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万見
- PDB-7pk0: Bovine Glycine N-Acyltransferase complexed with Benzoyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pk0
タイトルBovine Glycine N-Acyltransferase complexed with Benzoyl-CoA
要素Glycine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GLYAT / glycine / benzoyl-CoA / bos taurus / bovine / GNAT
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine N-acyltransferase / glycine N-benzoyltransferase / glycine N-acyltransferase activity / glycine N-benzoyltransferase activity / monocarboxylic acid metabolic process / glycine metabolic process / response to toxic substance / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Glycine N-acyltransferase / Glycine N-acyltransferase, C-terminal / Glycine N-acyltransferase, N-terminal / Aralkyl acyl-CoA:amino acid N-acyltransferase / Aralkyl acyl-CoA:amino acid N-acyltransferase, C-terminal region / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / benzoyl coenzyme A / Glycine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Opperman, D.J. / Ebrecht, A.C. / Read, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Global Challenges Research FundST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of glycine N-acyltransferase clarifies its catalytic mechanism
著者: Ebrecht, A.C. / Badenhorst, C.P.S. / Read, R.J. / Opperman, D.J. / van Dijk, A.A.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9303
ポリマ－33,9991
非ポリマー9312
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.840, 63.840, 135.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glycine N-acyltransferase / Acyl-CoA:glycine N-acyltransferase / AAc / Aralkyl acyl-CoA N-acyltransferase / Aralkyl acyl-CoA: ...Acyl-CoA:glycine N-acyltransferase / AAc / Aralkyl acyl-CoA N-acyltransferase / Aralkyl acyl-CoA:amino acid N-acyltransferase / Benzoyl-coenzyme A:glycine N-acyltransferase / Glycine N-benzoyltransferase


分子量: 33999.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GLYAT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2KIR7, glycine N-acyltransferase, glycine N-benzoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-BYC / benzoyl coenzyme A


分子量: 871.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 M sodium acetate, 30% v/v polyethylene glycol 300, pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.44 Å / Num. obs: 45806 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 2318 / CC1/2: 0.3 / Rrim(I) all: 2.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.54 Å46.44 Å
Translation5.54 Å46.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5→46.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.914 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0761 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2109 2291 5 %RANDOM
Rwork0.1808 ---
obs0.1823 43515 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.12 Å2 / Biso mean: 31.1724 Å2 / Biso min: 18.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→46.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2294 0 60 132 2486
Biso mean--31.07 35.8 -
残基数----284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132479
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.6483374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4081.5795346
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 1 (DEGREES)6.5385300
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 2 (DEGREES)34.56123.798129
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 3 (DEGREES)12.76115441
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 4 (DEGREES)19.9041510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02565
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 166 -
Rwork0.337 3158 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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