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- PDB-7piz: The structure of phosphoglucomutase from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7piz
タイトルThe structure of phosphoglucomutase from Candida albicans
要素Phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / phosphoglucomutase / candida / fungi
機能・相同性Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Candida albicans P75010 (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Yan, K. / van Aalten, D.M.F.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust200208/Z/15/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)V001094 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting an essential step in the biosynthetic pathway of uridine diphosphate glucose in Aspergillus fumigatus
著者: Yan, K. / Stanley, M. / Kowalski, B. / Raimi, O.G. / Ferenbach, A.T. / Wei, P. / Yuan, H. / Fang, W. / van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phosphoglucomutase
B: Phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0607
ポリマ－124,5802
非ポリマー4805
水25,7251428
1
C: Phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3862
ポリマ－62,2901
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6745
ポリマ－62,2901
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.950, 86.841, 109.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglucomutase


分子量: 62290.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gly -4 Expression tag Pro -3 Expression tag Leu -2 Expression tag Gly -1 Restriction site Ser 0 Restriction site
由来: (組換発現) Candida albicans P75010 (酵母) / 株: P75010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM lithium sulphate monohydrate, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→25.71 Å / Num. obs: 65230 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.15 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / Num. unique obs: 4312 / CC1/2: 0.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A homology model based on the orthologue protein from human (PDB 5EPC))

5epc


解像度: 2.15→25.71 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 3207 4.92 %
Rwork0.1955 61984 -
obs0.1986 65191 95.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.01 Å2 / Biso mean: 21.2341 Å2 / Biso min: 3.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→25.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8499 0 25 1428 9952
Biso mean--41.65 27.06 -
残基数----1098
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.180.31531500.22372646279694
2.18-2.220.27721520.2292646279894
2.22-2.250.31991260.24572645277194
2.25-2.290.30691370.24992681281895
2.29-2.330.28621290.23042671280095
2.33-2.380.31891460.21392680282695
2.38-2.430.26781340.21112658279295
2.43-2.480.27161460.21552700284695
2.48-2.540.30691360.20482689282595
2.54-2.60.28561380.21122641277994
2.6-2.670.291560.19932662281894
2.67-2.750.28561340.20812627276193
2.75-2.840.25961460.2132577272393
2.84-2.940.33911280.21612637276593
2.94-3.060.33991480.23372674282294
3.06-3.190.27421300.20022679280995
3.19-3.360.20791520.17972683283596
3.36-3.570.25611380.18462753289197
3.57-3.850.20491270.17472762288997
3.85-4.230.22451190.17022812293197
4.23-4.840.22621170.15572806292397
4.84-6.090.2121930.17062778297198
6.09-25.710.2121250.17862877300298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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