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万見
- PDB-7pk2: Bovine Glycine N-Acyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pk2
タイトルBovine Glycine N-Acyltransferase
要素Glycine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GLYAT / glycine / benzoyl-CoA / bos taurus / bovine / GNAT
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine N-acyltransferase / glycine N-benzoyltransferase / glycine N-acyltransferase activity / glycine N-benzoyltransferase activity / glycine metabolic process / monocarboxylic acid metabolic process / response to toxic substance / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Glycine N-acyltransferase / Glycine N-acyltransferase, C-terminal / Glycine N-acyltransferase, N-terminal / Aralkyl acyl-CoA:amino acid N-acyltransferase / Aralkyl acyl-CoA:amino acid N-acyltransferase, C-terminal region / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Glycine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Opperman, D.J. / Ebrecht, A.C. / Read, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Global Challenges Research FundST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of glycine N-acyltransferase clarifies its catalytic mechanism
著者: Ebrecht, A.C. / Badenhorst, C.P.S. / Read, R.J. / Opperman, D.J. / van Dijk, A.A.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine N-acyltransferase
B: Glycine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2024
ポリマ－67,9982
非ポリマー2042
水7,800433
1
A: Glycine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1012
ポリマ－33,9991
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1012
ポリマ－33,9991
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.112, 63.587, 135.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycine N-acyltransferase / Acyl-CoA:glycine N-acyltransferase / AAc / Aralkyl acyl-CoA N-acyltransferase / Aralkyl acyl-CoA: ...Acyl-CoA:glycine N-acyltransferase / AAc / Aralkyl acyl-CoA N-acyltransferase / Aralkyl acyl-CoA:amino acid N-acyltransferase / Benzoyl-coenzyme A:glycine N-acyltransferase / Glycine N-benzoyltransferase


分子量: 33999.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GLYAT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2KIR7, glycine N-acyltransferase, glycine N-benzoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium malonate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350, pH 5.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
1931N
2451N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9762
シンクロトロンDiamond I2322.755
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER2 X 16M1PIXEL2020年10月15日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2021年5月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97621
22.7551
反射

Entry-ID: 7PK2 / CC1/2: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.25-37.3714694797.226.80.0430.0180.047116.2
1.8-58.0948496866.5211.5
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID
1.25-1.251.1866250.41
1.8-1.830.816750.42

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.45 Å37.37 Å
Translation4.45 Å37.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
CRANK2位相決定
HKL2Mapモデル構築
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→37.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.065 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 7348 5 %RANDOM
Rwork0.1768 ---
obs0.1779 139600 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.47 Å2 / Biso mean: 23.2609 Å2 / Biso min: 12.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.88 Å2-0 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→37.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4588 0 14 433 5035
Biso mean--20.24 29.78 -
残基数----568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0135024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.6416864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.451.57811086
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 1 (DEGREES)6.5215656
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 2 (DEGREES)34.10923.612263
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 3 (DEGREES)13.85315942
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 4 (DEGREES)20.5821524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021165
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 507 -
Rwork0.337 9634 -
all-10141 -
obs--91.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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