PDB-7pox: TNKS2 in complex with OM-1700, treated with H2O2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pox

タイトル

TNKS2 in complex with OM-1700, treated with H2O2

要素

Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

キーワード

TRANSFERASE / Zinc / coordination / enzyme / poly-adp-ribosylation / inhibitor / h2o2

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Open Biology / 年: 2022
タイトル: The zinc-binding motif in tankyrases is required for the structural integrity of the catalytic ADP-ribosyltransferase domain.
著者: Sowa, S.T. / Lehtio, L.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pox.cif.gz	96.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pox.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pox_validation.pdf.gz	870.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pox_full_validation.pdf.gz	872.4 KB	表示
XML形式データ	7pox_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	7pox_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7pox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7pox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nobS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.23729/16748d49-b84c-4114-9431-ecd8ae615623 データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein is monomeric in size exclusion chromatography.
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.640, 76.440, 147.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 24828.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-N8K / N-[3-[5-(5-ethoxypyridin-2-yl)-4-(2-fluorophenyl)-1,2,4-triazol-3-yl]cyclobutyl]pyridine-2-carboxamide 分子量: 458.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₃FN₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG6000, Bicine, pH = 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16930 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.64
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 1255 / CC_1/2: 0.899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob

解像度: 2.5→41.443 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / WR_factor R_free: 0.253 / WR_factor R_work: 0.217 / SU B: 18.133 / SU ML: 0.356 / Average fsc free: 0.7962 / Average fsc work: 0.7921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.629 / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2802	847	5.003 %
R_work	0.2479	16083	-
all	0.25	-	-
obs	-	16930	99.331 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.804 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.444 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.655 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.211 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.443 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3075	0	68	32	3175

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.165	1.647	4403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.055	1.579	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.318	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.957	21.244	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.06	15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.4	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.035	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.951	5.926	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.948	5.924	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.526	8.857	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.525	8.86	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.389	6.003	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.389	6.002	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.578	8.942	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.577	8.941	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.048	63.471	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.048	63.465	3369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.382	63	0.394	1191	X-RAY DIFFRACTION	99.682
2.565-2.635	0.355	60	0.39	1139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.712	0.335	57	0.414	1086	X-RAY DIFFRACTION	99.8253
2.712-2.795	0.359	57	0.328	1078	X-RAY DIFFRACTION	99.912
2.795-2.887	0.287	55	0.319	1047	X-RAY DIFFRACTION	99.9093
2.887-2.988	0.364	54	0.309	1041	X-RAY DIFFRACTION	99.8177
2.988-3.101	0.228	51	0.248	964	X-RAY DIFFRACTION	100
3.101-3.227	0.324	51	0.237	971	X-RAY DIFFRACTION	99.9023
3.227-3.371	0.252	47	0.233	889	X-RAY DIFFRACTION	99.6805
3.371-3.535	0.271	46	0.254	869	X-RAY DIFFRACTION	99.1333
3.535-3.726	0.366	40	0.28	764	X-RAY DIFFRACTION	91.0532
3.726-3.952	0.238	41	0.239	782	X-RAY DIFFRACTION	99.1566
3.952-4.225	0.256	40	0.18	750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.225-4.563	0.198	37	0.174	702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.563-4.998	0.241	33	0.18	640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.998-5.587	0.233	31	0.221	592	X-RAY DIFFRACTION	100
5.587-6.45	0.439	28	0.22	532	X-RAY DIFFRACTION	100
6.45-7.896	0.224	25	0.19	463	X-RAY DIFFRACTION	99.7955
7.896-11.15	0.265	19	0.196	364	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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