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- PDB-7pmq: DEAD-box helicase DbpA in the active conformation bound to a hair... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pmq
タイトルDEAD-box helicase DbpA in the active conformation bound to a hairpin loop RNA and ADP/BeF3
要素
  • ATP-dependent RNA helicase DbpA
  • RNA (42-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / DEAD-box helicase / RNA / ribosome biogenesis / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' RNA helicase activity / ribosomal large subunit assembly / RNA helicase / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / ATP-dependent RNA helicase DbpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Wurm, J.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Other governmentWU 988/1-1
引用ジャーナル: Rna / 年: 2023
タイトル: Structural basis for RNA-duplex unwinding by the DEAD-box helicase DbpA.
著者: Wurm, J.P.
履歴
登録2021年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: ATP-dependent RNA helicase DbpA
A: ATP-dependent RNA helicase DbpA
B: ATP-dependent RNA helicase DbpA
D: ATP-dependent RNA helicase DbpA
E: RNA (42-MER)
F: RNA (42-MER)
G: RNA (42-MER)
H: RNA (42-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,46124
ポリマ－251,0118
非ポリマー2,45016
水00
1
C: ATP-dependent RNA helicase DbpA
D: ATP-dependent RNA helicase DbpA
E: RNA (42-MER)
H: RNA (42-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,73012
ポリマ－125,5054
非ポリマー1,2258
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ATP-dependent RNA helicase DbpA
B: ATP-dependent RNA helicase DbpA
F: RNA (42-MER)
G: RNA (42-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,73012
ポリマ－125,5054
非ポリマー1,2258
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.644, 159.644, 204.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 10 through 60 or resid 75...
d_2ens_1(chain "A" and (resid 10 through 60 or resid 75...
d_3ens_1(chain "B" and (resid 10 through 60 or resid 75...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 10 through 60 or resid 75...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEUGLYGLYCA10 - 6012 - 62
d_12LEULEUGLYGLYCA75 - 8977 - 91
d_13LEULEUGLNGLNCA98 - 110100 - 112
d_14GLNGLNASPASPCA120 - 153122 - 155
d_15PHEPHEPHEPHECA173 - 183175 - 185
d_16ALAALAGLUGLUCA190 - 206192 - 208
d_17LEULEULEULEUCA213 - 261215 - 263
d_18GLYGLYGLUGLUCA265 - 276267 - 278
d_19ARGARGPHEPHECA280 - 344282 - 346
d_110ALAALAASPASPCA380 - 388382 - 390
d_111ILEILEVALVALCA415 - 429417 - 431
d_112ARGARGLEULEUCA452 - 456454 - 458
d_21LEULEUGLYGLYAB10 - 6012 - 62
d_22LEULEUGLYGLYAB75 - 8977 - 91
d_23LEULEUGLNGLNAB98 - 110100 - 112
d_24GLNGLNASPASPAB120 - 153122 - 155
d_25PHEPHEPHEPHEAB173 - 183175 - 185
d_26ALAALAGLUGLUAB190 - 206192 - 208
d_27LEULEULEULEUAB213 - 261215 - 263
d_28GLYGLYGLUGLUAB265 - 276267 - 278
d_29ARGARGPHEPHEAB280 - 344282 - 346
d_210ALAALAASPASPAB380 - 388382 - 390
d_211ILEILEVALVALAB415 - 429417 - 431
d_212ARGARGLEULEUAB452 - 456454 - 458
d_31LEULEUGLYGLYBC10 - 6012 - 62
d_32LEULEUGLYGLYBC75 - 8977 - 91
d_33LEULEUGLNGLNBC98 - 110100 - 112
d_34GLNGLNASPASPBC120 - 153122 - 155
d_35PHEPHEPHEPHEBC173 - 183175 - 185
d_36ALAALAGLUGLUBC190 - 206192 - 208
d_37LEULEULEULEUBC213 - 261215 - 263
d_38GLYGLYGLUGLUBC265 - 276267 - 278
d_39ARGARGPHEPHEBC280 - 344282 - 346
d_310ALAALAASPASPBC380 - 388382 - 390
d_311ILEILEVALVALBC415 - 429417 - 431
d_312ARGARGLEULEUBC452 - 456454 - 458
d_41LEULEUGLYGLYDD10 - 6012 - 62
d_42LEULEUGLYGLYDD75 - 8977 - 91
d_43LEULEUGLNGLNDD98 - 110100 - 112
d_44GLNGLNASPASPDD120 - 153122 - 155
d_45PHEPHEPHEPHEDD173 - 183175 - 185
d_46ALAALAGLUGLUDD190 - 206192 - 208
d_47LEULEULEULEUDD213 - 261215 - 263
d_48GLYGLYGLUGLUDD265 - 276267 - 278
d_49ARGARGPHEPHEDD280 - 344282 - 346
d_410ALAALAASPASPDD380 - 388382 - 390
d_411ILEILEVALVALDD415 - 429417 - 431
d_412ARGARGLEULEUDD452 - 456454 - 458

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 8分子 CABDEFGH

#1: タンパク質
ATP-dependent RNA helicase DbpA


分子量: 49358.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: dbpA, A8C65_19820, A9R57_00760, ACU57_03180, AUQ13_15600, BANRA_00847, BANRA_04171, BHS87_08505, BJJ90_11745, BMA87_07955, BMT91_21590, BON75_24465, BUE81_14670, BvCms2454_02704, ...遺伝子: dbpA, A8C65_19820, A9R57_00760, ACU57_03180, AUQ13_15600, BANRA_00847, BANRA_04171, BHS87_08505, BJJ90_11745, BMA87_07955, BMT91_21590, BON75_24465, BUE81_14670, BvCms2454_02704, BvCmsHHP001_02300, BvCmsHHP019_03587, BW690_11350, BZL31_07520, C5F72_14440, C5F73_15055, C5N07_15770, C9E25_22300, CA593_21090, CG692_05575, CI694_17855, D0X26_18530, D2185_21600, D3821_15150, D3O91_18845, D3Y67_16695, D9C99_05435, D9D20_02105, D9G69_18010, D9H68_04755, D9I18_03165, D9J11_06735, D9J52_03565, D9Z28_17890, DAH34_14805, DJ503_15675, DNC98_04485, DT034_18155, E2127_03725, E2128_00120, E2134_01275, E2135_09020, E4K51_14550, E4K53_14175, E4K55_14180, E4K61_06710, E5P28_06285, EA213_25155, EC1094V2_2419, EC3234A_27c00310, ECTO6_02613, EEP23_08150, EG808_15015, EI032_01315, EI041_15270, EIZ93_05985, EPT01_22665, ERS150873_03851, ETECE1441_02540, EYD11_12000, EYV18_14670, FKC84_18670, FORC82_2579, FV293_11225, G5632_15630, G5688_06460, G6Z99_13300, G9P50_11500, GHD50_09530, GKF86_15135, GKF89_14975, GKG12_04280, GP720_20830, GP979_17935, GQE33_11520, GQE34_14030, GQE64_13275, GQE67_23825, GQM17_12000, GRW02_10210, GRW80_12795, HH707_003477, HJV81_000527, HLU13_09435, HMQ05_12610, HVV53_02995, HVX22_12385, HVX24_12180, HVY77_14250, HVY79_10190, HVY93_12730, HVZ24_12305, NCTC11126_00544, NCTC13148_00656, NCTC13216_03945, NCTC9045_03126, NCTC9062_00753, NCTC9706_03606, PGD_01899, RK56_010785, SAMEA3472047_04221, SAMEA3472080_01001, SAMEA3484427_04610, SAMEA3484429_04553, SAMEA3751407_04875, SAMEA3752557_05298, SAMEA3752559_01385, SK85_01554, WP2S18E08_25570, WP4S18E08_24570
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (BL21)DE3 / 参照: UniProt: W8TF60, RNA helicase
#2: RNA鎖
RNA (42-MER)


分子量: 13393.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic 42mer RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 16分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200 mM NH4/tartrate 100 mM Tris, pH 8.0 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→49.42 Å / Num. obs: 43424 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 88.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.22→3.33 Å / Rmerge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 4266 / CC1/2: 0.553 / Rrim(I) all: 1.86 / % possible all: 99.65

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
PHENIX1.19.2位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DB3 and 3MOJ

2db3

3moj


解像度: 3.22→49.42 Å / SU ML: 0.4983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5612
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2636 2172 5.01 %Random
Rwork0.2276 41223 --
obs0.2294 43395 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13797 3568 128 0 17493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002618113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58725382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03993109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00382660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5387216
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0
ens_1d_3EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.509946849177
ens_1d_4EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.466791312744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.22-3.290.3811320.37242514X-RAY DIFFRACTION99.25
3.29-3.370.36891340.33362529X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.450.40681330.30862543X-RAY DIFFRACTION99.96
3.45-3.540.34741350.30462558X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.650.33691340.29422548X-RAY DIFFRACTION99.96
3.65-3.760.34441340.27262538X-RAY DIFFRACTION99.96
3.76-3.90.28331340.27832547X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.060.29941340.25682554X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.240.23411350.23662558X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.460.21081360.20712577X-RAY DIFFRACTION100
4.46-4.740.24341350.20072578X-RAY DIFFRACTION100
4.74-5.110.25411330.21042532X-RAY DIFFRACTION98.16
5.11-5.620.26441370.21932595X-RAY DIFFRACTION99.93
5.62-6.430.25221380.23062624X-RAY DIFFRACTION100
6.43-8.10.24641400.20362659X-RAY DIFFRACTION99.96
8.1-49.420.20011480.15322769X-RAY DIFFRACTION98.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and ( resseq 31:60 )HT31 - 42
22chain 'F' and ( resseq 1:30 )FR1 - 30
33chain 'G' and ( resseq 1:30 )GS1 - 30
44chain 'H' and ( resseq 1:30 )HT1 - 30
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66chain 'A' and (resseq 397:456 )AE397 - 456398 - 457
77chain 'D' and ( resseq 2:212 )DM3 - 2121 - 210
88chain 'D' and ( resseq 213:396 )DM213 - 396211 - 394
99chain 'D' and (resseq 397:456 )DM397 - 456395 - 454
1010chain 'C' and ( resseq 0:212 )CA0 - 2123 - 213
1111chain 'C' and ( resseq 213:396 )CA213 - 396214 - 397
1212chain 'C' and (resseq 397:457 )CA397 - 457398 - 457
1313chain 'B' and ( resseq 1:212 )BI1 - 2122 - 212
1414chain 'B' and ( resseq 213:396 )BI213 - 396213 - 396
1515chain 'B' and (resseq 397:457 )BI397 - 457397 - 456
1616chain 'A' and ( resseq 0:212 )AE0 - 2123 - 213
1717chain 'E' and ( resseq 1:30)EQ1 - 30
1818chain 'E' and ( resseq 31:42 )EQ31 - 42
1919chain 'F' and ( resseq 31:42 )FR31 - 42
2020chain 'G' and ( resseq 31:42 )GS31 - 42

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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