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- PDB-7pjh: Crystal structure of the human spliceosomal maturation factor AAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pjh
タイトルCrystal structure of the human spliceosomal maturation factor AAR2 bound to the RNAse H domain of PRPF8
要素
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Protein AAR2 homolog
キーワードSPLICING / Spliceosomal maturation / pre-mRNA splicing / human AAR2 / human PRPF8
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding ...RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / nuclear speck / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain ...A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Protein AAR2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Preussner, M. / Santos, K. / Heroven, A.C. / Alles, J. / Heyd, F. / Wahl, M.C. / Weber, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)TRR186/A15 ドイツ
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and functional investigation of the human snRNP assembly factor AAR2 in complex with the RNase H-like domain of PRPF8.
著者: Preussner, M. / Santos, K.F. / Alles, J. / Heroven, C. / Heyd, F. / Wahl, M.C. / Weber, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta crystallographica. Section D, Structural biology
年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AAR2 homolog
B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3912
ポリマ－75,3912
非ポリマー00
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area29640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.280, 57.260, 111.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein AAR2 homolog / AAR2 splicing factor homolog


分子量: 45680.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAR2, C20orf4, CGI-23, PRO0225 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y312
#2: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 29710.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF8, PRPC8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG 6000, 5%(v/v) 2-methyl-2,4- pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.2395 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.233 Å / Num. obs: 34687 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.79 % / Biso Wilson estimate: 55.39 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 1.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Num. unique obs: 2502 / CC1/2: 0.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E9L

3e9l


解像度: 2.35→48.21 Å / SU ML: 0.3483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 33.0134
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 1721 4.96 %
Rwork0.1888 32957 -
obs0.1912 34678 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4618 0 0 147 4765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00884761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98966467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0609732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098820
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.91961767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.420.41831300.34742667X-RAY DIFFRACTION95.69
2.42-2.50.3271520.31332729X-RAY DIFFRACTION97.5
2.5-2.590.38451380.30062696X-RAY DIFFRACTION97.09
2.59-2.690.35961490.29322742X-RAY DIFFRACTION98
2.69-2.810.31091420.24382685X-RAY DIFFRACTION97.18
2.81-2.960.30411350.21362746X-RAY DIFFRACTION97.63
2.96-3.150.28241430.2162736X-RAY DIFFRACTION97.56
3.15-3.390.28021450.21042737X-RAY DIFFRACTION97.66
3.39-3.730.19731400.17382761X-RAY DIFFRACTION98.31
3.73-4.270.19571490.15722759X-RAY DIFFRACTION98.38
4.27-5.380.19041470.15252819X-RAY DIFFRACTION99
5.38-48.210.20221510.16392880X-RAY DIFFRACTION98.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.591808156832.34706194231.20056863443.74813917944-2.249898057637.31342793447-0.172123769297-0.510387816679-0.2453521764990.08803873577010.170982541846-0.2251164087560.5620062638490.3605215565380.07513502148760.4577104978270.09851405073390.006498552846760.5805203339180.01916059462620.41180432256335.926546199439.655308764655.4832260514
23.63229553742-1.317492279320.8032881471615.08381382964-0.7868415592814.95171860487-0.196238275725-0.6562183082030.2875040896620.452909856571-0.1108641912790.206347510661-0.4208085743790.02243000660560.2945945967350.534222672080.0609297549380.03171542456360.676091150547-0.0181870663320.40475144661235.415682975348.018798273156.9532315025
34.11627580677-1.76298298983.439410137790.731393871745-1.596339741095.43907783246-0.278014590154-0.1480169163760.3906813868130.08027908935460.121634192221-0.161375972712-0.32248199411-0.06442069928940.1158247334290.453967933330.00310730074529-0.005719585695410.3925091360360.03413632736750.52951974649622.095542699553.738739120733.7644042539
45.53469793696-0.7914828746413.120487979724.81587140277-0.6627126427933.610036606850.4349157813550.319407736786-0.797530038827-0.319923567778-0.07821147045860.4218762592980.8899857367990.0874540630485-0.4170365482350.5848412958760.0596019136241-0.07322264421680.428336343804-0.03615401669910.60999230622916.555259503641.220870683124.3570464636
55.94869357272-3.719498662752.193723265354.86362407385-4.014492499933.558476555550.3748118769790.0550281787095-1.275916635510.429487759930.2330550688010.195836303552-0.03485612738560.0890076815445-0.7296985449250.613868178551-0.0928968505092-0.04712474454470.611299906241-0.0333247570710.753400862142-3.3561659148940.912631081517.9920414415
62.75770192787-0.363924633036-0.7392438440584.398449096512.177991813554.641219195630.119680259642-0.398856696656-0.1423222355330.0775547363195-0.3353217030830.318539019643-0.0759225441249-0.5294172932850.2949798381620.358977833599-0.0326167543656-0.05159895633110.503676231292-0.03134852834770.508605492926-12.172845630354.677924798520.3976379146
73.250340685860.0807535366608-0.8189528607252.90166732241.875569653292.984252557610.146664247378-0.1035674511940.00304386899958-0.0267880723063-0.3457841106260.0923301458555-0.240392019261-0.1667539912390.2000808514520.5073052401180.0344475002025-0.01863368832590.5240191867640.02334187305750.390056204708-7.3273714803260.301497309117.7465524115
86.19337027941-2.20125212801-3.159522020053.188387064850.9823122742945.767629334140.07390102638020.387482244405-0.180087137999-0.493444062179-0.4997652865480.827538259641-0.594614339507-1.211946332150.4598492763530.5091793401250.100018167558-0.1548091162260.698603509949-0.1411393787110.664290755875-21.773516739559.483798240510.6396253855
96.20867728586-1.486028957870.6632423391683.85410796209-0.7050643536453.591668600380.156360684131-0.251661885976-0.852473431449-0.358219813445-0.1906557018131.38509516510.366750228733-0.956002256276-0.02988125195960.56116071065-0.0613749507849-0.03903123199131.04081285616-0.2000786509781.09491692738-32.444105218551.355994522117.6153833583
100.5317370125020.0504980386467-0.2279876199291.89482464739-1.39581444411.13015514527-0.246584223095-0.420416930032-0.1522492387980.4277794833711.06206601777-0.2167762577050.1854055624980.0772962472393-0.719277760710.892578993401-0.3997621500750.1636229594621.503963361890.01320270058341.3139600427-28.58684130144.881161859734.0261854834
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 10 through 53 )AA10 - 531 - 44
22chain 'A' and (resid 54 through 124 )AA54 - 12445 - 115
33chain 'A' and (resid 125 through 282 )AA125 - 282116 - 230
44chain 'A' and (resid 283 through 359 )AA283 - 359231 - 298
55chain 'A' and (resid 360 through 378 )AA360 - 378299 - 317
66chain 'B' and (resid 1758 through 1797 )BB1758 - 17971 - 40
77chain 'B' and (resid 1798 through 1892 )BB1798 - 189241 - 135
88chain 'B' and (resid 1893 through 1928 )BB1893 - 1928136 - 171
99chain 'B' and (resid 1929 through 1995 )BB1929 - 1995172 - 238
1010chain 'B' and (resid 1996 through 2014 )BB1996 - 2014239 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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