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- PDB-7pjh: Crystal structure of the human spliceosomal maturation factor AAR... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pjh | ||||||
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Title | Crystal structure of the human spliceosomal maturation factor AAR2 bound to the RNAse H domain of PRPF8 | ||||||
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![]() | SPLICING / Spliceosomal maturation / pre-mRNA splicing / human AAR2 / human PRPF8 | ||||||
Function / homology | ![]() U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding ...U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / nuclear speck / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Preussner, M. / Santos, K. / Heroven, A.C. / Alles, J. / Heyd, F. / Wahl, M.C. / Weber, G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and functional investigation of the human snRNP assembly factor AAR2 in complex with the RNase H-like domain of PRPF8. Authors: Preussner, M. / Santos, K.F. / Alles, J. / Heroven, C. / Heyd, F. / Wahl, M.C. / Weber, G. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ![]() Year: 2019 Title: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix Authors: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...Authors: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 204.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 442.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 450.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3e9lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 45680.164 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 29710.453 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.26 Å3/Da / Density % sol: 62.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG 6000, 5%(v/v) 2-methyl-2,4- pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 18, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2395 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→48.233 Å / Num. obs: 34687 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.79 % / Biso Wilson estimate: 55.39 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 1.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Num. unique obs: 2502 / CC1/2: 0.76 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3E9L Resolution: 2.35→48.21 Å / SU ML: 0.3483 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 33.0134 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→48.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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