[日本語] English
万見
- PDB-1qi1: Ternary Complex of an NADP Dependent Aldehyde Dehydrogenase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qi1
タイトルTernary Complex of an NADP Dependent Aldehyde Dehydrogenase
要素PROTEIN (NADP-DEPENDENT NONPHOSPHORYLATING GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Cobessi, D. / Tete-Favier, F. / Marchal, S. / Branlant, G. / Aubry, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural and biochemical investigations of the catalytic mechanism of an NADP-dependent aldehyde dehydrogenase from Streptococcus mutans.
著者: Cobessi, D. / Tete-Favier, F. / Marchal, S. / Branlant, G. / Aubry, A.
履歴
登録1999年6月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NADP-DEPENDENT NONPHOSPHORYLATING GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (NADP-DEPENDENT NONPHOSPHORYLATING GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
C: PROTEIN (NADP-DEPENDENT NONPHOSPHORYLATING GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (NADP-DEPENDENT NONPHOSPHORYLATING GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,69712
ポリマ－205,0424
非ポリマー3,6568
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22810 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area58350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.500, 158.500, 282.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.559341, -0.064615, -0.826415), (-0.072396, -0.98934, 0.126353), (-0.82577, 0.130503, 0.548701)10.10347, 235.20862, -14.12903
2given(0.556323, -0.032506, 0.83033), (-0.028313, -0.999396, -0.020154), (0.830484, -0.012297, -0.556907)-7.89173, 237.98, 23.81401
3given(-0.995788, 0.091587, -0.004196), (0.091344, 0.987141, -0.131186), (-0.007873, -0.131017, -0.991349)-20.71248, 3.30139, 37.75797

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (NADP-DEPENDENT NONPHOSPHORYLATING GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)


分子量: 51260.375 Da / 分子数: 4 / 変異: C284S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NADP, D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59931, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-G3H / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / D-グリセルアルデヒド3-りん酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#4: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
非ポリマーの詳細NAP and G3H ARE ASSIGNED OCCUPANCY 0.5 NADP WAS POSITIONED AS GOOD AS THE DENSITY ALLOWED IT ...NAP and G3H ARE ASSIGNED OCCUPANCY 0.5 NADP WAS POSITIONED AS GOOD AS THE DENSITY ALLOWED IT RESULTING FROM ITS POOR QUALITY IN THE NICOTINAMIDE MONONUCLEOSIDE PART. THE G3H ELECTRONIC DENSITY IS POORLY DEFINED IN THE MONOMERS B AND C.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: AMMONIUM SULFATE 2.0 M , 40 MG/ML PROTEIN, pH 5.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 mMsodium phosphate1drop
20.25 mMdithiothreitol1drop
310 mg/mlprotein1drop
44 mMNADP1drop
51.5 Mammonium sulfate1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. obs: 65980 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.315 / % possible all: 78.2
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EUH

2euh


解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 --RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 65864 74.96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14384 0 232 0 14616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.403
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.19
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.938
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.938

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る