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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pnk | |||||||||
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タイトル | Unstacked compact Dunaliella PSII | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / green algae / photosystem II / thylakoid / oxygen evolving complex / cryo-EM / stacking | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain ...plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dunaliella salina (しおひげむし) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Caspy, I. / Fadeeva, M. / Mazor, Y. / Nelson, N. | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structure of photosystem II reveals conformational flexibility of stacked and unstacked supercomplexes. 著者: Ido Caspy / Maria Fadeeva / Yuval Mazor / Nathan Nelson / 要旨: Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on ...Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on earth . Our knowledge on the mechanism of water photooxidation was greatly advanced by high-resolution structures of prokaryotic PSII . Here, we show high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of eukaryotic PSII from the green alga at two distinct conformations. The conformers are also present in stacked PSII, exhibiting flexibility that may be relevant to the grana formation in chloroplasts of the green lineage. CP29, one of PSII associated light-harvesting antennae, plays a major role in distinguishing the two conformations of the supercomplex. We also show that the stacked PSII dimer, a form suggested to support the organisation of thylakoid membranes , can appear in many different orientations providing a flexible stacking mechanism for the arrangement of grana stacks in thylakoids. Our findings provide a structural basis for the heterogenous nature of the eukaryotic PSII on multiple levels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pnk.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pnk.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pnk_validation.pdf.gz | 10 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pnk_full_validation.pdf.gz | 10.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pnk_validation.xml.gz | 290.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pnk_validation.cif.gz | 366.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13548MC 7pi0C 7pi5C 7pinC 7piwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 13種, 26分子 AaBbVvCcDdHhIiJjKkLlMmTtZz
#1: タンパク質 | 分子量: 37291.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY08, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 53321.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRM6 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3217.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY13 #4: タンパク質 | 分子量: 49128.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXY3 #5: タンパク質 | 分子量: 38965.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRK9, photosystem II #8: タンパク質 | 分子量: 7124.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRP3 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3929.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXX5 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3737.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRM8 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4159.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXX2 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4417.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY19 #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3307.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXZ3 #16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3478.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY04 #19: タンパク質 | 分子量: 6430.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXZ2 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#6: タンパク質 | 分子量: 8743.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY01 #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3549.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRP4 |
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-タンパク質 , 4種, 6分子 OoPpSY
#14: タンパク質 | 分子量: 25900.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #15: タンパク質 | 分子量: 20425.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #22: タンパク質 | | 分子量: 26233.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #23: タンパク質 | | 分子量: 23571.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) |
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-タンパク質・ペプチド , 3種, 6分子 WwXxUu
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4698.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2854.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #24: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3219.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) |
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-Chlorophyll a-b binding ... , 2種, 2分子 NG
#20: タンパク質 | 分子量: 24075.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) |
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#21: タンパク質 | 分子量: 23719.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A1XKU7 |
-糖 , 1種, 8分子
#35: 糖 | ChemComp-DGD / |
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