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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pkt | |||||||||||||||
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タイトル | Large subunit of the Chlamydomonas reinhardtii mitoribosome | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Mitochondria / mitoribosome / alga | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast rRNA processing / regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosome assembly / chloroplast / ribosomal large subunit assembly ...chloroplast rRNA processing / regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosome assembly / chloroplast / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Waltz, F. / Soufari, H. / Hashem, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: How to build a ribosome from RNA fragments in Chlamydomonas mitochondria. 著者: Florent Waltz / Thalia Salinas-Giegé / Robert Englmeier / Herrade Meichel / Heddy Soufari / Lauriane Kuhn / Stefan Pfeffer / Friedrich Förster / Benjamin D Engel / Philippe Giegé / ...著者: Florent Waltz / Thalia Salinas-Giegé / Robert Englmeier / Herrade Meichel / Heddy Soufari / Lauriane Kuhn / Stefan Pfeffer / Friedrich Förster / Benjamin D Engel / Philippe Giegé / Laurence Drouard / Yaser Hashem / 要旨: Mitochondria are the powerhouse of eukaryotic cells. They possess their own gene expression machineries where highly divergent and specialized ribosomes, named hereafter mitoribosomes, translate the ...Mitochondria are the powerhouse of eukaryotic cells. They possess their own gene expression machineries where highly divergent and specialized ribosomes, named hereafter mitoribosomes, translate the few essential messenger RNAs still encoded by mitochondrial genomes. Here, we present a biochemical and structural characterization of the mitoribosome in the model green alga Chlamydomonas reinhardtii, as well as a functional study of some of its specific components. Single particle cryo-electron microscopy resolves how the Chlamydomonas mitoribosome is assembled from 13 rRNA fragments encoded by separate non-contiguous gene pieces. Additional proteins, mainly OPR, PPR and mTERF helical repeat proteins, are found in Chlamydomonas mitoribosome, revealing the structure of an OPR protein in complex with its RNA binding partner. Targeted amiRNA silencing indicates that these ribosomal proteins are required for mitoribosome integrity. Finally, we use cryo-electron tomography to show that Chlamydomonas mitoribosomes are attached to the inner mitochondrial membrane via two contact points mediated by Chlamydomonas-specific proteins. Our study expands our understanding of mitoribosome diversity and the various strategies these specialized molecular machines adopt for membrane tethering. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pkt.cif.gz | 2.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pkt.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pkt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13480MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 34種, 34分子 abcdjklpqstuvwxyABeDEFIJKLMNOP...
-50S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 fo
#5: タンパク質 | 分子量: 30622.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A0A2K3DRF9 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 13140.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8HNL1 |
-Mitochondrial ribosomal protein ... , 6種, 6分子 imnrzG
#6: タンパク質 | 分子量: 29714.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8J810 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 21380.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: The protein is a mixture of A0A2K3DXS2 and A8JH49,The protein is a mixture of A0A2K3DXS2 and A8JH49 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8JH49, UniProt: A0A2K3DXS2 |
#11: タンパク質 | 分子量: 33412.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8I7A8 |
#15: タンパク質 | 分子量: 25593.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8J6R9 |
#23: タンパク質 | 分子量: 6864.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8J9C3 |
#30: タンパク質 | 分子量: 27320.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IWI1 |
-タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 CXZ
#35: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
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#43: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2656.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#45: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4188.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-RNA鎖 , 9種, 9分子 120345678
#46: RNA鎖 | 分子量: 51976.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
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#47: RNA鎖 | 分子量: 27512.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#48: RNA鎖 | 分子量: 24033.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#49: RNA鎖 | 分子量: 59395.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#50: RNA鎖 | 分子量: 38253.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#51: RNA鎖 | 分子量: 47720.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#52: RNA鎖 | 分子量: 43923.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#53: RNA鎖 | 分子量: 186482.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#54: RNA鎖 | 分子量: 132907.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-非ポリマー , 3種, 71分子
#55: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-FES / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Large subunit of the mitochondrial ribosome of Chlamydomonas reinhardtii タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: Mitochondria |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 65 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101291 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT |