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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pom | ||||||
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タイトル | Three dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in complex with sulfonamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 9 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / CA IX / CA 9 / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase 9 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / 分泌 / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / 分泌 / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / 核小体 / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Leitans, J. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: Methyl 2-Halo-4-Substituted-5-Sulfamoyl-Benzoates as High Affinity and Selective Inhibitors of Carbonic Anhydrase IX. 著者: Zaksauskas, A. / Capkauskaite, E. / Paketuryte-Latve, V. / Smirnov, A. / Leitans, J. / Kazaks, A. / Dvinskis, E. / Stancaitis, L. / Mickeviciute, A. / Jachno, J. / Jezepcikas, L. / ...著者: Zaksauskas, A. / Capkauskaite, E. / Paketuryte-Latve, V. / Smirnov, A. / Leitans, J. / Kazaks, A. / Dvinskis, E. / Stancaitis, L. / Mickeviciute, A. / Jachno, J. / Jezepcikas, L. / Linkuviene, V. / Sakalauskas, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matuliene, J. / Tars, K. / Matulis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pom.cif.gz | 222.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pom.ent.gz | 176.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pom.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7pom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7pom | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28186.711 Da / 分子数: 4 / 変異: C41S, N213Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Two dimers / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / 細胞株 (発現宿主): Pichia pastoris / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16790, 炭酸脱水酵素 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-7VZ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.22 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日 |
放射 | モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→36.01 Å / Num. obs: 101441 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.08 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 15100 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6FE2 解像度: 1.98→36.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.91 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES, REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.19 Å2 / Biso mean: 33.736 Å2 / Biso min: 16.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→36.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.026 Å / Rfactor Rfree error: 0
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