PDB-7piz: The structure of phosphoglucomutase from Candida albicans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7piz

タイトル

The structure of phosphoglucomutase from Candida albicans

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase / candida / fungi

機能・相同性

Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Candida albicans P75010 (酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Yan, K. / van Aalten, D.M.F.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting an essential step in the biosynthetic pathway of uridine diphosphate glucose in Aspergillus fumigatus
著者: Yan, K. / Stanley, M. / Kowalski, B. / Raimi, O.G. / Ferenbach, A.T. / Wei, P. / Yuan, H. / Fang, W. / van Aalten, D.M.F.

履歴

登録	2021年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7piz.cif.gz	259.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7piz.ent.gz	201.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7piz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7piz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7piz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p5oC 7pjcC 5epcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Phosphoglucomutase

B: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
62.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.950, 86.841, 109.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase 分子量: 62290.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Gly -4 Expression tag Pro -3 Expression tag Leu -2 Expression tag Gly -1 Restriction site Ser 0 Restriction site 由来: (組換発現) Candida albicans P75010 (酵母) / 株: P75010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM lithium sulphate monohydrate, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→25.71 Å / Num. obs: 65230 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.15 Å² / CC_1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.2 Å / Num. unique obs: 4312 / CC_1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A homology model based on the orthologue protein from human (PDB 5EPC))

5epc

解像度: 2.15→25.71 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	3207	4.92 %
R_work	0.1955	61984	-
obs	0.1986	65191	95.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.01 Å² / B_iso mean: 21.2341 Å² / B_iso min: 3.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→25.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8499	0	25	1428	9952
B_iso mean	-	-	41.65	27.06	-
残基数	-	-	-	-	1098

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.3153	150	0.2237	2646	2796	94
2.18-2.22	0.2772	152	0.229	2646	2798	94
2.22-2.25	0.3199	126	0.2457	2645	2771	94
2.25-2.29	0.3069	137	0.2499	2681	2818	95
2.29-2.33	0.2862	129	0.2304	2671	2800	95
2.33-2.38	0.3189	146	0.2139	2680	2826	95
2.38-2.43	0.2678	134	0.2111	2658	2792	95
2.43-2.48	0.2716	146	0.2155	2700	2846	95
2.48-2.54	0.3069	136	0.2048	2689	2825	95
2.54-2.6	0.2856	138	0.2112	2641	2779	94
2.6-2.67	0.29	156	0.1993	2662	2818	94
2.67-2.75	0.2856	134	0.2081	2627	2761	93
2.75-2.84	0.2596	146	0.213	2577	2723	93
2.84-2.94	0.3391	128	0.2161	2637	2765	93
2.94-3.06	0.3399	148	0.2337	2674	2822	94
3.06-3.19	0.2742	130	0.2002	2679	2809	95
3.19-3.36	0.2079	152	0.1797	2683	2835	96
3.36-3.57	0.2561	138	0.1846	2753	2891	97
3.57-3.85	0.2049	127	0.1747	2762	2889	97
3.85-4.23	0.2245	119	0.1702	2812	2931	97
4.23-4.84	0.2262	117	0.1557	2806	2923	97
4.84-6.09	0.212	193	0.1706	2778	2971	98
6.09-25.71	0.212	125	0.1786	2877	3002	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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