PDB-7pkj: Streptococcus pyogenes apo GapN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pkj

タイトル

Streptococcus pyogenes apo GapN

要素

Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Apo-enzyme

機能・相同性

BETA-MERCAPTOETHANOL / :

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes M49 591 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.989 Å

データ登録者

Schindelin, H. / Albert, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: The Non-phosphorylating Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase GapN Is a Potential New Drug Target in Streptococcus pyogenes.
著者: Eisenberg, P. / Albert, L. / Teuffel, J. / Zitzow, E. / Michaelis, C. / Jarick, J. / Sehlke, C. / Grosse, L. / Bader, N. / Nunes-Alves, A. / Kreikemeyer, B. / Schindelin, H. / Wade, R.C. / Fiedler, T.

履歴

登録	2021年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pkj.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pkj.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pkj_validation.pdf.gz	539.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pkj_full_validation.pdf.gz	556.1 KB	表示
XML形式データ	7pkj_validation.xml.gz	144.9 KB	表示
CIF形式データ	7pkj_validation.cif.gz	209.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pkcC 1euhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1euh-d 7pkj-2 2qe0-d 2esd-d 2id2-d 7pkc-2 1qi1-d 2euh-d 7pkc-4 3prl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

429 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.749, 99.893, 106.182
Angle α, β, γ (deg.)	77.67, 75.19, 67.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 52993.250 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes M49 591 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: gapN, KUN4944_10090, SPNIH35_06470 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G1J7Q1
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 % / 解説: Plate
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.918401 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918401 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.989→48.148 Å / Num. obs: 153369 / % possible obs: 87.49 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 2.91 % / B_iso Wilson estimate: 22.25 Å² / CC_1/2: 0.8467 / R_merge(I) obs: 0.304 / R_pim(I) all: 0.213 / R_rim(I) all: 0.373 / Net I/σ(I): 3.195
反射シェル	解像度: 1.989→2.17 Å / 冗長度: 3.23 % / R_merge(I) obs: 1.002 / Num. unique obs: 7668 / CC_1/2: 0.3963 / R_pim(I) all: 0.655 / R_rim(I) all: 1.201 / % possible all: 70.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EUH

1euh

解像度: 1.989→20.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.48 / SU R_free Blow DPI: 0.24

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2319	7387	-	RANDOM
R_work	0.1923	-	-	-
obs	0.1942	153157	62.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2365 Å²	-1.0871 Å²	1.8202 Å²
2-	-	-0.7198 Å²	2.7898 Å²
3-	-	-	2.9564 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.989→20.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28376	0	272	2243	30891

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	58396	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	106104	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		17709	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		9142	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		29288	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		4019	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		45	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		47413	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.35
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.77

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.08 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3204	146	-
R_work	0.2916	-	-
obs	0.293	3064	9.84 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1363	-0.0779	-0.1861	0.1562	-0.1064	0.5149	-0.0693	-0.0155	0.0828	-0.0155	0.0312	0.0434	0.0828	0.0434	0.0381	-0.0568	-0.0166	0.0183	-0.0449	0.0409	0.0474	16.2934	-50.6124	10.0981
2	0.4262	-0.1186	-0.0173	0.3268	-0.0898	0.1535	-0.0107	-0.0262	0.0351	-0.0262	0.0176	-0.0352	0.0351	-0.0352	-0.0069	-0.0638	-0.0384	0.0241	-0.0342	0.0363	0.0308	-8.9614	-42.849	-14.2361
3	0.2161	0.0565	-0.0851	0.1484	-0.0511	0.1021	0.0087	0.0044	-0.0176	0.0044	-0.0076	0.0075	-0.0176	0.0075	-0.0011	-0.0672	-0.0249	0.0417	-0.0383	0.0272	0.0684	32.2712	-15.6503	-15.5487
4	0.2296	-0.0036	-0.1133	-0.0322	0.0266	0.1804	-0.0135	-0.0169	0.0297	-0.0169	0.0053	-0.0166	0.0297	-0.0166	0.0083	-0.0522	-0.013	0.0458	-0.0446	0.0262	0.0551	31.4019	-44.8357	-36.6459
5	0.1777	0.1811	-0.0082	0.192	-0.1898	0.5197	-0.0712	-0.0369	0.0341	-0.0369	0.0241	0.0631	0.0341	0.0631	0.0471	-0.0774	-0.0282	0.0399	0.0042	0.0522	0.0005	-21.0772	12.4645	-83.2159
6	0.5642	0.1171	0.3845	0.2621	-0.054	0.3571	0.0118	-0.019	0.0775	-0.019	-0.0853	0.192	0.0775	0.192	0.0735	-0.1212	0.0463	0.0896	0.0683	0.1054	0.0477	4.1913	-7.1821	-66.7445
7	0.1728	0.0162	0.0256	0.0765	-0.058	0.1674	0.0035	0.0055	-0.0177	0.0055	-0.0176	0.0016	-0.0177	0.0016	0.0141	-0.0591	-0.0215	0.0285	-0.025	0.0245	0.0484	-37.2508	1.7489	-40.8796
8	0.2308	0.0813	0.0635	0.2326	0.0277	0.0983	0.0148	-0.0153	0.0182	-0.0153	-0.0057	0.011	0.0182	0.011	-0.0091	-0.0644	-0.0065	0.0371	-0.0211	0.0175	0.0193	-36.3203	-28.6488	-60.5352
9	0.1594	-0.1171	-0.075	0.024	-0.0563	0.0509	0.0245	-0.0595	-0.0184	-0.0595	-0.0177	-0.0426	-0.0184	-0.0426	-0.0068	-0.1347	-0.0237	-0.0905	-0.108	-0.0412	0.0382	-4.0738	-22.1349	-38.2371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	2 - 475
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	2 - 475
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	601
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	1 - 475
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	601
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	1 - 475
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	601
9	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	1 - 475
10	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	601
11	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	2 - 475
12	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	601
13	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	1 - 475
14	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	601
15	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	1 - 475
16	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	601
17	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|}	A	604 - 605
18	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|}	B	605 - 606
19	X-RAY DIFFRACTION	9	{ C\|}	C	605 - 606
20	X-RAY DIFFRACTION	9	{ D\|}	D	605 - 610
21	X-RAY DIFFRACTION	9	{ E\|}	E	604 - 605
22	X-RAY DIFFRACTION	9	{ F\|}	F	603 - 604
23	X-RAY DIFFRACTION	9	{ G\|}	G	604 - 610
24	X-RAY DIFFRACTION	9	{ H\|}	H	604 - 605

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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