PDB-7phy: Vaccinia virus E2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7phy

タイトル

Vaccinia virus E2

要素

Protein E2

キーワード

VIRAL PROTEIN / ASSEMBLY / EGRESS

機能・相同性

Poxvirus E2 / Poxvirus E2/O1 / Poxviridae protein / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards cell periphery / host cell / Protein E2

機能・相同性情報

生物種

Vaccinia virus WR (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Gao, W.N.D. / Gao, C. / Graham, S.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of vaccinia virus protein E2 and perspectives on the prediction of novel viral protein folds.
著者: Gao, W.N.D. / Gao, C. / Deane, J.E. / Carpentier, D.C.J. / Smith, G.L. / Graham, S.C.

履歴

登録	2021年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7phy.cif.gz	375.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7phy.ent.gz	265.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7phy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7phy_validation.pdf.gz	325.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7phy_full_validation.pdf.gz	336.5 KB	表示
XML形式データ	7phy_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	7phy_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7phy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7phy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jpo-d 5wl2-d 5owu-d 6i5n-d 7cnz-d 5no9-d 20708 5z54-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.17863/CAM.74391 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.17863/CAM.74391

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein E2

ヘテロ分子

88.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.167, 90.925, 147.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Protein E2 分子量: 87688.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / 遺伝子: VACWR058, E2L / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21604
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 nL of 9.7 mg/mL VACV E2 was mixed with 90 nL of reservoir, 100 mM ADA (1:1 mix of ADA pH 6.5 and 7.0), 10% MPD, and equilibrated against an 80 uL reservoir at 20C.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.17 Å / Num. obs: 46847 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 66.77 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 2.422 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2338 / CC_1/2: 0.404 / R_pim(I) all: 0.708 / R_rim(I) all: 2.526 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→35.52 Å / SU ML: 0.4302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9542
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	2396	5.14 %
R_work	0.1919	44190	-
obs	0.1943	46586	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6004	0	30	249	6283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	6165
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8663	8349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0515	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	1045
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9986	2333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.35	0.4195	153	0.4	2543	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.35-2.4	0.3736	135	0.3466	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.4-2.45	0.3533	134	0.2896	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.51	0.2756	134	0.2642	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.51-2.58	0.2748	143	0.2429	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.58-2.66	0.286	128	0.2309	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.66-2.74	0.3061	148	0.2331	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.84	0.3042	119	0.2292	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-2.96	0.269	151	0.2428	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.09	0.3392	120	0.2303	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.09-3.25	0.2958	154	0.2211	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.25-3.46	0.2711	137	0.2044	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.46-3.72	0.2539	134	0.1926	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.72-4.1	0.2073	150	0.1571	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.1-4.69	0.1649	159	0.1472	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.9	0.228	153	0.1797	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.9-35.52	0.2099	144	0.1739	2670	X-RAY DIFFRACTION	95.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.81796723129	0.292844305514	0.255357246769	1.67818948196	1.07449794478	1.49675378403	-0.432037118787	-0.250532682973	1.07453272419	0.119221735578	-0.0908791723896	0.374301885963	-0.469939103063	-0.579053519076	0.311960234564	0.600013358331	0.0470297441727	-0.0421500176261	0.665059637381	-0.169066818529	0.965757832955	-20.6634509766	27.8258910189	40.1566163738
2	2.61554580205	-0.833104662988	1.20135825692	1.37051865625	-0.206957491976	0.785582264271	0.322935924316	0.316543211367	-0.246245030029	-0.177761685934	-0.235933308353	0.147428636254	0.128524868659	-0.0558656076107	-0.132674287654	0.552535447781	0.0328137942288	0.0239605490937	0.652167273831	0.0252316677278	0.555346375853	-27.5984210375	-3.76954542402	20.9325812633
3	1.46973131928	0.0451658893133	-0.619375229151	1.46772214186	-0.796852535411	3.4478760623	0.0294135093313	0.386420353927	-0.143535507011	-0.253608685003	-0.113785843901	0.0992649567546	0.169388163307	0.0285076479819	0.11887108438	0.496026332671	0.0409518342896	-0.152939683262	0.527921148825	-0.0694636838659	0.561770826133	8.21217360805	17.0655181433	17.4525459211

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: B

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 139 )	2 - 139	2 - 139
2	2	chain 'A' and (resid 140 through 417 )	140 - 417	140 - 417
3	3	chain 'A' and (resid 418 through 732 )	418 - 732	418 - 732

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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