量: 53248.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized ...詳細: P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3,P2Y12 with thermostabilized BRIL in ICL3
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: P2RY12, HORK3, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9H244, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-7Y5 / Selatogrel / [(2~{R})-3-(4-butoxycarbonylpiperazin-1-yl)-2-[[6-[(3~{S})-3-methoxypyrrolidin-1-yl]-2-phenyl-pyrimidin-4-yl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]phosphonic acid / [(2R)-3-(4-butoxycarbonylpiperazin-1-yl)-2-[[6-[(3S)-3-methoxypyrrolidin-1-yl]-2-phenyl-pyrimidin-4-yl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]phosphonic acid / 4-((R)-2-((6-((S)-3-Methoxypyrrolidin-1-yl)-2-phenylpyrimidine-4-carbonyl)amino)-3-phosphonopropionyl)piperazine-1-carboxylic acid butyl ester / ACT-246475


分子量: 618.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N6O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M ammonium formate, 0.1 M sodium cacdylate, pH 6.0-6.5, 25-35% PEG400
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→78.7 Å / Num. obs: 16554 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 50.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.78→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1494 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ntj

4ntj


解像度: 2.78→45.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.266 / WRfactor Rwork: 0.218 / SU B: 20.968 / SU ML: 0.377 / Average fsc free: 0.7527 / Average fsc work: 0.769 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.674 / ESU R Free: 0.366 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 1630 9.945 %
Rwork0.2418 14760 -
all0.246 --
obs-16390 98.967 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 87.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.695 Å2-0 Å20.05 Å2
2---6.221 Å20 Å2
3---1.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 0 71 1 2909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0122975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9191.6254055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2695357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36122.422128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.35515466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9781511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.22089
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2310.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1520.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3429.0681446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.18713.5691797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5069.1211527
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.23613.6372258
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.979122.1154717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.8520.5271050.513936X-RAY DIFFRACTION88.2952
2.852-2.930.3871130.3871083X-RAY DIFFRACTION99.8331
2.93-3.0150.3951180.3581041X-RAY DIFFRACTION99.3145
3.015-3.1080.3261140.352995X-RAY DIFFRACTION99.4619
3.108-3.2090.34970.305977X-RAY DIFFRACTION99.8141
3.209-3.3220.2751120.267943X-RAY DIFFRACTION100
3.322-3.4470.272970.213925X-RAY DIFFRACTION99.8047
3.447-3.5870.303960.228893X-RAY DIFFRACTION99.6976
3.587-3.7470.273990.24841X-RAY DIFFRACTION100
3.747-3.9290.266900.23821X-RAY DIFFRACTION100
3.929-4.1410.302800.23764X-RAY DIFFRACTION100
4.141-4.3910.349840.274737X-RAY DIFFRACTION100
4.391-4.6940.278750.234676X-RAY DIFFRACTION100
4.694-5.0680.265710.225642X-RAY DIFFRACTION100
5.068-5.550.335640.254588X-RAY DIFFRACTION99.8469
5.55-6.2010.376610.253539X-RAY DIFFRACTION100
6.201-7.1530.285530.229466X-RAY DIFFRACTION100
7.153-8.7420.195460.165398X-RAY DIFFRACTION100
8.742-12.2880.187350.133314X-RAY DIFFRACTION98.3099
12.288-45.680.19200.265180X-RAY DIFFRACTION98.5222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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